通过上传探针来创建设计(向导)

参数

说明/详细信息

探针参数详细信息

物种

选择您的探针关联的物种。eArray应用此选择的物种有多个目的：

• eArray为您的微阵列设计选择合适的特定物种安捷伦内置质控探针组。对于表达谱平台的设计，物种是不要求的，因为此应用类型的安捷伦内置质控探针组是不区分物种的。

• eArray使用物种作为一个微阵列查找的查找条件。

• 对于CGH和Expressio设计和设计集，在您选择的物种和设计格式允许的情况下，eArray会添加一个重复探针组。Feature Extraction和DNA Analytics使用从这些探针中得来的数据来计算重复性(Reproducibility QC Metric)。

• 对于CGH设计和设计集，eArray添加一个安捷伦归一化探针组到您的设计或设计集，如果您选择的物种和设计格式允许。在下游数据分析过程中，归一化探针组中的探针所产生的数据，将被用于进行微阵列的两色数据归一化。

从上传中移除重复探针

一个重复探针与文件中的另外一个探针具有相同的“探针ID”号。如果您选中此复选框，eArray将上传您文件中重复探针中的第一个，并忽略其他。

• 注意：如果您的探针文件中包含重复探针，而您没有选中从上传中移除重复探针，eArray将在您开始上传后显示一个错误信息，并且不上传您的文件。

探针优先级

此选项指定了，当eArray发现您上传文件中有探针匹配(具有相同探针ID号和序列)您系统中已存在的探针，它会进行什么操作。选择以下选项之一：

更新已存在探针的注释  – 匹配的上传探针的注释将替换已存在探针的注释。在进行探针注释更新时，此选项十分有效。

跳过已存在探针  – eArray将忽略匹配的上传探针，仅上传新探针。

如果探针已存在，则取消上传 – 如果发现一个匹配的上传探针，eArray将取消上传过程。

上传探针文件详细信息

探针组名称

在您上传了您的数据文件之后，eArray会创建一个探针，包含该文件中的全部探针。请为该探针组输入一个名称。

上传文件

如要指定您的探针序列文件，请参照以下步骤。您的文件必须满足探针上传的文件格式和要求中描述的要求。

1. 点击浏览...
   一个对话框将出现。

2. 选择想要的探针数据文件，然后点击打开。
   选中文件的位置将出现在“上传文件”中。

文件格式

选择简化格式或完整格式。关于这两种文件格式的详细信息，请参阅探针上传的文件格式和要求。

文件类型

从列表中选择恰当的文件类型。eArray接受Microsoft Excel (*.xls) 文件，和以制表符分隔的文本(TDT) 文件，后缀为.txt和.tdt。

• 注意：如果您使用Microsoft Excel 2007 创建文件，请将它保存为一个Excel 97-2003工作簿文件。这就使该文件的后缀为所需的*.xls。

参数

说明/详细信息

定义设计

微阵列名称

为微阵列设计输入一个名称。eArray使用此名称作为微阵列设计的一个查找条件，也是在查找结果、列表、以及类似地方用来指代此设计的方式。

微阵列类型

(仅ChIP应用类型) 选择 ChIP (chromatin immunoprecipitation array design) 或 CH3 (methylation array design) 来指定此微阵列的预期目的。eArray将相同的处理两种类型，但在设计、生产、和订购过程中，标签都和微阵列一致。

设计格式

从列表中选择一个设计格式。要查看选中的设计格式的详细信息，请点击显示详细信息。

当您选择一个设计格式时，一个合适于设计格式和应用类型(以及，对于CGH和ChIP应用类型来说，还有物种这一项)的内置质控探针组将出现在“内置质控探针组”处。

仅那些可用于您选择的应用类型的设计格式会出现在列表中。一些应用类型仅支持一种设计格式。

内置质控探针组

所需的安捷伦内置质控探针组的名称将显示为一个链接。点击该链接来查看它的详细信息。eArray会自动选择一个合适于您的设计格式、应用类型、和物种(在某些应用类型下)的内置质控探针组。

