从已有探针组创建设计(向导)

如果您想使用已有的探针组来创建一个微阵列设计或设计集，您可以使用此向导来带领您完成整个过程。此向导可用于所有应用类型，并且，如果您知道想要包含到设计/设计集中的探针组的名称，此方法就特别有效。如果您想要使用更精细的探针组查找条件，请考虑使用应用已有探针组来创建一个微阵列设计/设计集中描述的过程。

• 注意：会有一个另外的主题来描述可用于“靶向序列捕获”应用类型的向导 — 请参阅库。

本帮助主题包含以下部分：

怎样开始向导

步骤1 – 选择物种

步骤2 – 定义设计

步骤3 – 布局探针

步骤4 – 创建微阵列设计

怎样开始向导

1. 点击工作区标签，或进入一个合作。

2. 设置应用类型。

3. 点击主页。

4. 在您个人工作区或合作工作区的主页上，在“设计向导”框，选择从已有探针组创建微阵列设计。

5. 点击下一步 >>。
   
   向导的第一步，选择物种，将出现在一个新的窗口中。
    

步骤1 – 选择物种

在此向导的第一步，您选择能最好代表您的微阵列的内容的物种。

1. (仅CGH应用类型) 在选择微阵列类型处，选择以下选项之一：

   • 标准– 此选项创建一个标准CGH微阵列设计或集。

   • SNP – 此选项创建一个CGH+SNP微阵列设计，将SNP探针和标准CGH探针包含在同一微阵列上。

2. 在选择物种处，选择想要的物种。eArray应用此选择的物种有多个目的：

   • eArray为您的微阵列设计选择合适的特定物种安捷伦内置质控探针组。对于Expression平台的设计，物种是不要求的，因为此应用类型的安捷伦内置质控探针组是不区分物种的。

   • eArray使用物种作为一个微阵列查找的查找条件。

   • 对于CGH和Expressio设计和设计集，在您选择的物种和设计格式允许的情况下，eArray会添加一个重复探针组。Feature Extraction和DNA Analytics使用从这些探针中得来的数据来计算重复性(Reproducibility QC Metric)。

   • 对于CGH设计和设计集，eArray添加一个安捷伦归一化探针组到您的设计或设计集，如果您选择的物种和设计格式允许。在下游数据分析过程中，归一化探针组中的探针所产生的数据，将被用于进行微阵列的两色数据归一化。

   • 对于microRNA设计，您选择的物种就是微阵列的主要物种。然而，您可以创建一个多物种的微阵列。关于eArray怎样处理多物种microRNA的详细信息，请参阅创建多物种微阵列。

3. 点击下一步。
   
   向导的下一步，定义设计，将出现。
    

Step 2 – 定义设计

在此步骤，您定义微阵列设计或设计集的基本特征点，例如名称、格式、以及位置。此外，如果您想要添加连接器来“抬高”探针的活跃杂交序列使之远离玻璃微阵列基底，来减少位阻现象，您也在此步骤中设置。

