上传数据至探针查找

当您进行特定的探针查找时，您可以上传包含具体的探针查找条件条目的文件。例如，在一个“标准HD-CGH基因组区间查找”中，您可以上传一个包含想要的基因组区间的文件。当您需要指定很多个项目时，或需要使用同一项目列表来进行多个相关查找时，此方法就十分有效。

本帮助主题包含以下部分：

• 文件格式

• 为探针查找上传一个数据文件

• 示例

文件格式

有关具体查找参数的信息如下。

• 登录号 – 针对“查找您的探针(高级查找)”和“基因组片段查找(高级查找)”

每行列出一个登录号。指定不含源的登录号，因为eArray已经提供了源。所以，sgd|Q0055 就只表示为Q0055。

• 高级查找片段 – 针对“高级基因组片段高密度(HD)查找”

每行列出一个基因组片段。您可以将文件的首行作为栏目标题，但eArray不会解析它们。每一行都必须包含以下条目，用制表符(tab)分隔，需要按照以下顺序：

1. 基因组片段 – 一个cytoband (例如，1p36.33) 或者一个染色体位置，例如：
   chr1:1-500001
   chr1 (1号染色体的全部)
   chrX:2000500 (X染色体上从2000500到末端)
   
   对于一个给定的查找，全部片段必须都是以同样类型指定的(例如，全部都是染色体物种或全部都是cytoband)。

2. 平均间距 – 片段内返回探针之间的平均碱基对数目。

安捷伦关于CGH微阵列探针密度的指导

3. 经过解链温度(TM)筛选 – Yes or No。对于此片段，移除那些解链温度不合适，会导致在安捷伦平台上表现不好的探针。

4. 经过相似度(HM)筛选 – Yes or No。移除那些与基因组上多个位置绑定的探针。(相似度筛选)

示例：

chr1:1-1000000         500     Yes       Yes
chr2:500-5000000       1000    Yes      No
chr2:5000000-8000000   1000    Yes       Yes

• 序列捕获探针序列 – 针对“查找您的序列捕获探针(简单查找)”

每行列出一个序列。仅使用大写字符A、C、G、和T。序列捕获探针序列的长度必须匹配您在“长度”处选择的值。

• 染色体位置 – 针对“染色体位置查找”

每行列出一个染色体位置。使用以下示例中给出的格式。

chr1:1-500001 (一号染色体，碱基对1到500001)
chr1 (1号染色体的全部)
chrX:2000500 (X染色体上从2000500到末端)

• Cytoband — 针对“查找你的呢探针(高级查找)”和“基因组片段查找(高级查找)”

每行列出一个cytoband。

• 排除片段 – 针对高密度(HD)查找

每行列出一个片段。

• 基因注释 – 针对“CGH高密度基因注释查找”

每行列出一个注释。注释可以是登录号(例如，NM_016660或AY884282)或是基因符号(例如，H3N2或 CTSB)，但对于一个给定的查找，注释必须都是同一类型的。

• microRNA名称 – 针对小RNA(microRNA)查找您的探针(高级查找)

每行列出一个小RNA(microRNA)名称。

• miMAT# – 针对小RNA(microRNA)查找您的探针(高级查找)

每行列出一个miMAT# 。例如：

MIMAT0000068

MIMAT0000069

• 探针ID号 – 对于“查找您的探针(高级查找)”和“高密度(HD)探针ID查找”

每行列出一个探针。例如：

A_14_P100053

A_14_P100055

A_14_P100056

A_14_P100057

A_14_P100059

A_14_P100227

• 探针序列 –  对于“查找您的探针(简单查找)”

每行列出一个序列。例如：

ACGTAGCTAGAGCTAGCTGAGCTGAGCTGAGATCGATGCTAGTGATCGAT

ATTATGGATGATTGATGAGTAGTAGAGAGGCGCGCTAGCATCGCTAGCTA

ACGTACGATAGCGCGCAGCTAATGATGACGCAGATCAGAGACGATCGCGA

CCTACCGATGTCTGCTACAGACGGCGGGGATGACGATACGATACGGCGTG

为探针查找上传一个数据文件

如果在具体的帮助主题中没有特殊说明，请参照以下步骤来上传文件。

1. 在想要上传的查找条件旁边，点击上传。
   
   一个文件名窗口会出现。

2. 点击浏览...
   
   一个“选择文件”对话框会出现。

3. 选择想要上传的文件，然后点击打开。
   
   文件的名称会出现在“文件名称”处。

4. 点击上传文件。
   
   eArray会上传该文件，以及该文件中的各个条目，这些条目会出现在查找页面中恰当的文本框中，并且以分隔符分隔。

示例

示例 1 – 探针序列

创建一个纯文本文件，包含多个探针序列，这些探针序列是用来在“查找您的探针”中进行“探针序列”查找的。请按照以下步骤进行：

1. 打开一个文本编辑器，例如“记事本”。

2. 输入第一个探针序列，例如：
   CCTACTTGACCGGAATGAATCCAATGCTCGGAGCAATGAATGCGGCTCATCAGCACG C GT

3. 按回车键来将插入光标移到新的一行开头。

4. 输入第二个探针序列，例如：
   AAATCCAAATGTTATTTATGGACAAACACCAAGGATAACGCCCTATG A GA

5. 按下回车。按需要继续添加更多的探针序列。

6. 保存该文本文件。
   
   将文件名的后缀设为.txt。

当您从“查找您的探针”页面上传此文件到eArray时，全部的探针序列都会以分隔符分隔的形式出现在“探针序列”处。
 

示例 2 — 登录号

创建一个文本文件，包含多个登录号。这些登录号是用来在“查找您的探针(简单查找)”中进行“登录号”查找的，请按照以下步骤进行：

1. 打开一个文本编辑器，例如“记事本”。

2. 输入第一个登录号值，例如 Q0055

3. 按回车键来将插入光标移到新的一行开头。

4. 输入第二个登录号值，例如 Q0061

5. 按下回车。按需要继续添加更多的登录号。

6. 保存该文本文件。
   
   将文件名的后缀设为.txt。

当您从“查找您的探针”页面上传此文件到eArray时，全部的登录号都会以分隔符分隔的形式出现在“登录号”处。

相关链接

查找您的探针

怎样进行高密度(HD)查找

查找序列捕获探针

怎样使用基因组片段查找

发现外显子片段