eArray允许注册用户通过以下方法创建一个探针组:
一个已存在的探针组
已存在探针
SNP探针
外显子(exon)探针
上传的探针
GE探针设计结果
简单叠瓦式设计结果
基因组叠瓦式设计结果
高密度(HD)查找结果
GE探针检查结果
其中很多方法在使用时,您可以在创建探针组之前筛选探针列表。在您创建一个探针组之后,您可以编辑它。此外,您也可以比较两个探针组,并将比较结果保存为一个独立的探针组。
另外一个主题描述了在靶向序列捕获应用类型中怎样创建一个序列捕获探针组。
什么是合理的创造CGH探针组的方法?
安捷伦定制CGH微阵列的内容是由它包含的探针组而决定的。一个自定义微阵列是通过创建和结合探针组而设计的。一个探针组包含两个或多个探针。探针组可以在一个微阵列设计中被混合和匹配。
分离区域到不同的探针组中,可能是一个有效的方法(比如,设计不同的区域来针对不同疾病或探针密度),并在将来的微阵列设计中考虑可能的混合搭配调整。 如果您有一组探针想以后被复制或被用作归一化探针组,那么它们就需要处于一个单独的探针组中。 探针组可以通过三种不同的方法来创建:
• (强烈推荐)通过搜索安捷伦的HD -CGH数据库,该数据库为一个预先设计好的高密度探针数据库
• 通过上传自己的探针
• 通过搜索您自己的探针或探针组
• 通过基因组铺瓦式设计,也就是,以一个精确的间距设计探针
如何建立一个复杂的CGH搜索,能使探针在基因组的不同区域有不同的分辨率,并在不同的区域具有不同的筛选标准?
这需要通过不同的,迭代的搜索工作来完成。 对于每个搜索,都有一个探针组被创建,然后通过结合不同的探针组来设计微阵列。 一旦所有的探针组都被创建,在“微阵列”标签下就会有一个微阵列计算器,来帮助计算对于所给定数量的探针来说,哪种阵列格式比较合理。在“探针组”标签下也会有一些工具来对探针组进行比较并消除不同的探针组中重复探针。