什么是高密度(HD)查找

使用“基因组叠瓦式设计”而产生的探针，全面的来看，表现会劣于安捷伦HD-CGH数据库中的探针。 安捷伦非常强烈的建议您使用安捷伦的HD -CGH探针数据库，而不是“基因组叠瓦式设计”选项。仅对于那些数据库中没有足够的高密度探针可用的区域，可以考虑“基因组叠瓦式设计”。

数据库中的所有高密度探针（除了没有最优解链温度optimal-Tm探针可用的区域），都已经进行了解链温度匹配，并有预期的表现评分（基于解链温度，GC含量，一个发夹deltaG，序列复杂性，以及衡量与参照基因组的其余部分的相似度的标准）。eArray的成对还原算法（pair-wise reduction algorithm）将基于用户选择的平均高密度（HD）探针间距每间隔或高密度（HD）探针总数来选择最佳的高清探针。此外，高密度探针可以通过解链温度筛选器、相似度筛选器（非独特探针筛选器，完全匹配筛选器，相似度评分筛选器）来进行筛选，或者，目录探针可以被优先选择。 相反，在“基因组叠瓦式设计”中，探针被随机选择，基于探针间隔而不是性能。 唯一能够提高性能的选项，只是探针修剪和跳过重复区域。

下图表示安捷伦的HD-CGH探针的CGH数据和“基因组叠瓦式设计”探针的CGH数据。相比于“基因组叠瓦式设计”探针，HD-CGH探针的中位log2比率曲线 更贴近预期值-1，并在与“基因组叠瓦式设计”探针比较时具有偏差较小。

• 对于使用安捷伦的HD - CGH探针数据库选择的探针：

数据库中所有避免重复区域高密度探针都是解链温度匹配的（除了在某些区域内没有最佳解链温度探针存在），并有预期的表现评分（基于解链温度，GC含量，一个发夹deltaG，序列复杂性，以及衡量与参照基因组的其余部分的相似度的标准）。 eArray的成对还原算法（pair-wise reduction algorithm）将基于用户选择的平均高密度（HD）探针间距每间隔或高密度（HD）探针总数来选择最佳的高清探针。此外，高密度探针可以通过解链温度筛选器、相似度筛选器（非独特探针筛选器，完全匹配筛选器，相似度评分筛选器）来进行筛选，或者，目录探针可以被优先选择。

• 对于使用基因组叠瓦式设计来选择的探针：

GC丰富，高解链温度，以及重复区域的探针是个大问题。在基因组叠瓦式设计中能够提升探针表现的唯一选择，是探针修剪和跳过重复区域。新的探针集合可以进一步改善，通过筛选出高解链温度或GC丰富的探针。解链温度和GC％可从eArray下通过“探针”标签下的“评分自定义探针”功能来实现。然后可以通过搜索筛选出的探针ID，来创建一个新的探针组。

当选中“无筛选器”时，任何探针都可能被选择，无论与其他的基因组位点有多大的相似度。请记住，“非唯一”探针的数据将更加难以解释，使用“非唯一探针筛选器”选项来限制最大完美基因组击中数就会很有帮助。

当选中“完美匹配筛选器”时（或在“非唯一探针筛选器”完美的基因组命中的最大数量设置为1），含有一个以上的完美匹配基因的探针被排除在外，并将因此无法在Segmental Duplication或Pseudo-Autosomal Regions (PAR)中找到复制探针。“相似度评分”筛选器是最严格的筛选器。

该筛选器排除了与基因组其他位点有显著相似度的探针，并且将有无法找到探针的基因组区域。

• 使用“包含区域”并选择“外显子”会限定仅返回那些标记为重叠外显子区域的探针。这在通过基因组或基因注释查找（全文和基因标识符）时有效。设计者应该知道，外显子通常比其他更为GC丰富，这些探针一般来说将有一个较低的探针评分。请参阅常见问题解答“什么是CGH探针评分？”来获取更多信息。使用这种“外显子”方法时，没有可能选择在最近的内含子探针。

• 在eArray之外确认外显子的坐标，并将它们作为基因间隔来选择探针。然后，按照eArray中的“扩展区间边界”，基因片段可以延长超过外显子边界指定数目的碱基对。下面是关于如何确定在UCSC中外显子的坐标。

利用UCSC浏览器的基因表浏览工具，请确保从下拉列表中选择正确的物种和基因组版本。重要的是，版本要匹配eArray。对于“跟踪”，选择所需的基因的定义跟踪，安捷伦建议“CCDS”，“RefSeq Genes”或“UCSC genes”。按照UCSC的指示来限定查找范围。选项包括筛选基因组区域或跟踪标识（名称/登录号）。确保输出含有chrom、exonStarts和exonEnds。这将给出您定义区域的所有外显子的坐标。

若要将这些位置输入到一个eArray高密度(HD)探针查找，按行分段（每个外显子一段），调整起始坐标（the output is 0-based, eArray expects 1-based）。取向（即链信息）不影响eArray的探针查找。例如，下面的行定义了3个外显子（chrom; exon count; exon starts; exon ends）：

chr1; 3，2450045，2451144，2451409，2451048，2451310，

2451544

可转换为eArray所需的格式。：

chr1 :2450046 - 2451048

chr1 :2451145 - 2451310

chr1 :2451410 – 2451544