Searching for probes

微阵列的一个基本元素就是探针，eArray提供多种方式供您定义您需要的探针。主要方式之一就是查找。在eArray中，您可以通过多种搜索方法来检索您感兴趣的探针。此外，探针查找提供给您一种简单的、可以让您根据自己的准则建立探针组的方法。接下来您就可以用一个或多个探针组来创建一个微阵列设计。请参阅为什么要创建探针组。

您可以自定义eArray来预先设置特定的查找参数。您也可以自定义查找结果的内容和栏目的顺序。请参阅设置用户偏好。

eArray探针查找工具

您可以通过以下几种方式来在eArray主探针数据库中进行查找：

您也可以在另外的一个数据库中查找为CGH和CHIP应用类型设计的高密度(HD)探针，这些高密度(HD)探针均匀分布在整个基因组中(以基因组叠瓦式设计而创建)。请参阅什么是高密度(HD)查找。

选择一个查找工具

对于已经设计好的探针，您所使用的查找探针方法就取决于您对该目标序列的熟悉程度。例如，如果您不了解具体的转录本或基因ID号，您可以使用GO查找，来基于有关目标序列的生物过程或目标序列的分子功能来检索探针。

通过查找您的探针(简单查找)，您可以采取一个与前一个方法相似，但更非结构化的方法。您可以在查找准则处输入一个或多个关键词，来检索探针注释。探针注释通常描述目标基因的功能。此查找返回所有注释中含有您所键入的关键字词的探针。如果您知道您想要探针的具体目标序列，您可以使用查找您的探针。通过方法让您可以上传GenBank登录号或基因符号列表，从而检索所有匹配的探针。此方法允许您输入非常具体的查找准则。

来自安捷伦的指导

这需要通过不同的，迭代的搜索工作来完成。对于每个搜索，都有一个探针组被创建，然后通过结合不同的探针组来设计微阵列。一旦所有的探针组都被创建，在“微阵列”标签下就会有一个微阵列计算器，来帮助计算对于所给定数量的探针来说，哪种阵列格式比较合理。在“探针组”标签下也会有一些工具来对探针组进行比较并消除不同的探针组中重复探针。

使用“基因组叠瓦式设计”而产生的探针，全面的来看，表现会劣于安捷伦HD-CGH数据库中的探针。安捷伦非常强烈的建议您使用安捷伦的HD -CGH探针数据库，而不是“基因组叠瓦式设计”选项。仅对于那些数据库中没有足够的高密度探针可用的区域，可以考虑“基因组叠瓦式设计”。

数据库中的所有高密度探针（除了没有最优解链温度optimal-Tm探针可用的区域），都已经进行了解链温度匹配，并有预期的表现评分（基于解链温度，GC含量，一个发夹deltaG，序列复杂性，以及衡量与参照基因组的其余部分的相似度的标准）。eArray的成对还原算法（pair-wise reduction algorithm）将基于用户选择的平均高密度（HD）探针间距每间隔或高密度（HD）探针总数来选择最佳的高清探针。此外，高密度探针可以通过解链温度筛选器、相似度筛选器（非独特探针筛选器，完全匹配筛选器，相似度评分筛选器）来进行筛选，或者，目录探针可以被优先选择。相反，在“基因组叠瓦式设计”中，探针被随机选择，基于探针间隔而不是性能。唯一能够提高性能的选项，只是探针修剪和跳过重复区域。

下图表示安捷伦的HD-CGH探针的CGH数据和“基因组叠瓦式设计”探针的CGH数据。相比于“基因组叠瓦式设计”探针，HD-CGH探针的中位log2比率曲线更贴近预期值-1，并在与“基因组叠瓦式设计”探针比较时具有偏差较小。

• 对于使用安捷伦的HD - CGH探针数据库选择的探针：

数据库中所有避免重复区域高密度探针都是解链温度匹配的（除了在某些区域内没有最佳解链温度探针存在），并有预期的表现评分（基于解链温度，GC含量，一个发夹deltaG，序列复杂性，以及衡量与参照基因组的其余部分的相似度的标准）。 eArray的成对还原算法（pair-wise reduction algorithm）将基于用户选择的平均高密度（HD）探针间距每间隔或高密度（HD）探针总数来选择最佳的高清探针。此外，高密度探针可以通过解链温度筛选器、相似度筛选器（非独特探针筛选器，完全匹配筛选器，相似度评分筛选器）来进行筛选，或者，目录探针可以被优先选择。

• 对于使用基因组叠瓦式设计来选择的探针：

GC丰富，高解链温度，以及重复区域的探针是个大问题。在基因组叠瓦式设计中能够提升探针表现的唯一选择，是探针修剪和跳过重复区域。新的探针集合可以进一步改善，通过筛选出高解链温度或GC丰富的探针。解链温度和GC％可从eArray下通过“探针”标签下的“评分自定义探针”功能来实现。然后可以通过搜索筛选出的探针ID，来创建一个新的探针组。

