eArray_XD和eArray网站

eArray_XD 是eArray的桌面版本，它是Agilent Genomic Workbench标准版本套装的组成部分。它提供eArray网站的绝大多数功能，同时含有若干个特有功能，例如基于针对biological网络的查找、和针对您上传的基因组数据进行自定义叠瓦来查找或设计探针。

eArray_XD 使用一个客户-伺服器结构，它同时也连接到eArray网站，如下图所示。

eArray系统包含一下几个组成部分：

• 安捷伦eArray网站 – 基于网络的eArray应用程序版本，承载多个数据库，包含“安捷伦目录探针数据库”、“安捷伦高密度（HD）探针数据库”、以及您的工作组可能在先前的网络应用中创建的数据库。如要使用eArray_XD，您的工作组必须注册到eArray网站，并且您必须拥有一个含有有效登录名和密码的用户账户。

• Agilent Genomic Workbench server – 用户安装的数据仓库和相关的功能，支持您工作组中微阵列相关和SureSelect靶向序列捕获探针文库相关的内容。该服务器安装在一个本地环境中（台式计算机、或者其他可访问网络的机器）。它可以本地存储安捷伦目录和工作组内容，也可以同eArray网站通信，来下载所需内容。此外，此服务器可以提交探针设计和其他处理任务到eArray网站，并可以监控它们的进程。

• eArray_XD – Agilent Genomic Workbench Standard Edition客户端软件的一个组件。此客户端软件安装于您的个人计算机。eArray_XD让您可以创建和管理CGH、CGH+SNP、ChIP-on-chip、甲基化（methylation）、基因表达谱（gene expression）、和microRNA应用类型的自定义微阵列内容。它也可以让您创建和管理用于靶向序列捕获实验的寡核苷酸序列捕获探针文库。
  
  eArray_XD 与您的服务器通信来上传或获取所需数据。通常，它会将全部内容存储于您的服务器，但您也可以下载指定类型的文件到您的计算机上。它也可以让您通过您的服务器来提交微阵列设计或从eArray网站获取数据。如果您的工作组含有多个用户，它们都可以在自己的计算机上运行eArray_XD来通过普通网络连接访问服务器。eArray_XD不需要任何许可。

一旦您连接到您的服务器和eArray网站，您就可以通过eArray_XD在您自己的计算机上进行全部的设计工作。

使用eArray_XD 来从eArray网站访问工具和数据

您可以通过您的 Agilent Genomic Workbench服务器来向eArray网站提交特定类型的任务，例如高密度（HD）探针查找任务和基因表达谱（Gene Expression）探针设计任务。关于怎样使用eArray_XD来访问eArray网站的工具，请参阅eArray_XD用户指导，该指导可以从Agilent Genomic Workbench的帮助标签下打开。您也可以使用eArray_XD来获取存在于eArray网站的内容，例如安捷伦目录下的微阵列设计和您自己工作组文件夹中的微阵列设计。请参阅eArray_XD用户指导中的怎样开始章节。

一个重要的下载类型是针对安捷伦目录和工作组探针、序列捕获探针、以及外显子边界（exon boundary）数据的下载。对于eArray_XD中的许多功能，您都需要下载所需数据才能完整使用该功能。例如，如要在eArray_XD中进行针对表达谱类型的安捷伦目录探针的查找，您必须首先将安捷伦目录表达谱探针数据从eArray网站下载到您的Agilent Genomic Workbench服务器上。

如要使用Agilent Genomic Workbench 6.5 以及更新版本来从eArray网站下载指定类型的探针、序列捕获探针、或外显子数据，您需要使用“目录和工作组”对话框。如要打开该对话框，请在程序中点击首页标签下的数据。下面的对话框就会出现。

对于每种类型的数据，可以出现几条信息，如下图所示。

• 应用类型 – 探针数据所使用的实验类型。

• 数据描述– 下载数据的具体数据源和类型。在上面的举例中，数据源是您的工作组在eArray网站的文件夹，数据类型是针对染色质免疫沉淀 (ChIP) 应用类型的探针数据。

• 消息– 显示给定数据下载的状态。以下消息之一会显示：

• 未下载– 给定的数据还未被下载，或者下载请求已经被提出，但是下载还未完成。

• 以下载并可用– 给定数据的下载已经完成。您可以在eArray_XD中使用数据了。

• 了解更多– 打开一个新窗口，给出指定数据类型的更多详细信息。

• 下载– 将指定的数据从eArray网站下载到您的Agilent Genomic Workbench服务器上。如果此按键没有出现，说明给定的数据已经被下载了。. If this button does not appear, the given type of data has already been transferred. eArray_XD针对给定的数据只让您下载一次。

• 注意：您工作组中的任何成员都可以提出要求从eArray网站下载工作组和目录探针。如果一个用户传送了一个数据集合，那么该集合就对该工作组的全体成员均可用。

获取eArray_XD

eArray_XD 可免费获取。如要使用eArray_XD，您必须首先安装“Agilent Genomic Workbench标准版本”的服务器和客户端组件。如要下载这些安装程序，请登陆eArray网站的登陆页面，然后在“附加信息”下，点击下载Agilent Genomic Workbench。

该套装同时包含让您可以管理、分析、以及解析多种基因组数据的附加工具。其中某些工具需要购买许可。请联络您的安捷伦销售代表。

当前eArray_XD 用户的附加信息

eArray_XD 自动的与eArray网站进行通信，来提交任务和传送所需数据。您无需登陆eArray网站就可以使用该程序。然而，请注意一些特性和细节：

• 在eArray_XD中，您可以提交微阵列设计和序列捕获探针文库到安捷伦生产部门。当您进行此类操作时，这些设计就可用于eArray网站。您可以查看已提交的微阵列设计和序列捕获探针文库，并下载附件和设计文件，但是您不能编辑此状态的任何内容。此外，如要查看eArray网站上的这些内容，您必须使用eArray_XD 设计查找工具。请参阅查找eArrayXD微阵列设计。

• 如果您更改了您在eArray网站的密码，此信息会在大约一天之内自动同eArray_XD同步。您无需单独在eArray_XD内更新此信息。

• 如果您在eArray网站上对您的自定义内容进行了更改，这些更改不会自动在您的“Agilent Genomic Workbench”服务器中更新。安捷伦建议您在“Agilent Genomic Workbench”中管理您所有的微阵列和序列捕获探针文库相关数据。

• 如果您在eArray网站上将一个微阵列设计或序列捕获探针文库保存为“已完成”或“已提交”状态，它们的设计文件就将出现于eArray_XD中。它们会在“自定义设计”文件夹中，“导航器”的“设计数据”框中。您可以下载一个GEML文件(针对微阵列)或一个BED文件(针对序列捕获探针文库)来进行下游分析，但您不能在eArray_XD使用这些文件。

• 当安捷伦更新内容时，一些类型的内容会自动传送到您的“Agilent Genomic Workbench”服务器中，其他类型的文件可以在您的要求下被传送。请参阅“开始”章节中的eArray_XD 用户指导。