注释更新 |
注释变更最常见的原因是
序列在公共数据库中的增加或移除。
例如,如果一个探针排列定位于一个
RefSeq转录本,那么eArray将运用这一注释。如果一个特定的RefSeq转录本后来被从数据库中撤除,那么探针注释就会变为
GenBank或者Ensembl转录本。
主转录本注释的变化通常都会引起多个注释发生变化,因为它们都是通过和主转录本注释的关系而衍生出来的。此外,当公共数据库中的基因名称、基因符号、 GO关键词等等发生变化时,探针注释可能发生变化。
安捷伦大约每3 - 4个月更新注释一次。对于大多数应用类型,eArray系统仅包含一个最近的注释。
安捷伦会在一个新的Sanger数据库可用时更新microRNA探针的注释。几种可能出现的更新类型如下所示:
microRNA名称更新 – 如果发生此种更新,那么探针的主登录号将会反应Sanger数据库中最近版本的microRNA名称。在“登录号”处,先前的名称也会出现,每个名称之后都会附加一个它们所在数据库版本号。例如:miR-hsa-###_v9.1
microRNA序列更新,从而产生新的探针序列 – 如果此更新发生,新的探针会用microRNA名称来注释。用来注释的microRNA名称的后面,会被添加它们所在的数据库的版本号。
从数据库中删除一个microRNA – 和这些被删除的microRNA探针相关联的探针仍会使用旧的名称来注释,名称后面会附加该microRNA最后出现的数据库的版本号。
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