1. 指定以下参数。除非另作说明，全部都为必填。

2. 点击下一步 >>。
   
   向导的下一步，布局探针，将出现。

步骤3 – 布局探针

在此步骤中，您要在您的微阵列设计中指定探针组的详细信息。

1. 在选择探针和布局选项下，按下表中的描述来指定您想要包含进您的微阵列设计/设计集的探针。您可能需要下拉页面来查看一些选项。

   任务	说明/详细信息
   选择探针和布局选项
   添加或移除一个biological或用户内置质控探针组	您可以从您的微阵列设计添加或移除一个biological或用户内置质控探针组。 添加一个biological或用户内置质控探针组 在“探针组详细信息”标签下，点击Biological <type> 探针组详细信息, 然后点击添加。 一个探针组选择页面会在一个新窗口中出现。 按选择您的探针进行探针查找的描述来选择一个或多个探针组。 如要添加更多探针组，请再次点击添加。 在对照类型栏，为每个探针组选择想要的对照类型。请参阅下面的更改探针组对照类型。 移除一个biological或用户内置质控探针组 在“探针组详细信息”标签下，点击Biological CGH 探针组详细信息，然后选中您想要移除的探针组旁边的复选框。 点击移除。 注意： • 不同的主题分别描述了怎样添加或移除归一化或重复探针组。 • 一个CGH+SNP微阵列必须至少包含2000个探针，且至少5%的总特征点必须被CGH探针填充。
   添加或移除一个归一化探针组	(仅CGH微阵列) 一个归一化探针组就是一个特殊的对照探针组，它提供的数据可以用来归一化eArray生成的两种荧光颜色数据。当您创建一个特定物种和设计格式的微阵列时，eArray自动的添加一个默认的安捷伦归一化探针组。如果归一化探针组出现在您的设计中，您可以下载一个唯一探针的列表，用来使用在“安捷伦特征点提取(FE)”程序中。此文件的名称为Agilent dye normalization probe list for FE。 如要添加一个归一化探针组 在归一化探针组详细信息下，点击添加。 一个探针组选择页面将出现。 按选择探针组进行探针查找中的描述，选择一个或多个探针组。 选中的探针组将出现在探针组名称处。 注意：当您添加一个归一化探针组到一个微阵列设计集时，eArray会在设计集内的每一个微阵列上放置一个此探针组的复本。 如要移除一个归一化探针组 在归一化探针组详细信息下，选中您想要移除的探针组旁边的复选框。 点击移除。
   添加或移除一个重复探针组	(仅CGH和表达谱微阵列) 一个重复探针组就是一个特殊的对照探针组，Feature Extraction和DNA Analytics可使用此探针组来计算重复性(Reproducibility QC Metric)。这些重复探针组不同于那些用户选择的探针组，尽管用户可以选择在一个微阵列中包含某一探针组的多个复本。 对每种荧光颜色，此度量标准是这些重复探针在去处异常值后，再去除背景的信号强度% CV的中位数。当您创建一个特定物种和设计格式的微阵列时，eArray自动的添加一个默认的安捷伦重复探针组。 如要添加一个重复探针组 在重复探针组详细信息下，点击添加。 一个探针组选择页面将出现。 按选择探针组进行探针查找中的描述，选择一个或多个探针组。 选中的探针组将出现在探针组名称处。 在重复处，输入将要包含在设计中的探针组的复本个数。安捷伦建议值为5。 注意：当您条件一个重复探针组到一个微阵列设计集时，eArray会在设计集内的每一个微阵列上放置您指定的个数的此探针组的复本。 如要移除一个重复探针组 在重复探针组详细信息下，选中您想要移除的探针组旁边的复选框。 点击移除。
   查看一个探针组	在任何可用的探针组名称栏中，点击您想要查看的探针组的名称。. “查看探针组”页面将在一个新窗口中打开。关于此页面的详细信息，请参阅查看探针组。
   更改探针组的对照类型	(当可用时) 在探针组详细信息下，在恰当的探针组旁边的对照类型栏中，选择一个选项。阳性或阴性用户对照探针组必须在您的设计/设计集上共同占用50%或更少的特征点。   pos – 选择此选项来指定此探针组为一个阳性用户对照探针组。尽管Feature Extraction软件中的很多统计QC指标不包含阳性对照探针组，阳性对照仍可用于下游分析。通常上说，阳性对照探针组显示显示可预知的信号强度，但这也不是必需的。安捷伦内置质控探针组中的一个阳性对照探针组的例子是安捷伦spike-in 对照探针，它在基因表达谱应用类型中被用于计算QC标准。 neg –  选择此选项来指定此探针组为一个阴性用户对照探针组。 阴性对照探针组不会产生杂交。自动分配的内置质控探针组都会有足够的阴性对照探针组。如果您有额外的阴性对照探针组，这些阴性对照是被Feature Extraction用于背景信号测定(不管它们是否只有背景信号)。 biological – Designates that the probe group is not a control (condition = FALSE). It is the default choice for biological probes, which should comprise at least 50% of your design. ignore – 在Feature Extraction软件的分析和输出中忽略该探针组。一旦一个微阵列被提交，对照类型就不能被更改了，所以，唯一可以恢复对照类型的方法就是修改设计文件中的对照类型。 注意：  • 在一个微阵列集中，如果您将一个探针组的对照类型更改为neg或pos，您必须同时也选择一个探针分布选项。 • 对于SureSelect Capture微阵列和microRNA应用类型，所有探针组的对照类型都应为biological。