如果 出现，您就可以选择一个替换的内置质控探针组。

如要选择一个替换的内置质控探针组：

1. 在内置质控探针组处，点击 。
   一个可用的内置质控探针组的列表将出现在一个新的窗口中。

2. 选择想要的内置质控探针组，然后点击完成。

什么是CGH的内置质控探针组，它包含哪些探针？

• 注意：对于SureSelect靶向序列捕获应用类型，微阵列设计不包含任何安捷伦内置质控探针组。

文件夹

为您新的设计选择一个位置。那些您拥有访问权限的文件夹将出现在列表中。

描述

(选填) 为该设计输入一个简要的描述。

物种

(只读) 您在向导的步骤1设置的物种将出现在这里，仅作告知用。您不能编辑它。

关键词

(选填) 输入新的查找关键词来与该设计关联，用逗号分隔。指定关键词可以帮助您稍后来查找此微阵列设计。

附件

(选填) 附件就是与您的微阵列设计相关的文件或链接。附件文件最大可以有32 MB。如要添加一个或多个附件，请参照以下步骤：

1. 点击 。
   一个页面将在一个新窗口中出现。

2. 在“添加附件”框中，指定以下信息：

名称 – 为附件输入一个名称。此名称将成为您访问附件而用来点击的链接。

类型 – 从列表中选择想要添加的附件的类型。一个附件可以使一个文件或是一个URL。

位置 – 从列表中选择恰当的位置。eArray使用此选项来选择已在您的区域中定位的内容，如果该内容可用的话。

文件 – (仅当您选择附件类型为“文件”时) 点击浏览... 在出现的对话框中选择想要添加的附件，然后点击打开。

URL – (仅当您选择附件类型为“URL”时) 输入因特网资源的位置URL，包括协议说明符。例如，http://www.agilent.com。

3. 点击添加。
   附件将出现在窗口顶部的“附件标题列表”中。会显示一个成功消息。

4. 点击关闭。

5. 如需要，可添加更多附件。
   如果您添加的一个附件出错，在“附件标题列表”中选中它名称旁边的复选框，然后点击移除。

6. 点击完成。
   窗口将关闭。您的附件的名称作为链接出现在“附件”处。.

备注

(选填) 输入一段备注来包含在微阵列设计中。

连接器详细信息

添加连接器到3'端

选中此复选框来添加连接序列到您的探针。

连接器是一些核酸分子，用来被合成到探针序列的3'端。它们只是使活跃探针序列更加远离微阵列表面，这样可以减少位阻现象。这就可以让活跃探针序列可以更多的被用于杂交中。连接器使用随机序列，或从自然界中没有的序列来衍生出连接器。安捷伦提供一个默认的连接器序列供您使用，但您也可以指定您自己的自定义连接器序列。

如果您选中此选项，请同时设置连接器长度和连接器序列参数。

对于CGH微阵列，我应该在什么时候选择附加连接器？

• 注意：
  • 对于SureSelect Capture微阵列和microRNA应用类型，没有连接器选项可用。
  • eArray会添加安捷伦连接器序列到安捷伦探针，即使您选择了应用客户连接序列。

连接器长度

选择以下选项之一：

• 固定探针长度 – 添加核苷酸到探针的3'端，这样探针就可以具有指定的长度。在此框中，输入一个20到60之间的核苷酸数目。如果您的微阵列设计包含长于您指定的长度的探针，eArray将不对其进行处理。它们即不被剪切，也不回被添加连接器。

• 固定连接序列长度 – 添加指定数目的核苷酸到探针的3'端。在此框中，输入一个1到49的核苷酸数目。如需要，eArray将截短探针上的连接器，以防止探针总长度超过60个核苷酸。如果连接器序列短于您指定的长度，eArray将重复连接器序列来达到该长度。

连接序列

选择以下选项之一：

• 应用安捷伦连接序列 – 您无法编辑安捷伦提供的连接器的序列。

• 应用客户连接序列 – 为该连接器输入一个DNA碱基序列。

• 注意：eArray会添加安捷伦连接器序列到安捷伦探针，即使您选择了应用客户连接序列。

任务

说明/详细信息

选择探针和布局选项

添加或移除一个biological或用户内置质控探针组

您可以从您的微阵列设计添加或移除一个biological或用户内置质控探针组。

添加一个biological或用户内置质控探针组

1. 在“探针组详细信息”标签下，点击Biological <type> 探针组详细信息, 然后点击添加。
   一个探针组选择页面会在一个新窗口中出现。

2. 按选择您的探针进行探针查找的描述来选择一个或多个探针组。
   如要添加更多探针组，请再次点击添加。

3. 在对照类型栏，为每个探针组选择想要的对照类型。请参阅下面的更改探针组对照类型。

移除一个biological或用户内置质控探针组

1. 在“探针组详细信息”标签下，点击Biological CGH 探针组详细信息，然后选中您想要移除的探针组旁边的复选框。

2. 点击移除。

3. 注意：
   • 不同的主题分别描述了怎样添加或移除归一化或重复探针组。
   • 一个CGH+SNP微阵列必须至少包含2000个探针，且至少5%的总特征点必须被CGH探针填充。

