创建一个合并序列捕获探针文库 |
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对于特定的安捷伦目录序列捕获探针文库,您可以添加序列捕获探针到额外的区域。如要进行此操作,您需要创建一个合并序列捕获探针文库。一个合并序列捕获探针文库包含一个基础序列捕获探针文库和一个补充序列捕获探针文库:
基础序列捕获探针文库(基础库) – 您从特定的安捷伦目录序列捕获探针文库中选择想要的基础苦。您对基础库的选择会自动的设置特定的参数,随后创建补充库和合并库会用到这些参数。
注意:您无法选择一个自定义序列捕获探针文库来作为基础库。
补充序列捕获探针文库 – 一个补充序列捕获探针文库与一个具体的基础库相连,补充库包含一些在您指定区域上设计的探针。eArray使用序列捕获探针叠瓦式设计来创建补充库中的探针。叠瓦式设计所使用的参数都是以选中的基础库为准。在创建一个合并库之前,您必须先单独创建一个补充序列捕获探针文库。请参阅创建一个补充序列捕获探针文库。
您需要使用“创建合并序列捕获探针文库”向导来创建一个合并库。合并库有一些重要的限制。请参阅本主题结尾的注释部分。
确定您想要使用作为基础库的“安捷伦目录”库。若要查看可用的序列捕获探针文库,您可以浏览安捷伦目录文件夹。如果基础库字样出现在序列捕获探针文库类型栏中,说明该序列捕获探针文库可用作基础库。
创建一个补充序列捕获探针文库。请确认在此过程中选择合适的安捷伦目录序列捕获探针文库作为基础库。
设置应用类型为SureSelect Target Enrichment。
在“工作组”标签的首页中,在“序列捕获探针文库向导”下,选择创建合并序列捕获探针文库,然后点击下一步。
“创建合并序列捕获探针文库”向导会出现,首先出现的是第一步。向导的每个步骤如下所示。
设置以下参数。除非另作说明,全部参数均为必填。
参数 |
说明/详细信息 |
序列捕获探针文库名称 |
为序列捕获探针文库输入一个名称。eArray使用此名称作为序列捕获探针文库的一个查找条件,也是在查找结果、列表、以及类似地方用来指代此序列捕获探针文库的方式。该名称不能与安捷伦目录序列捕获探针文库名称相同。 |
基础序列捕获探针文库名称 |
选择想要的基础库。可用作为基础库的安捷伦目录序列捕获探针文库的名称将会出现在列表中。在您选择了一个基础库之后,eArray会自动的根据所选中的基础库的参数来设置内置质控探针组、长度、以及物种。 |
长度 |
(只读) 库中每个序列捕获探针包含的核苷酸数目。合并库中的所有序列捕获探针都具有相同的长度。在您选择了一个基础库之后,eArray会自动设置此数值。 |
内置质控探针组 |
(只读) 基础库中包含的安捷伦内置质控探针组。该内置质控探针组的名称会显示为一条链接。如要查看该内置质控探针组的详细信息,请点击该链接。 |
序列捕获探针文库容量 |
(只读) 当前,eArray支持1 X 55K的序列捕获探针文库容量,可以承载57,750个序列捕获探针,包含所需的安捷伦质控对照序列捕获探针。 |
描述 |
(选填) 为该序列捕获探针文库输入一个简要的描述。此信息被保存在序列捕获探针文库中 |
文件夹 |
为您新的序列捕获探针文库选择一个位置。那些您拥有访问权限的文件夹将出现在列表中。 |
关键词 |
(选填) 输入一个关键词,或者多个用逗号分隔的关键词。关键词可以让您的合并库在序列捕获探针文库查找中或按类别浏览序列捕获探针文库时更容易被找到。 |
物种 |
(只读) 与此序列捕获探针文库关联的物种。在您选择了基础库之后,eArray会自动根据所选的基础库来设置物种。 |
备注 |
(选填) 输入一段备注来包含在序列捕获探针文库中。 |
附件 |
(选填) 附件就是与您的序列捕获探针文库相关的文件或链接。附件文件最大可以有32 MB。如要添加一个或多个附件,请参照以下步骤:
