什么是最优探针 |
一些探针筛选器和探针设计方法从一个给定探针集合中选择出“最优”探针。eArray通常将探针按照它们的主登录号进行分组，然后选出具有同样主登录号的探针中最优的探针。当您在定义探针筛选准则时，您可以将探针以其他方式进行分组、例如探针ID号、基因符号、或者基因名称。
选择最优探针的标准是：
该探针是否是经过验证的？(一个经过验证的探针要好于未经验证的探针。)
该探针距离主登录号的3’端有多近？ (越近越好。)
定义了最优探针后，eArray就首先查找一个主登录号内的经过验证的探针，然后查找这些经验证的探针中距离该主登录号的3'端最近的探针。如果这个主登录号中没有经过验证的探针，那么eArray就会直接查找距离3'端最近的探针，来确定最优探针。
一些特定类型的探针，例如特定的CGH和ChIP探针，以及全部安捷伦SNP探针，都有一个探针评分，该评分反映了当探针被应用于安捷伦微阵列平台上时，具有良好对数比率曲线的可能性。您可以设计一个自定义筛选器来限定某些查找结果中仅返回最优表现探针。此外，当您建立起特定类型的查找时，例如基于基因组片段的SNP探针查找，您可以限定返回探针的数目。eArray使用探针评分来作为基准选择最优探针。请参阅建立一个CGH/ChIP 探针评分任务和查找SNP探针。