关于简单叠瓦式设计 |
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“简单叠瓦式设计”的探针是以平均的间距覆盖到上传的目标序列上的表达谱类型探针。如要指定目标序列,您可以上传一个 FASTA格式的序列数据文件。
您可应用以下方法来进行叠瓦式探针设计:
平均探针间距 — 此方法所设计的探针将以平均的间距覆盖到指定的目标序列上。每个探针间距都是您所指定的。运用此方法,不同长度的目标序列将会产生不同数量的探针。由于目标序列存在重复序列,实际的探针间距有可能会不同于您所指定的探针间距。
每序列探针数 — 此方法为您上传文件中的每一个目标序列设计同样指定数量的探针,这些探针将以平均的间距覆盖到指定的目标序列上。运用此方法,eArray将对不同长度的目标序列进行不同密度的叠瓦式设计,并且运用您所输入的每序列探针数来为每个目标序列计算平均探针间隔。由于目标序列存在重复序列以及计算中存在四舍五入,每一序列片段的实际探针数量可能会与指定的数量有所不同。但除非片段长度限制了叠瓦式设计过程,否则这一不同将不会十分明显。
探针总数 — 此方法设计总数为您所指定数目的探针,这些探针将以平均的间距覆盖到您上传文件中的目标序列上。eArray首先 计算计算出每一目标序列所需探针数,然后运用这些探针数来为每一片段计算探针平均间距。
您也可以指定一个您所需要的探针长度,这一长度可以是从45到60碱基之间。
在您建立了一个简单叠瓦式设计任务后,您可以将它提交到安捷伦来进行处理。当您的“简单叠瓦式设计”完成后,您可以查看并下载结果,并基于此结果创建探针组。您也可以删除该任务。
注意:访客用户不可使用”简单叠瓦式设计“,在合作区中也不可以使用”简单叠瓦式设计“。
注意:eArray同时为其他应用类型提供叠瓦式工具。请参阅关于基因组叠瓦式设计和序列捕获探针叠瓦式设计。此外,您也可以使用高密度(HD)查找来从“安捷伦高密度(HD)探针数据库”中获取探针,包含HD-CGH和HD-ChIP探针。这些探针以较高密度(HD)覆盖多个物种的基因组。
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