怎样上传探针文件至eArray |
一种向eArray中引进新内容的方式就是上传一个探针文件。您可以上传探针序列和注释的数据至eArray,并使用上传的探针来创建一个新的探针组,或将上传的探针添加到一个已存在的探针组中。稍后,您可以用这些探针创建一个微阵列设计。
当您上传探针至eArray,您是将数据提交至一个数据库。数据库的目的是存储并让您可以查找唯一的记录。如果您上传的文件包含重复探针,您可以选中在上传中移除重复探针选项,eArray就会移除重复项。
eArray可以全过程指导您通过上传探针创建一个微阵列设计。请参阅通过上传探针来创建设计(向导)。此外,您可以在eArray中使用快捷微阵列功能来直接上传探针至“安捷伦生产部门”。
注意:
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探针上传不可用于microRNA探针或SNP探针。
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帮助系统的另外一个部分专门描述了用于靶向序列捕获的eArray工具。请参阅靶向序列捕获和eArray。
您必须是一名eArray注册用户。
您的探针文件必须满足特定的要求。请参阅探针上传的文件格式和要求。
注意:请勿一次上传超过200,000个探针至eArray。来自极大上传文件的探针可能较长时间都不会出现在您的账户中。
参数 |
说明/详细 |
探针参数详细信息 |
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物种 |
在下拉列表中选择想要的物种。 |
在上传中移除重复探针 |
一个重复探针与文件中另外一个探针拥有相同的探针ID。如果您选中此复选框,eArray会上传您的文件中每个重复集合的第一个探针,并忽略其他。
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探针优先级 |
这些选项指定了,当eArray发现您上传文件中有探针匹配(拥有相同的探针ID和序列)系统中已存在的探针,eArray会怎样处理。选择以下选项之一: 更新已存在探针的注释 – 上传的匹配探针的注释会替换已存在探针的注释。您可以用此选项来重新注释已存在的探针。 跳过已存在探针 – eArray会忽略上传的匹配探针。 如果探针已存在,则取消上传 — 如果发现一个上传的匹配探针,eArray会取消整个上传过程。 |
上传探针文件详细信息 |
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上传类型 |
选择以下选项之一: 仅上传探针 – 从上传文件的数据创建探针,并将其作为eArray中您可使用的独立探针。 创建新探针组 – 从上传文件的数据创建探针,并将所有探针置于一个探针组中。为探针组输入一个名称。 |
上传文件 |
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文件格式 |
选择简化格式或完整格式。文件格式定义了上传文件中具体的可用数据类型。请参阅探针上传的文件格式和要求。 |
文件类型 |
从列表中选择合适的文件类型。文件类型定义了文件中的数据项目怎样被具体指明和区分。eArray接受以制表位分隔的文本(*.tdt and *.txt)文件和MS-Excel (*.xls)文件。
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点击下一步。
“定义上传文件栏目”框会出现在页面底部,包含您文件前几行数据的预览。
eArray不会解析探针文件中任何已存在的栏目标题数据。如果您的探针文件的第一行是一行栏目标题,请选中我上传的文件包含“栏目标题”,这样eArray就不会将文件的标题行解读成一组探针数据。
在“定义上传文件”框中,在每个栏目下面的列表中,选择最匹配上面具体栏目数据的标签。
探针ID和序列都是必填栏目。如果您希望上传过程忽略一个指定的栏目,请选择忽略。每个标签您只能使用一次,但“忽略”除外,您可以使用多次。
点击上传。
eArray将处理上传文件,并创建探针。如果您选择了“创建新探针组”,eArray同时会创建一个探针组。请确认仔细阅读本主题中关于探针组和重复探针的说明。
一个消息会通知您您的文件已经被成功提交至上传队列,当上传过程完成后,eArray会发送个您一封邮件。
点击关闭。
您可以在工作区主页的“未完成任务”框中监测上传过程。在eArray完成您的上传后,您可以查找您的新探针和探针组,并在微阵列设计中使用它们。
“探针上传”页面会出现,您可以建立另外一个探针文件上传。
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