查看探针 |
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本主题描述了怎样查看查找您的探针或GO探针查找工具返回的探针。查找结果让您可以查看返回探针的以下信息:
本主题描述了怎样基于主eArray探针数据库中的探针查找来查看探针。您可以用其他eArray工具来查看由GE探针设计、简单叠瓦式探针设计、基因组叠瓦式探针设计、GE探针检查、和高密度(HD)查找获得的探针。此外,您可以在查看探针组时查看探针。
注意:如要查看靶向序列捕获应用类型中的序列捕获探针,请参阅查看序列捕获探针详细信息和统计数据。
您可以查看选定探针的序列和ID信息,以及基于它们碱基组成的统计结果。
注意:此特征点不能用于microRNA或SureSelect靶向序列捕获微阵列探针。
进行一次主探针数据库的探针查找。
一个查找结果框会出现,包含匹配您查找条件的探针。
在“查找结果”框中,选择想要的探针。用以下作为向导:
如要选择一个单个探针,选中它“探针ID”旁边的复选框。
如要选择当前页面的全部探针,选中“查找结果”表中标题行的复选框。
如要在多个页面间进行翻页,请使用“页面”链接。eArray会在您跳转页面时记住您的选择。
如要选择所有页面的全部探针,请选中选择全部结果。
点击显示统计结果。
一个探针列表会出现。每个探针的ID和序列信息都会显示,以及基于探针序列的统计计算结果。下表描述了这些统计值。
统计值 |
描述 |
举例 |
长度 |
探针中的核苷酸数量 |
安捷伦表达谱探针A_12_P119943含有60个核苷酸,则长度 = 60。 |
G% |
探针序列的碱基中G碱基所占的百分比 |
与上面相同的探针:11 Gs; %G = 18.33% |
C% |
探针序列的碱基中C碱基所占的百分比 |
与上面相同的探针:16 Cs; %C = 26.67% |
A%
|
探针序列的碱基中A碱基所占的百分比 |
与上面相同的探针:13 As; %A = 21.67% |
T% |
探针序列的碱基中T碱基所占的百分比 |
与上面相同的探针: 20 Ts; %T = 33.33% |
GC% |
探针序列的碱基中C和G碱基共同占有的百分比 |
与上面相同的探针:11 Gs and 16 C's. % GC = 45% |
PolyX |
探针序列中最长的连续相同碱基(homeomeric run)数目,以碱基对为单位。 |
ATTAGTTTATG的PolyX为3,因为它包含一个连续的三个T。与上面相同的探针包含最长连续碱基对为5,因此PolyX为5。 |
FivePrimeAs |
获探针5'端的任何 poly A序列的长度 |
与上面相同的探针:FivePrimeAs = 0 |
BC_Score |
碱基组成评分: 一个根据探针的碱基组成和分布来定义序列捕获探针质量的数值。 |
BC_1为最佳,BC_Poor为最差。 |
注意:访客用户无法查看探针序列和统计信息。
进行一次主探针数据库的探针查找。
一个查找结果框会列出匹配您查找条件的探针。如要在多个页面间进行翻页,请使用“页面”链接。
每个探针关联的登录号都出现在“查找结果”框的“登录号”栏中。
如果一个登录号显示为一个超链接,点击该链接就会在一个新窗口中打开相关的数据库。对于microRNA探针,miMAT# 栏(成熟miRNA的登录号)会出现在“登录号”栏中。
当您进行一次主探针数据库的探针查找,一些探针注释信息会出现在探针查找结果的初始表格中。查找结果中注释的可用性根据应用类型而异。
如要查看更多的注释信息,从探针查找结果中进行以下任意操作。这些选项的可用性根据应用类型而异。
在“操作”栏中,在想要查看的探针旁边,点击查看。“探针详细信息”页面会在一个新窗口中打开,包含一个探针的登录号和注释的列表。
在“染色体位置”栏中,在想要的探针旁边,点击 。这会在一个新窗口中打开Ensembl genome浏览器,并出现在该指定的染色体位置。
在“染色体位置”栏中,在想要的探针旁边,点击 。这会在一个新窗口中打开UCSC genome浏览器,并出现在该指定的染色体位置。
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