当选中“无筛选器”时，任何探针都可能被选择，无论与其他的基因组位点有多大的相似度。请记住，“非唯一”探针的数据将更加难以解释，使用“非唯一探针筛选器”选项来限制最大完美基因组击中数就会很有帮助。

当选中“完美匹配筛选器”时（或在“非唯一探针筛选器”完美的基因组命中的最大数量设置为1），含有一个以上的完美匹配基因的探针被排除在外，并将因此无法在Segmental Duplication或Pseudo-Autosomal Regions (PAR)中找到复制探针。“相似度评分”筛选器是最严格的筛选器。

该筛选器排除了与基因组其他位点有显著相似度的探针，并且将有无法找到探针的基因组区域。

• 使用“包含区域”并选择“外显子”会限定仅返回那些标记为重叠外显子区域的探针。这在通过基因组或基因注释查找（全文和基因标识符）时有效。设计者应该知道，外显子通常比其他更为GC丰富，这些探针一般来说将有一个较低的探针评分。请参阅常见问题解答“什么是CGH探针评分？”来获取更多信息。使用这种“外显子”方法时，没有可能选择在最近的内含子探针。

• 在eArray之外确认外显子的坐标，并将它们作为基因间隔来选择探针。然后，按照eArray中的“扩展区间边界”，基因片段可以延长超过外显子边界指定数目的碱基对。下面是关于如何确定在UCSC中外显子的坐标。

利用UCSC浏览器的基因表浏览工具，请确保从下拉列表中选择正确的物种和基因组版本。重要的是，版本要匹配eArray。对于“跟踪”，选择所需的基因的定义跟踪，安捷伦建议“CCDS”，“RefSeq Genes”或“UCSC genes”。按照UCSC的指示来限定查找范围。选项包括筛选基因组区域或跟踪标识（名称/登录号）。确保输出含有chrom、exonStarts和exonEnds。这将给出您定义区域的所有外显子的坐标。

若要将这些位置输入到一个eArray高密度(HD)探针查找，按行分段（每个外显子一段），调整起始坐标（the output is 0-based, eArray expects 1-based）。取向（即链信息）不影响eArray的探针查找。例如，下面的行定义了3个外显子（chrom; exon count; exon starts; exon ends）：

chr1; 3，2450045，2451144，2451409，2451048，2451310，

2451544

可转换为eArray所需的格式。：

chr1 :2450046 - 2451048

chr1 :2451145 - 2451310

chr1 :2451410 – 2451544

查找类型	这是什么	怎样去做	举例
查找您的探针	这是什么	简单高级	举例
GO查找(仅针对表达谱类型探针)	这是什么	怎样去做	举例
高密度（HD）探针查找 (仅CGH、ChIP、和CH3应用类型)	这是什么	怎样去做	举例
SNP探针查找 (仅CGH应用类型)	这是什么	怎样去做	举例

查找工具	注释
查找您的探针	此工具给您多种选择来获取您想要的探针。在一个”简单查找“中，您键入任何文字，此方法就随之返回所有在任何注释中包含您所键入文字的探针。当您第一次探究数据库的内容、并想要了解系统中包含什么类型的探针时，此方法十分有效。例如，您可以键入关键词kinase，此查找方法会返回所有注释中包含此关键词的探针，包括注释像protein kinase C, delta, 以及 hexokinase 3这样的探针。您也可以选择一个具体类型的注释或登录号，然后输入该类型的一个或几个查找条件。当您想要使用像探针ID号、GenBank登录号、以及基因符号这样的ID号时，此方法最为有效。您可以上传一个列表，此查找会返回所有匹配的探针。
GO查找	当您想要查找与生物过程、分子功能、和/或细胞组成相关的基因或基因产品时，Gene Ontology (GO)查找就是一项十分有效的探针查找方法。这项查找方法仅针对于表达谱类型探针。
高密度(HD)查找	您可以在CGH和ChIP高密度(HD)探针数据库中查找，并返回指定基因组区域内的高密度探针。接下来，您可以用这些探针来创建一个具有高分辨率的微阵列，其分辨率可以高过目录微阵列在这些应用类型下所能提供的分辨率。若要进行高密度(HD)查找，您需要定义您想要的探针所在的基因组区域，以及您想要的探针密度或数量。
SNP探针查找	此方法是获取安捷伦SNP探针的唯一方法，SNP探针是专门为安捷伦CGH+SNP微阵列而设计的。您可以使用CGH+SNP微阵列来推断SNP点位的基因型、计算等位基因特异性SNP拷贝号码、以及发现杂合子丢失（loss of heterozygosity (LOH)）的区域。此查找可用于CGH应用类型。更多信息请参阅CGH+SNP微阵列。