查看序列捕获探针的详细信息和统计数据

 

在您进行序列捕获探针查找后,查找结果让您可以查看返回的序列捕获探针的信息:

查看序列捕获探针的序列和统计数据

查看序列捕获探针的登录号和注释

此主题描述了根据序列捕获探针查找来查看序列捕获探针。此外,您可以在查看序列捕获探针组时,查看序列捕获探针。

查看序列捕获探针序列和统计数据

您可以查看选定探针捕获探针的的序列和ID信息,以及基于它们碱基组成的统计结果。

  1. 进行一次序列捕获探针查找

    一个查找结果框会列出匹配您的查找条件的序列捕获探针列表。

  2. 在“查找结果”框中,选择想要查看的序列捕获探针。使用以下来作为向导:

  1. 点击显示统计结果。

    一个序列捕获探针列表会出现。每个序列捕获探针的ID和序列信息都会显示,以及基于序列捕获探针序列的统计计算结果。下表描述了这些统计值。

统计值

描述

举例

长度

序列捕获探针中的核苷酸数量

一个具体的序列捕获探针含有60个核苷酸,则长度 = 60。

G%

序列捕获探针序列的碱基中G碱基所占的百分比

与上面相同的序列捕获探针:11 Gs; %G = 18.33%

C%

探针序列的碱基中C碱基所占的百分比

与上面相同的探针:16 Cs; %C = 26.67%

A%

探针序列的碱基中A碱基所占的百分比

与上面相同的探针:13 As; %A = 21.67%

T%

探针序列的碱基中T碱基所占的百分比

与上面相同的探针: 20 Ts; %T = 33.33%

GC%

探针序列的碱基中C和G碱基共同占有的百分比

与上面相同的探针:11 Gs and 16 C's. % GC = 45%

PolyX

序列捕获探针序列中最长的连续相同碱基(homeomeric run)数目,以碱基对为单位。

ATTAGTTTATG的PolyX为3,因为它包含一个连续的三个T。与上面相同的探针:包含最长连续碱基对为6,所以PolyX = 6。

FivePrimeAs

序列捕获探针5'端的任何 poly A序列的长度

AAAAAATTGCATTA    FivePrimeAs = 6

BC_Score

 

Base Composition Score: 一个根据序列捕获探针的碱基组成和分布来定义序列捕获探针质量的数值。

BC_1为最佳,BC_Poor为最差。

 

MAX_SUBSEQ_TM

在探针全长中具有最高解链温度(Tm)的20个相邻碱基对。

 

DELTAG

计算出的自我折叠的delta G。这指示了一个序列捕获探针发生自我折叠的可能性,这种现象会影响生产过程和对所需的基因组片段的捕获。

 

 

查看探针登录号和注释

  1. 进行一次序列捕获探针查找

    一个查找结果框会列出匹配您查找条件的探针。如要在多个页面间进行翻页,请使用页面链接。

    每个探针关联的登录号都出现在“查找结果”框的“登录号”栏中。如果有额外信息可用,它会出现在查找结果的其他栏目中。

    如果一个登录号显示为一个超链接,点击该链接就会在一个新窗口中打开相关的数据库。

  2. 如要查看额外注释,请从序列捕获探针查找结果来进行以下操作:

相关链接

靶向序列捕获和eArray

序列捕获探针