当您创建一个微阵列设计或微阵列设计集时，您就是在创建一份精确具体的说明，“安捷伦生产部门”用之来为您的实验生产微阵列载片。如要创建微阵列设计和设计集，您必须是一名eArray注册用户。eArray可以一步一步的指导您进行微阵列创建过程。请参阅通过向导来创建一个微阵列设计/设计集。此外，当您创建您的微阵列时，请针对具体的应用类型来阅读安捷伦的自定义微阵列设计指导文档。
应用现有的探针组 – 让您创建的新设计与一个已有设计具有非常少或没有共同探针时，此方法为最优方法。并且此方法也可以用来创建微阵列设计集，您只需在微阵列创建过程中选择创建一个设计集而不是一个设计。此方法可用于全部应用类型。
当您使用此方法来创建一个微阵列设计或设计集时，您查找并选择一个或多个探针组来包含在其中。您可以使用安捷伦目录探针组，或者您通过eArray的使用探针和探针组的工具设计集来创建的您自己的探针。请参阅应用已有探针组来创建一个设计/设计集。您也可以使用一个“设计向导”来一步步的指导您完成整个过程。请参阅从已有探针组创建设计(向导)。
应用一个现有的微阵列设计作为模板
– 此方法可以减少微阵列创建过程花费的时间。当一个已完成的设计(状态为“完成”，因此不可编辑)需要被修改时，此方法很有效。然而，如果微阵列中的很多特征点都需要被更改时，此方法就十分冗长。此方法可用于全部应用类型。注意：您不能在此方法中使用一个微阵列设计集作为模板。此外，您不能从一个复制的设计来创建一个微阵列设计集，即使您添加了额外的探针且超过了设计格式的容量。
如要开始此过程，您需要首先查找一个合适的现有微阵列设计，在安捷伦目录中或您自己的工作组文件夹中。一旦您找到了所需的微阵列设计，您就可以制作它的复本，然后按您的具体需要编辑更改该复本。请参阅应用已存在设计来创建一个新的设计。
应用上传的探针 – 此方法使用一个eArray的设计向导，它从一个上传的探针序列文件创建一个微阵列设计。此向导会带领您完成创建微阵列所需的每个步骤，从探针上传，到创建设计，再到提交设计。请参阅通过上传探针来创建设计(向导)。此向导可用于除microRNA外的全部应用类型。
对于CGH、ChIP、和Expression应用类型，您可以使用快捷微阵列功能来直接上传一个探针文件到“安捷伦生产部门”，而绕过设计过程的几个步骤。
创建新探针 – 在此方法中，您使用eArray来创建新探针，并在一个新的微阵列设计中使用这些探针。对于GE(gene
expression)应用类型，您可以根据上传的目标序列来创建新探针。对于CGH、ChIP、和SureSelect Capture微阵列应用类型，您可以根据对指定区间的铺瓦式设计来设计新探针。