怎样使用基因组片段查找

高密度(HD)查找和“基因组叠瓦式设计”使用基因组片段作为参数。您可以应用“基因组片段查找”来产生一个与具体注释相关的基因组片段的列表。“基因组片段查找”可用于CGH、CHIP、以及SureSelect Capture微阵列应用类型。

• 注意：对于SureSelect靶向序列捕获应用类型，eArray也可以返回专门代表与指定注释关联的外显子基因组片段。请参阅发现外显子片段。

本帮助主题包含以下部分：

• 基因组片段查找(简单查找) — 在此查找方法中，您输入一个查找字符串，然后程序就会返回那些在注释中包含该字符串的基因组片段。

• 基因组片段查找(高级查找) — 在此查找方法中，您指定一个或多个登录号、cytoband、和/或基因符号。程序会返回匹配任何这些值的基因组片段。

• 对返回的基因组片段进行操作 — 在您使用eArray检索并返回了基因组片段之后，您可以下载选中的基因组片段、开始一个高密度(HD)查找、开始一个基因组叠瓦式设计任务、或者查看与一个或多个基因组片段关联的染色体列表。

基因组片段查找(简单查找)

1. 点击工作区标签(或者进入一个合作)。

2. 设置应用类型为CGH、ChIP、或SureSelect Capture微阵列。

3. 点击探针，然后点击基因组片段查找。
   
   “基因组片段查找”框会出现。

4. 在查找关键词处，输入查找字符串。

5. 在物种处，从列表中选择想要的物种。如要选择全部可用物种，请选择全部。

6. 点击查找。
   
   eArray会检索基因组片段。一个“查找结果”框会出现。对于每个基因组片段，该框都列出与之相关联的注释和对于它可用的高密度(HD)探针数。

基因组片段查找(高级查找)

1. 点击工作区标签(或者进入一个合作)。

2. 设置应用类型为CGH、ChIP、或SureSelect Capture微阵列。

3. 点击探针，然后点击基因组片段查找。
   
   “基因组片段查找”框会出现。

4. 在框的底部，点击高级查找。
   
   “基因组片段查找”的“高级查找”框会出现。

5. 请输入以下一个或多个查找关键词。eArray将返回那些精确匹配您的查找条件的基因组片段。
   

   条件	说明/详细信息
   登录号	输入一个不含源的登录号，或多个用分隔符“|”分隔的登录号。查找会返回每个登录号相应的基因组片段。基因组片段必须精确匹配登录号。请在登录号中使用大写字符。 例如: NM_012257|Q0055|NM_012298 您也可以上传一个含有登录号的文件。请准备一个后缀为*.txt的纯文本文件。每行列出一个登录号，每行用一个换行符号（按回车）结束。如要上传一个包含这些查找参数的文件，请点击上传。详细信息请参阅上传数据至探针查找。
   Cytoband	输入一个不含源的Cytoband，或多个用分隔符“|”分隔的Cytoband。查找会返回每个Cytoband相应的基因组片段。基因组片段必须精确匹配Cytoband。请使用小写字母来指定p或q染色体臂。 例如:1p22.2|2q33.3 您也可以上传一个含有Cytoband的文件。请准备一个后缀为*.txt的纯文本文件。每行列出一个Cytoband，每行用一个换行符号（按回车）结束。如要上传一个包含这些查找参数的文件，请点击上传。详细信息请参阅上传数据至探针查找。
   基因符号	输入一个不含源的基因符号，或多个用分隔符“|”分隔的基因符号。查找会返回每个基因符号相应的基因组片段。基因组片段必须精确匹配基因符号。请在基因符号中使用大写字符。 例如: H3N2|BRMS1|BRCA1 您也可以上传一个含有基因符号的文件。请准备一个后缀为*.txt的纯文本文件。每行列出一个基因符号，每行用一个换行符号（按回车）结束。如要上传一个包含这些查找参数的文件，请点击上传。详细信息请参阅上传数据至探针查找。
   物种	从列表中选择一个物种。这会将您的查找限定在选中的物种中。如要返回所有物种的基因组片段，请选择全部。

6. 点击查找。
   
   eArray将会查找匹配的基因组片段。一个“查找结果”框会出现。对于每个片段，在该框中都会列出相关的注释和其中可用的高密度(HD)探针。

对返回的基因组片段进行操作

在eArray显示了返回的基因组片段后，您可以下载它们、应用它们来进行一次新的高密度(HD)查找、以及查看它们所代表的染色体列表。

1. 如要在“查找结果”中的基因组片段中进行导航，或者要选中它们进行进一步的操作，请按以下说明操作：

2. 任意进行以下操作：

相关链接

什么是高密度(HD)查找

怎样进行高密度查找