建立一个简单叠瓦式设计 |
|
“简单叠瓦式设计”创建以平均的间距覆盖到上传的目标序列表达谱类型的探针。如要指定目标序列，您可以上传一个FASTA格式的序列数据文件。关于此过程的综述，请参阅关于简单叠瓦式设计。
点击工作区标签。在合作中不能使用“简单叠瓦式设计”。
如需要，请设置应用类型为表达谱。“简单叠瓦式设计”只能用于表达谱应用类型中。
点击探针
> 简单叠瓦式设计。
“简单叠瓦式设计”页面会出现。
设置以下参数。全部均为必填。
参数 |
说明/详细信息 |
探针详细信息 |
|
设计任务名称 |
为此“简单叠瓦式设计”任务输入一个名称。 |
探针长度 |
输入您想要的探针长度(45到60个碱基对)。 安捷伦发现，对于安捷伦in situ微阵列平台上的大多数实验，60个碱基对的探针长度能提供灵敏性和特异性之间的最优平衡。 |
探针间距和数目 |
选择以下选项之一，并在恰当的框中输入合适的数目。 平均探针间距 – 定义探针中心之间的平均距离(以碱基对为单位)。由于重复区域的存在，探针间的实际距离可能与理想的平均距离不同。 每目标序列探针数 – 定义为每个目标序列所设计探针的平均数目。eArray使用此值来计算每个序列上的平均探针间距。每个序列上设计出来的实际探针数目可能会与指定的数字略有偏差，这通常是因为目标序列内的重复和/或载体被屏蔽的区域，但是这些偏差不会很大，除非序列长度限制了设计过程。 探针总数 – 定义了生成探针的总数，这些探针将会均匀的分布到所有的目标序列上去。eArray首先 计算每个序列生成的探针数，然后使用这些数目来计算平均探针间距。 |
目标文件详细信息 |
|
物种 |
选择想要的物种。该物种就是由您的目标序列数据所代表的物种。 |
以FASTA格式上传 |
|
点击提交。
eArray将提交您的“简单叠瓦式文件”任务至安捷伦进行处理。会有一个消息告知您，在任务完成后您将收到电子邮件通知。
点击退出。
“简单叠瓦式设计”页面会再次出现。您的“简单叠瓦式设计”任务会出现在页面底部的“查找结果”框中，在那里您可以监测它的状态。
您的“简单叠瓦式设计”任务可能需要花费一天或几天才能完成，这取决于队列中排在您的任务前面的任务数量，以及您上传文件的大小。当eArray完成了您的“简单叠瓦式设计”任务后，您将收到一封电子邮件，并且任务的状态会变为“已完成”。然后您就可以查看或下载该结果了，并且您也可以从它们来创建一个新的探针组。
注意：eArray对其他应用类型也有叠瓦式的设计工具。请参阅关于基因组叠瓦式设计和序列捕获探针的叠瓦式设计。此外，您可以进行高密度(HD)查找来从“安捷伦高密度(HD)探针数据库”来检索探针，该数据库包含的多个物种的以极高密度在基因组上叠瓦的HD-CGH和HD-ChIP探针。
相关链接