更新探针注释

探针注释可能会在一段时间后发生变化。安捷伦会定期的自动更新目录探针。您可以在任何时候使用eArray中的重新注释功能来为您的探针获取最新的注释。eArray将您的探针序列与相关的基因组进行比较排列，然后将公共数据库中最新的注释关联到您的探针。如要指定具体的探针来进行注释更新，您可以上传一个探针文件，或选择一个或多个探针组。eArray会生成一个包含需要更新注释的TDT文件，您可以下载该文件。当前，eArray仅支持对H. sapiens、 M. musculus、和R. norvegicus目标序列的探针注释更新。

注意：
• “探针注释更新”功能会生成一个重新注释的探针的TDT文件，但它不会在eArray系统中更新您的任何探针。如要在系统中更新您的探针，您必须上传重新注释的探针。请确保选中覆盖匹配探针选项。请参阅怎样上传文件至eArray。
• 探针注释更新不可用于microRNA或SureSelect Capture微阵列类型探针，或者靶向序列捕获类型下的序列捕获探针。

在您探针注释更新之前

您必须是一名eArray注册用户。
要重新注释的探针必须为CGH或表达谱类型探针。
您必须在eArray中拥有一个探针组，或一个TDT(*.tdt或*.txt)或Microsoft Excel (*.xls)的探针文件，并且为简化格式。请参阅探针上传的文件格式和要求。
“重新注释”功能将上传您的探针文件，在其中您没有标注栏目的机会。因此，第一栏必须包含探针ID，并且第二栏必须包含探针序列。此外，在您的文件中请不要包含额外的栏目，或者一个栏目标题行。如果您使用的是Microsoft Excel 2007来创建该文件，请将文件保存为一个Excel 97-2003格式的文件。这样文件就将被保存为所需的*.xls格式。

探针注释更新

点击工作区标签，或者进入一个合作。
设置应用类型为表达谱或CGH。
点击探针 > 重新注释。

探针重新注释页面将出现。
在任务详细信息下设置以下参数：

参数	说明/详细
重新注释任务名称	为重新注释任务输入一个名称。eArray使用此名称来在查找结果、列表、以及类似信息中来参考此任务。
探针类型	(只读) eArray基于您之前设置的应用类型来定义探针类型。
物种	选择您的探针适应的物种。

选择以下选项之一：

选项

说明/详细

上传探针文件

为一个TDT (*.tdt 或*.txt)或MS-Excel (*.xls)文件中所包含的探针获取注释。

点击浏览...
一个选择文件对话框将出现。
选择想要的探针文件，然后点击打开。
该文件的位置会出现在“上传探针文件”中。

探针组

为eArray中一个探针组中包含的探针获取注释。

如要选择一个探针组来进行重新注释：

点击选择并添加。
一个探针组选择页面将出现。
选择一个或多个探针组。关于怎样使用此页面的说明，请参阅选择探针组进行探针查找。

点击重新注释。

一个消息将通知您，您的重新注释要求已被提交，在整个过程完成后您将会收到电子邮件通知。
点击关闭。

eArray将会处理您的要求并重新注释您的探针。

您可以在“查找结果”框中监测您的重新注释任务的状态。在状态栏目中，会出现几个名称：
- 挂起 — 您的任务已被提交，但重新注释还未开始。
- 处理中 — eArray正在重新注释进的探针。
- 完成 — eArray已经完成了此任务，并且结果可供您使用。

当您的任务完成后，您将收到一封电子邮件探针。在“重新注释”页面下，在“查找结果”框中，您的探针重新注释任务的状态为“完成”，并且在“操作”栏中会有若干条链接。

您可以对已经完成的探针重新注释任务结果进行以下几项操作。

任务	说明/详细
查看探针重新注释报告	您可以查看该探针重新注释任务的摘要和详细信息。在“查找结果”的操作栏中，在想要的重新注释任务旁边，点击查看。探针注释报告将出现。任意点击标签来查看报告的几个不同的部分：注释摘要 — 任务的基本信息，包括所提交探针的数量、被移除探针的数量的统计值。注释详细信息 — 前100个探针的列表，以及它们被更新后的注释。如要查看多于100个探针，您必须下载该结果(请参阅以下内容)。注释命运 — 前100个探针的列表，包含哪个探针被更新、哪个没有被更新的信息。如要查看多于100个探针，您必须下载该结果(请参阅以下内容)。
下载重新注释结果	您可以下载探针重新注释任务的结果。在操作栏中，在想要的任务旁边，点击下载。一个对话框会出现。点击保存。一个“另存为”对话框会出现。为该文件选择一个位置，然后点击保存。 eArray会下载一个ZIP格式压缩包，包含以下文件： eArrayCustomAnnotationData.tdt — 一个经过重新注释的探针的TDT文件。该文件为完整格式。关于此格式的详细信息，请参阅TDT格式文件。 ProbeCuration_fate — Tab-delimited text文件，包含一个探针列表，以及那些探针被重新注释了、哪些没有的信息。 ProbeCuration_sum — Tab-delimited text文件，包含任务的基本信息，包括所提交探针的数量、被移除探针的数量的统计值。
删除探针重新注释任务	您可以从eArray中删除该探针重新注释任务。当您删除该任务后，您就无法再查看该结果，并且该结果也无法再被下载。在操作栏中，在想要删除的任务旁边，点击删除。一个对话框会出现。点击确认。一个消息会通知您，您的任务已经被成功删除。点击关闭。