序列捕获探针文库 |
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在安捷伦的靶向序列捕获实验中，一个序列捕获探针文库就是一个生物素化的RNA寡核苷酸序列捕获探针的集合，您使用它来分离特定的基因组DNA片段以进行测序。您可以使用eArray来查找、上传、创建、和组织特定的序列捕获探针文库中的寡核苷酸序列。一旦您创建了一个序列捕获探针文库，您就可以将它提交至“安捷伦生产部门”，该部门会将它生产以供您使用。您可以在eArray中对该序列捕获探针文库进行价格咨询，然后通过您的安捷伦销售代表进行订购。
序列捕获探针文库包含一个或多个序列捕获探针组，每个序列捕获探针组都包含独立的序列捕获探针。请参阅靶向序列捕获和eArray、序列捕获探针、和序列捕获探针组。
一个创建序列捕获探针文库的最简单的方式就是使用eArray内置的“序列捕获探针文库向导”，它会一步一步的指导您完成序列捕获探针文库的创建过程。每个向导都最终让您可以提交序列捕获探针文库到“安捷伦生产部门”、并让您可以进行价格咨询。eArray提供以下向导：
通过上传序列捕获探针来创建序列捕获探针文库 – 通过一个您上传的文件中包含的序列捕获探针来创建序列捕获探针文库。
通过已存在序列捕获探针组来创建序列捕获探针文库 – 通过查找序列捕获探针组来创建序列捕获探针文库。序列捕获探针组可以是来自“安捷伦目录”，或者是来自eArray系统中任何您具有访问权限的文件夹的序列捕获探针。
通过序列捕获探针叠瓦式设计来创建序列捕获探针文库 – 创建序列捕获探针均匀覆盖所选物种基因组片段的序列捕获探针文库。您可以根据您的具体测序设备和测序流程而优化序列捕获探针创建过程，也可以自定义叠瓦式的密度和序列捕获探针的长度。此外，您还可以指定具体的想要叠瓦的基因组片段，以及禁止叠瓦的片段。
通过序列捕获探针叠瓦式设计来创建一个补充序列捕获探针文库 – 创建一个在您输入的基因组片段上进行叠瓦式设计的序列捕获探针文库。系统会根据您选择的已存在基础库来设定叠瓦式设计的参数。应用此方式，您可以在创建合并库时将额外的探针添加到您所选择的基础库中。
创建一个合并序列捕获探针文库 – 创建一个包含一个所选基础库和一个补充库的序列捕获探针文库。此过程仅可用于特定的安捷伦目录序列捕获探针文库，并且您只可以将探针添加到那些不被包含在目录序列捕获探针文库中的片段上。在您使用此向导前，您必须先在选择一个安捷伦目录序列捕获探针文库，并在其基础上创建一个补充序列捕获探针文库。
eArray同时也提供一些其他针对序列捕获探针文库的选项：
如果您需要的序列捕获探针文库已经存在于eArray中，并且位于安捷伦目录或者一个您具有访问权的目录，那么您就可以查找或浏览它。然后您就可以提交其至安捷伦生产部门并对其进行价格咨询，以及通过eArray从安捷伦在线商店购买该库。查找或浏览结果也会提供给您一些其他命令，您可以对序列捕获探针文库进行管理。请参阅对序列捕获探针文库可进行操作。
您可以创建一个用于复用（multiplexing）的序列捕获探针文库。复用（Multiplexing）总是应用于特定的较小的序列捕获探针文库，对于其他序列捕获探针文库作为一个可用选项。您需要在进行价格咨询或从安捷伦在线商店购买它时选择复用（multiplexing）。
在您创建序列捕获探针文库时，它们会经历几个状态变化。序列捕获探针文库的状态类似于微阵列的状态。关于状态名称的介绍，请参阅微阵列设计/设计集状态综述。
对于SureSelect序列捕获探针文库设计，安捷伦提供以下建议：
在较严格的序列捕获探针设计中避免重复区域 (最多20个碱基对的重复)。
请参照"最优的"序列捕获探针设计策略 (在您建立序列捕获探针叠瓦式设计任务时，选中使用最优参数)。这些参数被证明是在标准状况下有良好表现，并针对给定的测序技术进行了优化。
SureSelect序列捕获流程针对累计容量超过1 Mb的捕获区域进行了优化。因此，1Mb+的捕获数会带来最优的结果。