靶向序列捕获和eArray |
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靶向序列捕获，也被称为基因组分区，是一种将特定基因组DNA片段分离以排序的方法。您可以使用一个由互补的寡核苷酸“序列捕获探针”组成的序列捕获探针文库，来获得想要的片段(目标DNA)。目标DNA能与序列捕获探针很好的杂交，但其他DNA缺与之不能杂交，这样就得到了一种有力的选择方法，让您可以专注于您的测序工作。
当您从安捷伦订购一个序列捕获探针文库时，您最终收到的产品是一个套件，包含一个生物素化的RNA寡核苷酸集合。然而，作为序列捕获探针文库生产过程的一部分，安捷伦将首先创建DNA寡核苷酸，然后将它们转录成RNA。因此，当您在eArray中创建一个序列捕获探针文库时，您要以DNA碱基(A、C、G、T)来指定序列捕获探针的序列。
通过eArray，您可以访问已存在的序列捕获探针和序列捕获探针文库，或者创建自定义的序列捕获探针文库。一个序列捕获探针文库就是一个试管中的寡核苷酸的集合，而不是一个微阵列中的寡核苷酸集合，但是您可以
运用eArray设计完好的微阵列创建流程结构来轻松的设计和获得您所需要的序列捕获探针。如要使用eArray来参加序列捕获探针文库，您必须成为一名eArray注册用户。当您登陆到eArray时，您需要设置应用类型为SureSelect靶向序列捕获，然后相应的标签和目录就会出现。当您成为一名注册用户之后，您也拥有了对eArray的庞大、稳定的微阵列设计工具集合的使用权。
在eArray中，序列捕获探针文库包含一个或多个序列捕获探针组，每个探针组包含多个独立的序列捕获探针：
eArray将各个序列捕获探针和以及各个序列捕获探针组保存为不同的条目，这样您就可以讲它们作为基础来创建序列捕获探针文库。
对于单独的序列捕获探针，您可以使用安捷伦目录中已存在的序列捕获探针和/或您自己的探针。如要将您自己的序列捕获探针添加进入eArray，您可以上传它们，您也可以通过序列捕获探针叠瓦式设计，这是一项创建均匀分布在选定的基因组区域上的序列捕获探针的方法。
如要将序列捕获探针组织成序列捕获探针组，您可以根据简单查找、高级查找、或者染色体位置查找来选择序列捕获探针。您也可以创建一个序列捕获探针组，包含您自己上传的、或您通过叠瓦式设计而获得的探针。序列捕获探针和序列捕获探针组是不同的条目 — 您可以在任意多个序列捕获探针组中应用一个单独的序列捕获探针。
一个最简单的创建序列捕获探针文库的方式就是应用eArray中内置的“序列捕获探针文库向导”。每个向导都会带领您一步步的完成序列捕获探针文库创建的整个过程。在您完成一个向导之后，您可以提交您的新设计的序列捕获探针文库到“安捷伦生产部门”。如要获得该序列捕获探针文库，您需要通过eArray网站在线进行价格咨询，然后通过您的安捷伦销售代表下订单。eArray拥有几种“序列捕获探针文库设计向导”：
通过序列捕获探针叠瓦式设计来创建序列捕获探针文库 – 应用此向导来基于均匀分布于指定基因组片段的寡核苷酸创建序列捕获探针文库。
通过已存在序列捕获探针组来创建序列捕获探针文库 – 应用此向导来应用已存在的序列捕获探针的集合创建序列捕获探针文库。您可以包含您自己的序列捕获探针组，如果它们存在于eArray系统中，您也可以包含安捷伦目录中的序列捕获探针组。
通过序列捕获探针上传来创建序列捕获探针文库 – 应用此向导来基于一个您上传的序列捕获探针序列的文件创建序列捕获探针文库。
通过序列捕获探针叠瓦式设计来创建一个补充序列捕获探针文库 – 创建一个在您输入的基因组片段上进行叠瓦式设计的序列捕获探针文库。系统会根据您选择的已存在基础库来设定叠瓦式设计的参数。应用此方式，您可以在创建合并库时将额外的探针添加到您所选择的基础库中。
创建一个合并序列捕获探针文库 – 创建一个包含一个所选基础库和一个补充库的序列捕获探针文库。此过程仅可用于特定的安捷伦目录序列捕获探针文库，并且您只可以将探针添加到那些不被包含在目录序列捕获探针文库中的片段上。在您使用此向导前，您必须先在选择一个安捷伦目录序列捕获探针文库，并在其基础上创建一个补充序列捕获探针文库。
eArray同时也提供一些其他针对序列捕获探针文库的选项：
如果您需要的序列捕获探针文库已经存在于eArray中，并且位于安捷伦目录或者一个您具有访问权的目录，那么您就可以查找或浏览它。然后您就可以提交其至安捷伦生产部门并对其进行价格咨询，以及通过eArray从安捷伦在线商店购买该库。查找或浏览结果也会提供给您一些其他命令，您可以对序列捕获探针文库进行管理。请参阅对序列捕获探针文库可进行操作。
您可以创建一个用于复用（multiplexing）的序列捕获探针文库。复用（Multiplexing）总是应用于特定的较小的序列捕获探针文库，对于其他序列捕获探针文库作为一个可用选项。您需要在进行价格咨询或从安捷伦在线商店购买它时选择复用（multiplexing）。
在您创建序列捕获探针文库时，它们会经历几个状态变化。序列捕获探针文库的状态类似于微阵列的状态。关于状态名称的介绍，请参阅微阵列设计/设计集状态综述。
如果您需要更大的自由度，或者在创建过程中专注于某一特定的方面，eArray也允许您这样进行设计。详细信息请参阅以下主题：
安捷伦对于自定义SureSelect靶向序列捕获探针文库提供以下建议：
当您使用序列捕获探针叠瓦式设计时，请以高严格度（最多20个碱基对重合）避免重复区域。
请使用“最优化"序列捕获探针叠瓦式设计策略。请在建立一个序列捕获探针叠瓦式设计任务时选中使用最优参数复选框。这些参数被证明在标准条件下表现良好，并且针对每种可用的测序技术都做了优化。
SureSelect靶向序列捕获流程已经针对累计大小大于1 Mb的捕获区域进行了优化。因此，对于1Mb+的捕获，也会有最优结果。
其他来自安捷伦的建议可以参阅序列捕获探针叠瓦式设计。此外，针对SureSelect靶向序列捕获应用类型的安捷伦指导也十分有用。如要浏览这些指导，请登陆eArray登陆页面。在附加信息下，点击SureSelect靶向序列捕获指导（含向导）或SureSelect靶向序列捕获指导（不含向导）。
eArray让您与他人的合作变得十分简单，无论此人是与您同在一个大楼中，还是在世界的其他任何地方。您可以创建一个与他人的合作，然后大家一起创建并提交一个共同感兴趣的序列捕获探针文库。您创建的合作区同您的个人工作区具有很多相同的工具。详细信息请参阅以下主题：