添加或移除一个归一化探针组

(仅CGH微阵列) 一个归一化探针组就是一个特殊的对照探针组，它提供的数据可以用来归一化eArray生成的两种荧光颜色数据。当您创建一个特定物种和设计格式的微阵列时，eArray自动的添加一个默认的安捷伦归一化探针组。如果归一化探针组出现在您的设计中，您可以下载一个唯一探针的列表，用来使用在“安捷伦特征点提取(FE)”程序中。此文件的名称为Agilent dye normalization probe list for FE。

如要添加一个归一化探针组

1. 在归一化探针组详细信息下，点击添加。
   一个探针组选择页面将出现。

2. 按选择探针组进行探针查找中的描述，选择一个或多个探针组。
   选中的探针组将出现在探针组名称处。

3. 注意：当您添加一个归一化探针组到一个微阵列设计集时，eArray会在设计集内的每一个微阵列上放置一个此探针组的复本。

如要移除一个归一化探针组

1. 在归一化探针组详细信息下，选中您想要移除的探针组旁边的复选框。

2. 点击移除。

添加或移除一个重复探针组

(仅CGH和表达谱微阵列) 一个重复探针组就是一个特殊的对照探针组，Feature Extraction和DNA Analytics可使用此探针组来计算重复性(Reproducibility QC Metric)。这些重复探针组不同于那些用户选择的探针组，尽管用户可以选择在一个微阵列中包含某一探针组的多个复本。

对每种荧光颜色，此度量标准是这些重复探针在去处异常值后，再去除背景的信号强度% CV的中位数。当您创建一个特定物种和设计格式的微阵列时，eArray自动的添加一个默认的安捷伦重复探针组。

如要添加一个重复探针组

1. 在重复探针组详细信息下，点击添加。
   一个探针组选择页面将出现。

2. 按选择探针组进行探针查找中的描述，选择一个或多个探针组。
   选中的探针组将出现在探针组名称处。

3. 在重复处，输入将要包含在设计中的探针组的复本个数。安捷伦建议值为5。

4. 注意：当您条件一个重复探针组到一个微阵列设计集时，eArray会在设计集内的每一个微阵列上放置您指定的个数的此探针组的复本。

如要移除一个重复探针组

1. 在重复探针组详细信息下，选中您想要移除的探针组旁边的复选框。

2. 点击移除。

查看一个探针组

• 在任何可用的探针组名称栏中，点击您想要查看的探针组的名称。.
  
  “查看探针组”页面将在一个新窗口中打开。关于此页面的详细信息，请参阅查看探针组。

更改探针组的对照类型

(当可用时) 在探针组详细信息下，在恰当的探针组旁边的对照类型栏中，选择一个选项。阳性或阴性用户对照探针组必须在您的设计/设计集上共同占用50%或更少的特征点。  

• pos – 选择此选项来指定此探针组为一个阳性用户对照探针组。尽管Feature Extraction软件中的很多统计QC指标不包含阳性对照探针组，阳性对照仍可用于下游分析。通常上说，阳性对照探针组显示显示可预知的信号强度，但这也不是必需的。安捷伦内置质控探针组中的一个阳性对照探针组的例子是安捷伦spike-in 对照探针，它在基因表达谱应用类型中被用于计算QC标准。

• neg –  选择此选项来指定此探针组为一个阴性用户对照探针组。 阴性对照探针组不会产生杂交。自动分配的内置质控探针组都会有足够的阴性对照探针组。如果您有额外的阴性对照探针组，这些阴性对照是被Feature Extraction用于背景信号测定(不管它们是否只有背景信号)。

• biological – Designates that the probe group is not a control (condition = FALSE). It is the default choice for biological probes, which should comprise at least 50% of your design.

• ignore – 在Feature Extraction软件的分析和输出中忽略该探针组。一旦一个微阵列被提交，对照类型就不能被更改了，所以，唯一可以恢复对照类型的方法就是修改设计文件中的对照类型。

• 注意： 
  
  • 在一个微阵列集中，如果您将一个探针组的对照类型更改为neg或pos，您必须同时也选择一个探针分布选项。
  
  • 对于SureSelect Capture微阵列和microRNA应用类型，所有探针组的对照类型都应为biological。

更改探针组的复本数量

(可用于用户非对照探针组。对于CGH和表达谱设计，还可用于重复探针组。) 在探针组详细信息的重复栏中，在想要的探针组旁边，输入您想要包含在微阵列设计中的该探针组的复本数量。

