查找序列捕获探针

 

“查找您的序列捕获探针”功能允许您检索“安捷伦目录”中或您自己的eArray文件夹中的序列捕获探针。除了列出的功能外,您还可以按物种、序列捕获探针长度、所关联的序列捕获探针组、以及在eArray中所处的文件夹位置来限定查找范围。关于序列捕获探针的概述,请参阅序列捕获探针

您可以建立一个比较广义的查找,在此查找中,您输入一个文本串,此方法就随之检索所有在它们任何的注释中包含您所键入文字的探针。例如,查找类型为全部时,您可以键入关键词kinase,并且不要求精确匹配,此查找就会返回所有注释中包含此字眼的探针,包括注释像protein kinase C, delta, 以及 hexokinase 3这样的探针。当您第一次探究数据库的内容,并想要了解系统中包含什么类型的探针时,此方法十分有效。您可以用最少量的信息返回一条序列捕获探针,您也可以用更宽松的查找条件来返回更多的探针。然而,如果查找条件过于概括,返回的探针可能过多。如要进行更有选择性的查找,您可以设定查找关键词的精确匹配 - 例如,例如,如果您在您的查找条件中指定一个访问值为Q005,那么Q0057就不会出现在您的查找结果中。

另外一个“查找您的序列捕获探针”选项是建立起一个针对某一注释或登录号类型的查找。具体包括序列捕获探针ID号、登录号、基因名称、精确染色体坐标、序列、或者cytobands。如要根据某一指定类型的注释或登录号来返回探针,eArray要求精确匹配,您在设定查找参数时,您必须设定完整的数值。您也可以输入或上传多个查找参数值,eArray会返回匹配这些值的序列捕获探针。此方法十分强大,它可以返回一个定义好的探针集合、或者基于一组条件而返回的一个探针。然而,准确的定义各个参数来返回所需要的结果是需要花费很大力气的,也可能会将条件定义的过于严格。

“查找您的序列捕获探针”让您可以讲查找范围限定在某个指定的物种、序列捕获探针组、序列捕获探针文库、以及/或位于指定的文件夹中的序列捕获探针。

  1. 点击工作区标签,或进入一个合作

  2. 设置应用类型靶向序列捕获。

  3. 点击序列捕获探针标签。

    查找页面将出现。默认情况下选择的时“查找您的序列捕获探针”。

  4. 查找类型中,选择想要的选项,然后按以下的描述来设定想要使用的查找条件。对于除全部外的任何查找类型,程序仅支持精确匹配。

查找类型

说明/详细信息

全部

在此类型查找中,您设定一个单独的查找关键词。eArray会返回任何注释或登录号匹配该关键词的序列捕获探针。

  1. 查找类型中,在空对话框中输入想要的查找关键词。

  2. 请进行以下操作:

  3. 如要返回那些注释或登录号精确匹配关键词的序列捕获探针,包括大小写,请选中精确查找。

  4. 如要返回那些注释或登录号中包含关键词的序列捕获探针,且不区分大小写,请清除精确查找选项。

序列捕获探针ID号

在框中输入一个探针ID。通过分隔符"|"来区分多个ID。查找会返回那些ID号精确匹配的序列捕获探针。序列捕获探针ID号对每一个序列捕获探针都是唯一的。

或者,若要上传一个包含所需探针ID数据的文件,请点击上传,然后选择想要的文件。请参阅上传数据至探针查找

登录号

在文本框中,输入一个有效的登录号,或者将多个登录号用分隔符"|"分隔。查找会返回登录号精确匹配的序列捕获探针。登录号对每一个寡核苷酸序列都是唯一的,该寡核苷酸序列是一个序列捕获探针的目标序列、或是一个作为一个目标序列的蛋白质序列。请指定不含源的登录号。例如,将ref|NM_015752列为NM_015752。

或者,您可以上传一个包含登录号数据的文件,请点击上传,然后选择想要的文件。请参阅上传数据至探针查找

Cytoband

在框中输入一个cytoband。多个cytoband用分隔符"|"分隔。查找仅会返回在所列出的cytoband中找到的序列捕获探针。请参照此示例格式:11p15.4

或者,如要上传一个包含cytoband数据的文件,请点击上传,然后选择想要上传的文件。请参阅上传数据至探针查找基因组片段格式

基因符号

在框中输入一个有效的基因符号。将多个基因符号用分隔符"|"分隔。查找会返回与该基于名称精确匹配的序列捕获探针。基因符号就是代表某个特定基因的唯一的缩写,例如H3N1、或CTSB。

或者,如要上传一个包含基因符号数据的文件,请点击上传,然后选择想要上传的文件。请参阅上传数据至探针查找

染色体位置

输入一个位置,格式为chrX:<start>-<end>。使用整数作为起始和终止的位置,例如:chr5:160211347-160289906。将多个位置用分隔符"|" 来区分。请至少指定一个染色体位置。

或者,您也可以上传一个包含所需的染色体位置的文件。点击上传,然后从您的计算机中选择想要的文件。请参阅上传数据至探针查找

  • 注意: 此类型查找返回精确匹配指定染色体位置的探针。如要创建覆盖您指定的基因组区域的序列捕获探针,请使用序列捕获探针叠瓦式设计工具。

序列捕获探针序列

在框中输入一个有效的序列捕获探针序列、或多个序列,通过分隔符"|"间隔。查找会返回序列精确匹配的序列捕获探针。

若要从一个文件上传查找序列,点击上传。请参阅上传数据至探针查找

  1. 设置其余的查找参数。文件夹、物种、以及长度是必填的。这些参数辅助限制查找的条件。

参数

说明/详细

文件夹

从列表中选择一个文件夹。“染色体位置查找”会仅返回该被选中的文件夹中的序列捕获探针。如果您想要在您的查找中包含子文件夹,请选中包含子文件夹。

物种

选择想要的物种。

长度

(必填) 当前,安捷伦支持长度为120个核苷酸的序列捕获探针。

在以下序列捕获探针组中应用

(选填) 如要将您的查找限定在指定的探针组中,请点击选择并添加。请参阅选择探针组进行探针查找

在以下序列捕获探针文库中应用

如果您设置此参数,查找会仅返回您指定的序列捕获探针文库中的探针。如要指定序列捕获探针文库,请点击选择并添加。一个序列捕获探针文库选择窗口会出现。此选择窗口与选择探针组进行探针查找的窗口功能和用法相似。

  1. 点击查找。

    eArray将开始您所要求的查找。查找可能会进行一段时间。

    一旦eArray完成查找,一个“查找结果”框会出现,包含匹配您查找条件的序列捕获探针。在此框中,您可以对返回的序列捕获探针进行操作。请参阅探针查找结果的用处。

    此外,您可以筛选序列捕获探针查找结果:

    您可以按照创建自定义探针筛选器一样来创建自定义序列捕获探针筛选器。

相关链接

序列捕获探针

序列捕获探针组

靶向序列捕获和eArray