高密度（HD）探针查找示例 |
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此示例显示了您可以怎样建立并提交针对高密度CGH探针的查找任务的一种类型。关于高密度查找的综述，请参阅什么是高密度（HD）查找，和怎样进行高密度（HD）查找。
在此特定的示例中，您建立的高密度探针查找包含人类基因组中一个与多个与乳腺癌相关基因。此外，您希望这些基因最多返回500个探针，并确保这些探针在基因组中没有显著的与次级点位交叉杂交现象。
点击工作区标签 (或进入一个合作)。
设置应用类型为CGH。
在探针标签下，选择高密度（HD）探针查找。
高密度（HD）探针查找框将出现。默认选择为“标准高密度（HD）”探针查找。
在高密度（HD）查找方式处，选择基因注释。
设置一下查找参数。
参数 |
说明/详细信息 |
任务信息 |
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查找名称 |
类型 乳腺癌 |
物种 |
选择 H. sapiens 关于当前人类基因组的版本信息会出现在“版本号码”中。 |
探针选项 |
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筛选器 |
选择探针总数，然后在出现的框中输入500。 此参数设置令查找总共返回500个探针。 |
偏好目录探针 |
保留此选项被选中。如果针对某一给定探针片段，两个探针十分相近，那么此选项会给安捷伦目录探针更高的优先级。 |
使用解链温度（TM）筛选器 |
针对HD-CGH查找，程序会将此筛选器应用于基因组片段查找。 |
相似度筛选器 |
选择相似度评分筛选器。此筛选器会筛掉那些在基因组中含有多个位点的探针，因为在基因组中的多个位点可能会影响探针表现。 |
片段选项 |
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高密度（HD）查找方式 |
保持此参数设置为基因注释。 |
延伸片段边界 |
将5' 端碱基对和3' 端碱基对设置为0。 |
基因注释 |
输入BRCA1|BRCA2|ATM|P53|P65 这些是于乳腺癌相关的基因，您想要找到针对这些基因的高密度探针。请确保用“|”来分隔字符，如上面示例中一样。在开始您的查找之前，eArray会将这些基因名称解析到基因组片段上。 |
包含区域 |
选中全部。 |
标准排除片段 |
不选择此选项。 |
自定义排除片段 |
不选择此选项。 |
点击查找。
eArray将开始高密度查找。一个消息会通知您，您的查找已经被提交。
点击确认。
高密度（HD）探针查找页面会在页面底部的“查找结果”框中显示您的高密度查找，状态为未开始。当eArray进行查找时，该查找的状态会变为查找中，然后变成已完成。点击刷新来查看当前状态。在任务位置栏中，您可以监控您的高密度查找任务在队列中的位置。eArray会在查找结果后给您发送电子邮件。
当查找的状态变为“已完成"后，您就可以从查找结果框中进行以下几个操作：
查看查找的结果 – 在“操作”栏中，在想要查看的查找旁边，点击查看。请查阅查看高密度（HD）查找结果。在您查看结果时，您也可以下载它们并从这些探针创建探针组。
删除查找 – 在“操作”栏中，在想要删除的查找旁边，点击删除。请查阅删除高密度（HD）探针查找任务。
查看查找条件 – 在“操作”栏中，在想要查看的查找旁边，点击查找条件。请查阅查看高密度（HD）查找的查找条件。