SNP探针查找示例

 

此示例显示了怎样根据基因组片段进行SNP探针查找。关于eArray中所有类型的SNP探针查找的综述，请参阅查找SNP探针。

在此示例中，您使用SNP探针查找来获取针对人类基因组几个基因片段设计的安捷伦SNP探针。如果您已经有一个CGH探针组，其上的探针也在这些片段上，那么此查找就会非常有用。您可以将这两种探针合并到一个CGH+SNP微阵列设计上。

此外，在此查找中，您希望将结果限制为满足查找条件的3000个最优SNP探针，同时您希望在查找中排除任何已知的拷贝数多态性（copy number variation (CNV)）区域。

  1. 点击工作区标签 (或进入一个合作)。

  2. 设置应用类型为CGH。

  3. 点击探针标签。

    一个查找页面会出现。

  4. 在页面顶部，选择SNP探针查找。

    “SNP探针查找”页面将出现。

  5. 在“通过以下方式选择SNP探针”处，选择基因片段查找。

    一个新页面会出现。

  6. 输入以下参数。其他参数不做更改。

参数

说明/详细信息

任务信息

查找名称

输入示例查找

稍后，您可以通过此名称来辨别此探针查找。

物种

选择H. sapiens。

探针选项

筛选器

选择探针总数，然后在出现的框中输入3000。这会限定SNP探针查找结果的总探针数，查找将返回全部制定片段上3000个最优SNP探针。

为了找到最优探针，查找会考虑探针评分，评分是由探针表现的经验决定的。这些评分显示了当探针被应用在安捷伦CGH+SNP平台上时，它们具有良好的对数比率曲线的可能性。SNP探针评分不可用于下载。

片段选项

按以下方式选SNP探针

保持此参数设置为基因组片段查找。其他选项定义了SNP探针查找的其他类型。

基因组片段

在框中输入以下文字：chr1:1-100000000|chr2:1-80000000|chr3:1-50000000

这些是将返回探针的基因组片段。

标准排除片段

选中此选项，然后在出现的框中，默认选择为CNV。

这将从查找中排除拷贝数多态性（copy number variation）区域。

  1. 点击查找。

    eArray会创建一个SNP探针查找任务，任务的名称是您在前面输入的。该任务会出现在页面底部的“查找结果”框中。任务的当前状态会出现在“状态”栏中。eArray不会自动更新任务列表。如要更新任务列表，请点击刷新。在任务完成后，eArray会发送给您一封电子邮件告知。当任务的状态变为“已完成"后，您就可以查看结果并对其进行操作。

  2. 在“查找结果”框的“操作”栏中，在“示例查找"的一行，点击查看。

    SNP查找结果将出现在一个新窗口中，以三个标签显示。详细信息请参阅查看SNP探针查找结果 。

    针对这些结果，您可以创建SNP探针组、将结果下载成为一个BED格式文件、以及其他任务。请参阅SNP探针查找结果的应用。

相关链接

什么是SNP探针查找