各式各样的注释

安捷伦为表达谱类型探针提供注释,使用BLAST和/或BLAT来对应探针到不同的数据库转录本。更多关于这些序列定位工具的信息,请登陆www.ncbi.nih.gov/BLAST/www.genomeblat.com。具体的步骤取决于物种。

每个探针都被注释到一个主转录本和一个次转录本,来帮助您进行探针查找。

在探针和转录本的序列排列被确定后,安捷伦用公共数据库中的转录本ID号和注释来衍生出其他附加注释,比如说标题行、基因名称、基因符号、或者Gene Ontology关键词。在可能的情况下,这些添加注释都是从主转录本中衍生出来的。如果主转录本不可用,那么这些添加注释就会是从副转录本中衍生而来的。

安捷伦是通过以下步骤来确定每个探针的基因组注释的。应用BLAT来将主转录本定位在基因组中,然后将探针定位在转录本上,最后计算出探针在基因组中的定位。当一个探针跨越剪接位点时,安捷伦的这种多步骤程序就为探针注释提供了最大程度上的准确性。

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