• 注意：对于microRNA应用类型，重复参数永远被设为1。

允许eArray创建一个微阵列设计集

在探针组详细信息下，选中启用微阵列设计集。

如果您选择了此选项，且需要用来承载您的微阵列设计的特征点数目超过了一个微阵列载片上的可用特征点数，eArray就会按需要添加额外的载片。

“创建微阵列设计”框的第三栏中的“填充百分比”数据帮助您监测您的微阵列有多满。如果填充的百分比超过了100%，您必须选中“启用微阵列设计集”才能承载您的设计中的所有探针，或者选择一个具有更多特征点位置的设计格式。

对于一个微阵列集中的阳性或阴性用户对照探针组，您必须同时选择一个探针分布选项。

当您创建一个微阵列设计集时，您可以均匀分布(当可用时) 一个阳性或阴性对照探针组作为微阵列创建过程的一部分。如果您选择了此选项，eArray将探针组中的探针均匀的、随机的平铺到全部用来支持内容的微阵列上。

如果您不选择“均匀分部”，eArray一次应用一个探针组到微阵列上，直到全部探针组都被分配了。它将来自一个探针组的全部探针置于一个微阵列上，并可能导致每个微阵列上的探针数目不同。

• 注意：
  • 一旦您创建了一个单独微阵列设计，您将不能将它转换为一个微阵列设计集，即使您向其中添加了额外的探针并超过了设计格式的容量。相似的，一旦您创建了一个微阵列设计集，您也不能将它转换为单独的微阵列设计。
  
  • “均匀分部”选项不可用于microRNA或SureSelect Capture微阵列应用类型的微阵列。.
  
  • 您不能创建一个CGH+SNP微阵列集。

更改一个微阵列集中的阳性和阴性对照探针组的分布

(可用于含有对照类型为pos或neg探针的微阵列集) eArray总是将每个阳性和阴性对照探针组的复本置于微阵列集中的每个微阵列上。在每个微阵列上，对照探针组中的探针总是随机的分配到特征点上去。然而，您也可以在一定程度上控制探针怎样分配到这些随机选择的特征点。

在探针组详细信息处，在对照探针位置栏中，为每个阳性或阴性用户对照探针组选择以下选项之一：

• 可变随机 – 每个阳性或阴性对照探针在微阵列集合中的每个微阵列上的位置都不一样。例如：eArray在一个微阵列上将探针A随机分配到特征点位置4330。在该集合的另一个微阵列上，探针A可能就会分配到特征点位置961。

• 固定随机 – 一个给定的阳性或阴性对照探针在微阵列集合中的每个微阵列上的位置都一样。例如：eArray在一个微阵列上将探针A随机分配到特征点位置4330。在该集合的另一个微阵列上，探针A也会被分配到特征点位置4330。

• 注意：对于其他类型的探针组，eArray总会以特定的方式安排它们的特征点位置：
  
  • 对照类型为biological或ignore的探针组 – 对于每个重复请求，eArray都会将探针组的一个单个复本随机的置于集合中的每一个微阵列上。
  
  • 重复探针组详细信息框或归一化探针组详细信息框中的探针 – 当这些类型探针被包含进一个微阵列集中时，eArray会应用“可变随机”方式来将每个探针的一个复本置于每个微阵列上。
  
  • 安捷伦内置质控探针组 – 对于除SureSelect Capture微阵列应用类型外的其他应用类型，集合中的每个微阵列都会含有这些探针的一个集合。这些探针在每个微阵列上的放置方式都相同，具体方式在内置质控探针组规格说明中被定义。

填充未使用的特征点

您可以使用您选择的探针组来填充微阵列上未使用的特征点。eArray可能仅添加该探针组的一部分，或一些探针组或全部探针组的多个复本，取决于您的设计上的可用空特征点数，以及探针组中的探针数量。如要添加一个完整探针组到您的设计，请使用在上面的添加探针组中描述的方法。

参照以下步骤来填充未使用的特征点：

1. 选中填充微阵列。

2. 在填充微阵列的探针组处，点击 。
   一个探针组选择页面会出现在一个新窗口中。关于怎样使用此页面的说明，请参阅选择探针组进行探针查找。

安捷伦对于未被使用的CGH微阵列特征点的指导

• 注意：
  • 对于microRNA应用类型，eArray总是使用一个单独的预定义的结构阴性探针来填充全部空的特征点。不可以选择一个探针组来填充未使用特征点。 .
  
  • 此选项不可用于 SureSelect Capture微阵列应用类型。
  
  • 对于CGH+SNP微阵列，您可以使用CGH探针组来填充未使用的特征点，不能使用SNP探针组。