关于表达谱(GE)探针设计 |
“GE探针设计”过程基于您指定的目标序列来设计表达谱类型探针。如要指定目标序列，您可以上传一个 FASTA格式的序列数据文件，或者上传一个包含GenBank登录号的文件。此外，GE探针设计使用转录组数据作为相似数据库，从而避免所设计的探针序列与非目标序列之间发生显著的交叉杂交。
eArray可以全过程指导您通过运用“GE探针设计”来创建一个微阵列。请参阅从目标转录本创建设计(运用向导)。
注意：访客用户不能使用“GE探针设计”，在合作区中也不能使用“GE探针设计”。
点击以下任意链接来查看关于“GE探针设计”过程的信息：
此外，eArray常见问题(FAQ)也包含一些关于“GE探针设计”问题的解答。
“GE探针设计”过程主要有三个步骤：
创建一个FASTA格式的目标序列文件，或一个GenBank登录号的TDT文件。eArray用这些目标序列来设计您的探针。您可以在建立您的“GE探针设计”任务时上传此文件至eArray。
建立一个“GE探针设计”任务。在此步您要选择一个探针设计方法，指定详细的参数让eArray来将您的目标序列数据处理成为可用的探针，并上传目标序列文件和决定是否上传转录组文件。接下来您将设计任务提交至安捷伦。
探针设计任务完成之后，安捷伦会发送给您一封电子邮件，告知您设计结果可用。然后您就可以查看探针设计结果、或基于探针设计结果来创建一个探针组或者下载设计结果。
目标序列数据必须为一个单一的FASTA格式文件。如果您还有自定义的转录组数据，并且您希望探针设计过程将作为相似数据库，那么该数据必须在另外一个单独的FASTA格式文件中。
重要：eArray并不支持支持FASTA文件格式的所有方面。请务必阅读FASTA格式文件。
您也可以指定GenBank登录号作为目标序列。将GenBank登录号保存为一个纯文本文件，各条目之间使用换行(回车)符号。在开始设计探针之前，eArray自动从GenBank获取您所指定的登录号所对应的目标序列数据。
在您上传任何文件之前，您必须首先将其压缩为*.zip格式文件。
两个可用的探针设计方法是：
碱基组成优先法 – 由此法设计的探针尽可能的遵守碱基组成配置原则，从而保证在安捷伦微阵列平台上的最优表现，并且探针的长度都是相等的。此方法是安捷伦探针设计的标准方法，它与安捷伦的实验流程配合得最好，适用于大多数真核生物。
解链温度(Tm)匹配法 – 此方法会将所设计探针的解链温度(Tm)尽可能的接近您指定的数值。探针可以都是等长的，也可以是被修剪过从而尽量达到想要的解链温度(Tm)。解链温度(Tm)匹配法在针对原核生物的设计中发挥出色。
“GE探针设计”使用转录组数据作为相似数据库，从而避免所设计的探针序列与非目标序列之间发生显著的交叉杂交。所提供的转录组越好，eArray则就能越好的设计出特异性强的探针来识别您的目标序列。
当建立“GE探针设计”任务时，您有三种方式来指定相似数据库：
安捷伦转录组 – 使用安捷伦提供的针对每一个物种的转录组数据库。如果此选项可用于您想要的物种，请选择此选项，因为这些数据库是安捷伦针对“GE探针设计”特别创建的。
上传转录组文件 – 上传一个包含转录组序列数据的FASTA格式文件。
目标序列文件
– 使用您已上传的目标序列文件作为相似数据库。不论您上传的目标序列文件是包含FASTA格式的实际序列数据还是含有GenBank登录号，您都可以选择此选项。
在您的设计任务提交至安捷伦后，您的设计细则和序列数据就同其他人的设计任务一起进入一个队列。您可以在“GE探针设计”页面的“查找结果”框中，或在您个人工作区主页的“未完成任务”框中，来对您的任务查看状态。整个过程完成后，eArray会发送给您一封邮件。
您可能需要一天或更多时间来等待您的“GE探针设计”任务完成。所需时间取决于您的序列数据文件的大小、以及队列中排在您的设计任务之前的任务数量。
您可以查看和下载“GE探针设计”结果，并且通过它们创建一个新探针组。
注意：在您将“GE探针设计”的结果保存为探针组之前，eArray不会将“GE探针设计”所设计的探针保存于eArray数据库。因此，在创建探针组之前，您将无法查找或是浏览新设计的探针。
在设计探针之前，eArray首先将目标序列和转录组序列进行比较。高度相似的序列会被整合为一簇。在分析交叉杂交问题时同一簇中的序列会被当做单一个体来进行评估。如果两个序列都在超过95%的序列全长上具有超过95%的相似度，那么它们就会被归入同一簇中。
高度相似的序列可能是在准备目标序列文件中引入的错误所造成的。同时，高度相似的序列通常不能够为探针设计提供足够长的待选序列。通过进行序列比较分簇，eArray可以忽略文件处理过程中的错误，从而保证高质量的探针设计，以及最高程度的探针特异性。
如果eArray设计的探针识别同一簇中的多个目标序列或转录组序列，eArray并不会认为这一探针有交叉杂交(X-hyb)的可能性，也不会写在报告中。因此，如果您发现一个探针存在于多个目标序列上，那么这些目标序列可能是同一个簇的成员。在您提交了一个“GE探针设计”任务，并且eArray完成了它之后，您可以下载一个文件，文件中列出了此过程中eArray生成的所有簇。请参阅下载GE探针设计结果。