我的探针是否能在安捷伦平台上工作

如果您拥有表达谱类型的探针，特别是您在eArray之外设计的探针，您可以使用eArray的“GE探针检查”功能来查看这些探针能工作于安捷伦平台，并在安捷伦协议下。您可以将探针与一个给定的转录组进行比对，得到一个关于潜在的探针目标和可能的交叉杂交问题的分析。您可以检查一个已经在eArray系统中的探针组，或者一个您上传的文件中的探针。

注意：GE探针检查对访客用户不可用，也不能用于一个合作中。

在您检查GE探针之前

您必须是一名eArray注册用户。
您必须拥有一个探针序列的TDT或FASTA格式文件，或者在eArray中拥有一个探针组，包含您所要检查的探针。
(任选) 为eArray准备一个FASTA格式的转录组文件用来评估潜在的目标和交叉杂交问题。注意：eArray中已经具有很多物种的转录组文件可以使用。

检查GE探针

点击工作区标签。

设置应用类型为表达谱。

点击探针 > GE探针检查。

“GE探针检查”页面将出现。

设置以下参数。全部都为必填。

参数	说明/详细
探针详细信息
设计任务名称	输入一个名称，过后可以让您辨识此“GE探针检查”任务。
物种	选择一个物种，就是与您想要的检查的探针关联的物种。
选择这些选项之一	上传探针文件 – 选择此选项来检查您上传的一个文件中的探针。点击浏览... 一个对话框会出现。选择想要的TDT格式或FASTA格式探针数据文件，然后点击打开。该文件的位置将出现在“上传一个探针文件”中。
选择这些选项之一	选择一个探针组 – 选择此选项来检查一个已存在的探针组中的探针。如要选择一个或多个探针组，点击选择并添加。请参阅选择探针组进行探针查找。
转录组详细信息
选择这些选项之一	无 – 如果您不想指定一个转录组，请选择此选项。如果您选择此选项，eArray仅检查您的探针的基本组成，并不检查潜在的探针序列和交叉杂交。
	选择安捷伦提供的转录组(根据物种) – 选择此选项来使用一个预先定义好的物种转录组作为一个相似数据库。如果您的目标物种是一个可用的转录组代表的，请选择此选项。从列表中选择想要的物种。
	上传转录组文件 – 选择此选项来使用一个上传的转录组数据文件作为一个相似数据库。点击浏览... 一个文件浏览器出现。在您的计算机中选择想要的FASTA格式转录组文件，并点击打开。您的转录组文件的位置将出现在“上传转录组文件”中。

点击提交。

一个消息会通知您，您的任务已经被提交，当它完成后您会收到电子邮件通知。
点击退出。

您的任务会出现在“GE探针检查”页面底部的“查找结果”框中，在那里您可以监测其状态。任务状态将从“队列中”，进行到“设计中”，当其完成时，又会变成“已完成”。如果您的任务状态为“错误”，那就表明eArray无法处理它，您必须重新提交。eArray不会自动更新页面。点击刷新来更新页面至最新版本。

您可能需要等待一天或更多时候，您的任务才能完成，这取决于队列中排在您的任务前面的任务数量，以及所提交的数据量。当eArray完成了您的任务后，它会发送给您一封电子邮件通知。
当您的“GE探针检查任务”完成后，返回“GE探针检查”页面。
在“查找结果”框的操作栏中，在想要查看的任务旁边，点击查看设计。

“探针检查详细信息”页面将在一个新窗口中打开。
下表描述了两种可用的结果类型。点击页面顶部相应的标签来分别查看。

结果

描述

探针检查摘要

经过“GE探针检查”的探针设计集的基本信息和统计信息。

探针检查详细信息

经过“GE探针检查”的探针列表，包含每个探针的序列和基本组成的统计数据、每个探针预测目标序列的编号、和一个对潜在交叉杂交问题的分析。

以下这些关于预测杂交的结果可能会引起您的注意：

预测目标(Predicted Target) – 这是在相似数据库中，与该探针序列最可能形成双螺旋结构的转录物。

交叉杂交可能性(X-Hyb Potential) – 如果您试图测量一个转录物的表达水平，您必须具备唯一识别该目标转录物的探针。如果除该目标转录物外的其他序列与一个探针杂交，那么这就是一个交叉杂交(X-Hyb)事件。如果探针仅识别目标转录本，则交叉杂交(X-Hyb)可能性分数为0。如果预计探针能够识别一个或多个其他的转录物，则交叉杂交(X-Hyb)可能性分数为1。最理想的情况是此分数为0。

交叉杂交目标(X-Hyb Target) – 在相似数据库中，能够与探针序列形成能量最优双链结构的所有转录本中排列第二的转录本，被认为是交叉杂交目标。

点击关闭。

您可以下载结果并基于该结果创建一个探针组。您也可以删除该任务。