建立一个基因组叠瓦式设计

参数

说明/详细信息

探针详细信息

设计任务名称

为此“基因组叠瓦式设计”任务输入一个名称。

探针长度

输入您想要的探针长度(45到60个碱基对)。如果您想选择 解链温度剪切，请保持此长度设置为默认值60个碱基对。对于SureSelect Capture微阵列应用类型，探针长度为60碱基对，且不能被更改。

探针间距和数目

选择以下选项之一，并在恰当的框中输入合适的数目。

平均探针间距 – 定义探针中心之间的平均距离(以碱基对为单位)。由于重复区域的存在，探针间的实际距离可能与理想的平均距离不同。

每目标序列探针数 – 定义为每个目标序列所设计探针的平均数目。eArray使用此值来计算每个序列上的平均探针间距。每个序列上设计出来的实际探针数目可能会与指定的数字略有偏差，这通常是因为目标序列内的重复和/或载体被屏蔽的区域，但是这些偏差不会很大，除非序列长度限制了设计过程。

探针总数 – 定义了生成探针的总数，这些探针将会均匀的分布到所有的目标序列上去。eArray首先 计算每个序列生成的探针数，然后使用这些数目来计算平均探针间距。

安捷伦关于CGH微阵列探针密度的指导

目标文件详细信息

物种

选择想要的物种。该物种当前可用的基因组版本会出现在“基因组版本”中。

基因组片段

输入cytoband或染色体位置，用分隔符"|"分隔。请参阅基因组片段格式。

您也可以上传一个基因组片段的文件：

1. 点击上传。
   一个文件上传窗口会出现。

2. 点击浏览...
   一个对话框会出现。

3. 选择包含所需基因组片段的文件，然后点击打开。
   该文件的位置会出现在“文件名称”处。

4. 点击上传文件。
   该文件中包含的基因组片段会出现在“基因组片段”处。多个基因组片段会通过分隔符"|"来分隔。

5. 注意：您可以使用基因组片段查找来返回与具体基因注释或登录号相关联的基因组片段的列表。

跳过屏蔽重复序列区域

选择此选项来在叠瓦式设计过程中忽略选中的基因组片段中的重复序列区域。

允许探针被剪切

(可用于CGH和ChIP应用类型，如果您将“探针长度”设为46碱基对或更多) 如果选中此复选框，则允许探针被剪切至短于“探针长度”处的长度。此操作可以使解链温度(Tm)接近目标解链温度(Tm)。探针不会被被剪切到少于45个碱基对。

最优探针解链温度(Tm)

(可用于CGH和ChIP应用类型) 请输入一个首选的探针解链温度(以 ° C为单位)。探针叠瓦式设计算法会剪切探针，来使它们的解链温度(Tm)接近要求的解链温度。请将“首选解链温度(Tm)”设为比您预期的杂交温度高20 ° C左右。

解链温度(Tm)的定义是，在此温度下，DNA的两条互补链中，双链形式和单链形式以50:50的混合。

延伸片段边界

(可用于SureSelect Capture微阵列应用类型) 选中此选项可以返回一些在定义的基因区域之外的探针。您可以在5'端和/或3'端的方向进行延伸，请输入想要在目标序列区域的5'端和3'端上延伸的碱基对。