   更改探针组的复本数量	(可用于用户非对照探针组。对于CGH和表达谱设计，还可用于重复探针组。) 在探针组详细信息的重复栏中，在想要的探针组旁边，输入您想要包含在微阵列设计中的该探针组的复本数量。 注意：对于microRNA应用类型，重复参数永远被设为1。
   允许eArray创建一个微阵列设计集	在探针组详细信息下，选中启用微阵列设计集。 如果您选择了此选项，且需要用来承载您的微阵列设计的特征点数目超过了一个微阵列载片上的可用特征点数，eArray就会按需要添加额外的载片。 “创建微阵列设计”框的第三栏中的“填充百分比”数据帮助您监测您的微阵列有多满。如果填充的百分比超过了100%，您必须选中“启用微阵列设计集”才能承载您的设计中的所有探针，或者选择一个具有更多特征点位置的设计格式。 对于一个微阵列集中的阳性或阴性用户对照探针组，您必须同时选择一个探针分布选项。 当您创建一个微阵列设计集时，您可以均匀分布(当可用时) 一个阳性或阴性对照探针组作为微阵列创建过程的一部分。如果您选择了此选项，eArray将探针组中的探针均匀的、随机的平铺到全部用来支持内容的微阵列上。 如果您不选择“均匀分部”，eArray一次应用一个探针组到微阵列上，直到全部探针组都被分配了。它将来自一个探针组的全部探针置于一个微阵列上，并可能导致每个微阵列上的探针数目不同。 注意： • 一旦您创建了一个单独微阵列设计，您将不能将它转换为一个微阵列设计集，即使您向其中添加了额外的探针并超过了设计格式的容量。相似的，一旦您创建了一个微阵列设计集，您也不能将它转换为单独的微阵列设计。 • “均匀分部”选项不可用于microRNA或SureSelect Capture微阵列应用类型的微阵列。. • 您不能创建一个CGH+SNP微阵列集。
   更改一个微阵列集中的阳性和阴性对照探针组的分布	(可用于含有对照类型为pos或neg探针的微阵列集) eArray总是将每个阳性和阴性对照探针组的复本置于微阵列集中的每个微阵列上。在每个微阵列上，对照探针组中的探针总是随机的分配到特征点上去。然而，您也可以在一定程度上控制探针怎样分配到这些随机选择的特征点。 在探针组详细信息处，在对照探针位置栏中，为每个阳性或阴性用户对照探针组选择以下选项之一： 可变随机 – 每个阳性或阴性对照探针在微阵列集合中的每个微阵列上的位置都不一样。例如：eArray在一个微阵列上将探针A随机分配到特征点位置4330。在该集合的另一个微阵列上，探针A可能就会分配到特征点位置961。 固定随机 – 一个给定的阳性或阴性对照探针在微阵列集合中的每个微阵列上的位置都一样。例如：eArray在一个微阵列上将探针A随机分配到特征点位置4330。在该集合的另一个微阵列上，探针A也会被分配到特征点位置4330。 注意：对于其他类型的探针组，eArray总会以特定的方式安排它们的特征点位置： • 对照类型为biological或ignore的探针组 – 对于每个重复请求，eArray都会将探针组的一个单个复本随机的置于集合中的每一个微阵列上。 • 重复探针组详细信息框或归一化探针组详细信息框中的探针 – 当这些类型探针被包含进一个微阵列集中时，eArray会应用“可变随机”方式来将每个探针的一个复本置于每个微阵列上。 • 安捷伦内置质控探针组 – 对于除SureSelect Capture微阵列应用类型外的其他应用类型，集合中的每个微阵列都会含有这些探针的一个集合。这些探针在每个微阵列上的放置方式都相同，具体方式在内置质控探针组规格说明中被定义。
   填充未使用的特征点	您可以使用您选择的探针组来填充微阵列上未使用的特征点。eArray可能仅添加该探针组的一部分，或一些探针组或全部探针组的多个复本，取决于您的设计上的可用空特征点数，以及探针组中的探针数量。如要添加一个完整探针组到您的设计，请使用在上面的添加探针组中描述的方法。 参照以下步骤来填充未使用的特征点： 选中填充微阵列。 在填充微阵列的探针组处，点击 。 一个探针组选择页面会出现在一个新窗口中。关于怎样使用此页面的说明，请参阅选择探针组进行探针查找。 安捷伦对于未被使用的CGH微阵列特征点的指导 在设计CGH微阵列时，如果在探针被选择后有空缺、或空的特征点，安捷伦会有什么样建议作为下一步？我是否应该增加复制的数目或提高密度？增加复制的数目或增加密度有什么利弊？ 不推荐空白，因为Feature Extraction 中的Autogridding将成为一个问题。如果您所选择的设计没有填充满微阵列，以下是安捷伦的建议方案，按优先级排序： （1）选择一个较小的阵列格式。 （2）复制所有的微阵列探针。 （3）使用安捷伦目录探针组填充微阵列。 此外，如果您的优先选择是提高目标基因片段的探针密度，那么请注意，这将导致探针得分较低（详情请见常见问题“对于特定基因组区域，我需要定位多少CGH探针和/或以什么密度 ？” ）。 注意： • 对于microRNA应用类型，eArray总是使用一个单独的预定义的结构阴性探针来填充全部空的特征点。不可以选择一个探针组来填充未使用特征点。 . • 此选项不可用于 SureSelect Capture微阵列应用类型。 • 对于CGH+SNP微阵列，您可以使用CGH探针组来填充未使用的特征点，不能使用SNP探针组。

