怎样使用微阵列计算器

微阵列计算器计算承载一组特定的探针需要多少指定格式的微阵列，以及其他的统计数据。它也可以帮助您为您的微阵列选择一个合适的设计格式。对于一个确定的设计格式，由于在不同的应用类型下应用不同的内置质控探针组，所以可用于承载探针的特征点数也不同。

  1. 设置应用类型。

  2. 在您的个人用户工作区或合作区的微阵列标签下，或者一个探针查找结果页面中，点击微阵列计算器。

    “微阵列计算器”将在一个新窗口中打开，并在您浏览eArray时一直保持打开。您可以打开多个“微阵列计算器”窗口。

    如果您从一组探针查找结果中打开“微阵列计算器”，探针查找结果中的探针数目将出现在“探针数目”中。

  3. 设置以下参数。除非另作说明，两个均为必填。

参数

说明/详细信息

物种

从列表中选择想要的物种。

对于CGH和ChIP应用类型，此项为必填项目。对于Expression应用类型Wie选填，因为此平台下每个微阵列格式仅有一个(不区分物种)的内置质控探针组。

探针

探针数目 — 选择此选项基于指定的探针数目进行计算。如果您选择此选项，请同时在旁边的框中输入或编辑探针数目。

探针组 — S选择此选项来基于您选择的探针组进行计算。

  1. 如要基于探针组进行计算，点击添加。否则请跳至步骤6。

    一个探针组选择页面将在一个新窗口中打开。关于怎样使用此页面来选择探针组的详细信息，请参阅选择探针组进行探针查找。

    您可以添加任意数目的探针组。

  2. 指定以下参数。全部均为选填。

参数

说明/详细信息

对照类型

从下拉列表中选择以下选项之一：

  • pos – 选择此选项来指定此探针组为一个阳性用户对照探针组。尽管Feature Extraction软件中的很多统计QC指标不包含阳性对照探针组，阳性对照仍可用于下游分析。通常上说，阳性对照探针组显示显示可预知的信号强度，但这也不是必需的。安捷伦内置质控探针组中的一个阳性对照探针组的例子是安捷伦spike-in 对照探针，它在基因表达谱应用类型中被用于计算QC标准。

  • neg –  选择此选项来指定此探针组为一个阴性用户对照探针组。 阴性对照探针组不会产生杂交。自动分配的内置质控探针组都会有足够的阴性对照探针组。如果您有额外的阴性对照探针组，这些阴性对照是被Feature Extraction用于背景信号测定(不管它们是否只有背景信号)。

  • biological – Designates that the probe group is not a control (condition = FALSE). It is the default choice for biological probes, which should comprise at least 50% of your design.

  • ignore – 在Feature Extraction软件的分析和输出中忽略该探针组。一旦一个微阵列被提交，对照类型就不能被更改了，所以，唯一可以恢复对照类型的方法就是修改设计文件中的对照类型。

探针组的对照类型影响微阵列集中探针的复本数目和位置。更详细的信息，请参阅编辑微阵列设计/集。

重复

(不可用于对照探针组)输入您想要包含在计算中的每个探针组的复本数量。

  1. 在“设计格式”处，选择想要的设计格式。设计格式包含一个固定数目的，可被探针填入的特征点。如要让“微阵列计算器”为您选择一个合适的设计格式和内置质控探针组，请点击为我选择。

  2. 在“内置质控探针组”处，一个适合您所选的设计格式和应用类型的内置质控探针组将出现。点击该内置质控探针组的名称来在一个新窗口中查看它的详细信息。

    内置质控探针组是对不同的应用类型(就是Gene Expression、CGH、    ChIP)而不同的，并且，在某些情况下，对不同物种也是不同的。对于一个给定的设计格式，可能还会有其他内置质控探针组可用。如要选择一个其他的可用内置质控探针组，请参照以下步骤：

    1. 在当前内置质控探针组的名称旁边，点击 plus_minus_icon.gif。
      一个可用的内置质控探针组的列表将出现在一个新的窗口中。

    2. 选择想要的内置质控探针组，然后点击完成。
      新的内置质控探针组将出现在“微阵列计算器”窗口的“内置质控探针组”处。

一个设计格式，连同与它关联的内置质控探针组，具有一定数量的特征点可以被用户定义的探针填充。

  1. 点击计算。

    “微阵列计算器”将计算统计数据并将它们显示在窗口的右侧。下面的表格描述了这些数据。

 

计算得到的微阵列统计数据

“微阵列计算器”计算承载您的微阵列设计的微阵列设计集的统计数据。这些结果将出现在“微阵列计算器”窗口的右侧。它们在您使用向导创建微阵列设计和在您编辑微阵列设计时也会出现。可用的统计数据可能会因应用类型不同而不同。

统计数据

描述

微阵列数量

需要用来承载您的微阵列设计的微阵列总数。

当一个载片上含有多个相同的微阵列时，该载片上的每个微阵列计为一个微阵列。例如，如果您输入35,000作为探针数量，并选中4 X 44K的设计格式，“微阵列计算器”将返回4作为微阵列数量。

载片数量

实现您的微阵列设计所需的载片总数。

对于在一个载片上包含多个相同微阵列的设计格式，载片上的每个微阵列都算作一个微阵列。例如，如果您输入探针数为65,000，并选择4 X 44K设计格式，微阵列计算器就会2作为载片数目。

特征点总数

目标探针和对照探针所占用，以及未被使用的特征点的总数。

当一个载片上包含多个相同的微阵列时，此数目反映了该载片上每个微阵列的特征点总数。

可用特征点总数

全部微阵列上未被使用的位置数目。

当一个载片上包含多个相同的微阵列时，此数目反映了该载片上每个微阵列的可用特征点总数。

安捷伦对照探针数

标准安捷伦对照探针占用的特征点数。

当一个载片上包含多个相同的微阵列时，此数目反映了该载片上每个微阵列的安捷伦对照探针总数。

用户对照探针数

用户指定的对照探针占用的特征点数。

当一个载片上包含多个相同的微阵列时，此数目反映了该载片上每个微阵列的用户对照探针总数。

填充百分比

由目标探针和对照探针共同占用的特征点的百分比。

使用填充微阵列填充的百分比

由目标探针、对照探针、和选择用来填充空特征点的探针共同占用的特征点的百分比。

SNP占据的特征点数

SNP探针是专门为CGH+SNP微阵列设计的，该微阵列包含CGH探针和SNP探针在同一微阵列上。

microRNA目标序列被覆盖总数

(仅microRNA应用类型)与微阵列上的探针关联的microRNA目标序列总数。

不同的microRNA目标序列被覆盖数

 

(仅microRNA应用类型) 与微阵列上的探针关联的microRNA目标序列总数，不包含具有重复序列的microRNAs。例如，对于一个多物种的微阵列，如果两个microRNA拥有相同的序列，在此值中它们就表现为一个单独的microRNA。

eArray将序列相同的microRNA当做一个单一的类型，并且在微阵列上仅选择一组探针。这会避免两组探针同时竞争相同的目标资源。这种竞争会影响分析的特异性。

剩余空间所能覆盖的不同的microRNA目标序列数

(仅microRNA应用类型) 在不超过微阵列容量的前提下，您仍能加入的microRNA数量。

  • 注意：eArray将序列相同的microRNA当做一个单一的类型，并且在微阵列上仅选择一组探针。

相关链接

创建微阵列设计/设计集的方式