在eArray中使用探针

工具

目的

在eArray中查找探针

查找您的探针

在eArray的主数据库中查找具有指定注释的探针。在有些情况下您可以指定多个查找词，或者上传这些查找词的文件。

GO探针查找

在eArray的主数据库中，基于Gene Ontology (GO)查找词查找表达谱类型的探针。

高密度(HD)探针查找

查找eArray独特的高密度(HD)探针数据库，这个探针数据库为CGH和CHIP微阵列提供基因组叠瓦式设计的探针。基于您指定的注释，您可以使用基因组片段查找工具来确定相应的基因组坐标。然后以此坐标来进行高密度(HD)探针查找。

SNP探针查找

查找安捷伦SNP探针，来用于安捷伦CGH+SNP微阵列。这些微阵列既包含CGH探针也包含SNP探针，您也可以找到copy-neutral variations such as uniparental disomy (UPD) and copy-neutral loss (or lack) of heterozygosity (cnLOH). SNP probe searches are available in the CGH application type.

创建并上传探针

上传探针

上传一个含有探针序列和注释的文件至eArray。此工具可用于除小RNA(microRNA)外所有微阵列应用类型。

表达谱(GE)探针设计

基于一个含有目标序列或GenBank登录号的上传文件来创建表达谱类型探针。

基因组叠瓦式设计

创建覆盖eArray中可用安捷伦基因组序列数据的指定区域的CGH、ChIP、或SureSelect Capture微阵列类型探针。

简单叠瓦式设计

创建以平均间隔均匀覆盖所上传序列的表达谱类型探针。

快捷微阵列

直接上传一个探针文件至安捷伦生产部门。此工具可用于表达谱、CGH、和ChIP应用类型。

分析和管理探针

表达谱探针检查

在安捷伦协议下，分析表达谱类型探针来查看它们是否能在安捷伦平台上工作。针对潜在目标和可能出现的交叉杂交问题来分析探针。

探针评分

计算您的探针组中的非安捷伦CGH或ChIP探针的“探针表现评分”。分数越高，就表明一个探针被应用在安捷伦平台的CGH或ChIP微阵列上时，产生良好的对数比例反应的可能性越大。

微阵列计算器

计算承载所给出探针集合所需的指定格式的微阵列数量。

创建探针组

将探针组织成一个逻辑组。

监控探针注释变更

订阅探针注释变更的通知。

重新注释探针

为您自己的CGH或表达谱探针获取更新的注释。eArray将您的探针序列与相关的基因组进行比较排列，然后将公共数据库中最新的注释关联到您的探针。

下载探针

选择探针，并将其保存至您的计算机。