2. 注意：当您使用一个“设计向导”来创建一个微阵列设计时，仅有随机特征点布局是可用的。如要使用用户指定的探针顺序来创建一个设计，您必须使用另外一种方法来创建设计。

2. 点击下一步 >>。
   
   向导的下一步会出现。
    

步骤4 – 创建微阵列设计

在此步骤中，您将您的设计保存为一个具体的状态。

1. 在您希望怎样保存和创建您的设计？处，选择以下选项之一：

   • 草稿 – eArray将此设计保存为“草稿”状态。仅有您可以编辑此设计。

   • 审查 – eArray将此设计保存为“审查”状态。您工作组中的用户可以编辑此设计并保存新的版本。

   • 完成 – eArray将此设计保存为“完成”状态。此设计可被提交至“安捷伦生产部门”，且没有人可以编辑它。

   • 提交 – eArray将此设计保存为“提交”状态，并将此设计提交至“安捷伦生产部门”。您可以对该设计进行价格咨询，也可以通过eArray在安捷伦在线商店购买它，如果您选择此选项，您必须也点击设计检查清单，然后阅读并选中出现的所有项目。如要预览该检查清单，请参阅微阵列设计/设计集检查清单。

2. 点击保存。
   
   eArray将创建并保存你的设计。会出现一个成功的消息。

3. 点击关闭。
   
   会出现另外一个成功的消息。

4. 点击关闭。
   

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