名称 – 为附件输入一个名称。此名称将成为您访问附件而用来点击的链接。 类型 – 从列表中选择想要添加的附件的类型。一个附件可以使一个文件或是一个URL。 位置 – 从列表中选择恰当的位置。eArray使用此选项来选择已在您的区域中定位的内容,如果该内容可用的话。 文件 – (仅当您选择附件类型为“文件”时) 点击浏览... 在出现的对话框中选择想要添加的附件,然后点击打开。 URL – (仅当您选择附件类型为“URL”时) 输入因特网资源的位置URL,包括协议说明符。例如,http://www.agilent.com。
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点击下一步。
向导的下一步将出现。
在此步骤中,您选择一个补充序列捕获探针文库来添加到先前选择的基础库中。在“选择补充序列捕获探针文库”下,在“查找结果”框中会出现一个可用补充库的列表。此列表包含了所有与您先前选择的基础库相关联的补充库。
选中想要添加的补充库。您仅可以选择一个补充库。
点击下一步。
向导的下一步将出现。
在此步骤中,您需要确认您要包含进此合并库的基础库和补充库。
查看出现在向导中的详细信息。所有信息均为只读,在下表中有描述。
详细信息 |
描述 |
基础库详细信息 |
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名称 |
合并库中的基础库的名称。一个合并库仅有一个基础库。 |
ELID |
选中基础库的安捷伦ID号。如要查看所选基础库的更多信息,请点击该ELID号。查看序列捕获探针文库页面会出现在一个新的窗口中。 |
文件夹 |
基础库的位置。当前,基础库均是在安捷伦目录文件夹下。 |
补充库详细信息 |
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名称 |
合并库中的补充库的名称。一个合并库仅有一个补充库。 |
ELID |
选中补充库的安捷伦ID号。如要查看所选补充库的更多信息,请点击该ELID号。查看序列捕获探针文库页面会出现在一个新的窗口中。 |
文件夹 |
补充库的位置。 |
如果您需要更改所选择的补充库,请点击后退。否则,请点击下一步。
向导的下一步将出现。
在此步骤中,您为您新创建的合并库选择一个状态,并创建该库。
选择以下选项之一:
完成 – 该库的状态将被置为“完成”,并被保存到您指定的位置。此状态的序列捕获探针文库不能再被编辑。稍后,您就可以提交此库至安捷伦生产部门,并随之进行价格咨询。
提交 – 该库的状态将被置为“提交”,并被保存到您指定的位置。此状态的序列捕获探针文库不能再被编辑或被删除。此外,eArray会将该库提交至安捷伦生产部门,并使之可被进行价格咨询。您也可以通过eArray来从安捷伦在线商店购买此序列捕获探针文库。
进行以下操作之一:
如果您选择了“完成”状态,请参照一下步骤:
点击保存、
一个消息会告知您您的序列捕获探针文库已经被成功创建。
点击关闭。
如果您选择了“提交”状态,请参照一下步骤:
点击设计检查清单。
序列捕获探针文库检查清单会出现。
阅读并选中清单中的全部项目,然后点击完成。
点击保存。
eArray会保存此合并库到您指定的位置,并提交其至安捷伦生产部门。一个消息会告知您,您在该库被成功提交至安捷伦生产部门后会收到电子邮件通知。
点击关闭。
一个消息会告知您,序列捕获探针文库已被成功创建。
点击关闭。
一个消息会告知您,文件写入正在进行中。
点击关闭。
eArray会在查看序列捕获探针文库页面中显示该合并库的详细信息。
注意:
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您可以在您的个人用户工作区中创建一个合并库,但您不能在一个合作中创建。
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合并库无法被复制、移动、或被共享。
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如果您提交一个合并库,系统会自动将相关的补充库的状态置为“提交”。
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