从CGH/ChIP高密度数据库探针创建设计(向导) |
您可以通过此向导,来使用从一个高密度(HD)探针查找得来的探针创建一个微阵列设计。高密度(HD)查找是用来查找安捷伦的CGH高密度数据库或ChIP数据库中通过基因组叠瓦式设计的探针,并可以查找多个物种。请参阅什么是高密度(HD)查找。此向导将带领您完成整个过程。
如要查看本帮助主题的各个部分,点击以下的链接:
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回顾什么是高密度(HD)查找和怎样进行高密度(HD)查找。使用这些主题中的信息来决定您要使用哪种类型的高密度(HD)查找,并确定您要准备的输入文件的类型。
点击工作区标签,或进入一个合作。
设置应用类型为ChIP为CGH。
点击主页。
工作区或合作主页将出现。
在设计向导处,选择从HD CGH (或ChIP)数据库探针创建设计(向导)。
点击下一步 >>。
向导将在一个新窗口中打开。向导的各个步骤将显示在窗口左侧。当前步骤被置为高亮。
在此步骤,您建立并提交一个“高密度(HD)探针查找”。
选择标准高密度(HD)探针查找或高级高密度(HD)探针查找。
在高密度(HD)查找方式下拉式列表中,选择想要的查找方式。查找方式的可用性取决于应用类型以及您选择的是“标准”查找还是“高级”查找。
eArray会显示与您选择的高密度(HD)查找相关的查找参数。
为您选择的高密度(HD)查找设置查找参数。请参阅怎样进行高密度(HD)查找来查看每个高密度(HD)查找方式下,查找参数和输入文件的描述。
点击查找。
向导就会提交您的查找,并进入下一步,“高密度探针查找提交”。
一个消息会通知您,您的高密度(HD)查找申请已经被提交。请参照以下步骤来进行查找。
点击关闭。
向导会关闭,eArray会将您返回至主页面。
在“创建设计向导”框中,点击刷新。在“创建设计向导”框中,点击刷新。
eArray会更新“查找结果”来显示您当前的等待中和完成的向导。如果您没有看到您想要的向导,请点击查看全部来查看完整列表。
当您的高密度(HD)查找完成后,向导的状态会变为“高密度(HD)查找完成”,并且“操作”栏中会出现两个链接,“查看”和“继续”。
如要查看高密度(HD)查找结果,请点击查看。
高密度(HD)查找结果会在一个新窗口中打开。详细信息请参阅查看高密度(HD)查找结果。
当您的高密度(HD)查找完成后,您就可以继续进行向导了。
请确认您位于恰当的工作区,并且应用类型设置正确。
点击主页标签。
在“创建设计向导”框的操作栏中,在想要的向导旁边,点击继续。如果想要的向导或链接没有出现在列表中,您可能需要点击刷新来更新列表,或者查看全部来查看完整列表。
向导将会在一个新窗口中打开。步骤 3,“创建探针组”,被置为高亮。
在“创建一个探针组”框中,设置以下的探针组参数:
参数 |
说明/详细 |
探针组名称 |
为探针组输入一个名称。eArray使用该名称作为该探针组在查找结果、探针组列表、查看页面等处的参考。 |
状态 |
选择未完成或被锁定。默认情况下,eArray会将您新创建的探针组状态设为“未完成”。如果您将状态设置为被锁定,您将无法编辑该探针组。 |
描述 |
(选填) 输入一个简短的描述。 |
关键词 |
(选填) 输入一个关键词,或多个关键词,通过分隔符"|"、或逗号、或分号来分隔。eArray使用这些关键词来进行查找和浏览功能。 |
文件夹 |
选择一个文件夹。eArray会将新的探针组保存在此位置。列表中仅会出现您对其拥有访问权限的文件夹。 |
“创建一个探针组”框中出现但未在上表中描述的项目,全部都是系统设定或仅是指示性的参数,不能被更改。
点击创建探针组。
一个消息会通知您,您的探针组创建任务已经被提交,如果任务完成,您后收到一封电子邮件通知。
点击关闭。
向导会暂停,eArray会将您返回至您的工作区和合作区主页。您必须等待eArray创建了您的高密度(HD)探针组,才能继续使用向导。
当您的新的高密度(HD)探针组可用时,eArray会发送给您一封电子邮件。在您的工作区或合作区的主页的“设计向导”框中,此向导的状态变为“高密度(HD)探针组已创建”。您可能需要点击刷新来查看列表的最新版本,或者点击查看全部来查看完整列表。
在此步骤,您定义微阵列设计的参数。
设置应用类型,如需要。
在“设计向导”框的“查找结果”部分,点击继续。如果想要的向导不可见,您可能需要点击查看全部来查看完整列表。
向导将在一个新窗口中打开。向导将显示您已经进行到步骤4 —
定义设计。
指定以下设计参数。如非特殊说明,参数为必填:
参数 |
说明/详细信息 |
定义设计 |
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微阵列名称 |
为微阵列设计输入一个名称。eArray使用此名称作为微阵列设计的一个查找条件,也是在查找结果、列表、以及类似地方用来指代此设计的方式。 |
设计格式 |
从列表中选择一个设计格式。要查看选中的设计格式的详细信息,请点击显示详细信息。 当您选择一个设计格式时,一个合适于设计格式和应用类型(以及,对于CGH和ChIP应用类型来说,还有物种这一项)的内置质控探针组将出现在“内置质控探针组”处。 仅那些可用于您选择的应用类型的设计格式会出现在列表中。一些应用类型仅支持一种设计格式。 |
内置质控探针组 |
所需的安捷伦内置质控探针组的名称将显示为一个链接。点击该链接来查看它的详细信息。eArray会自动选择一个合适于您的设计格式、应用类型、和物种(在某些应用类型下)的内置质控探针组。 如果 如要选择一个替换的内置质控探针组:
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文件夹 |
为您新的设计选择一个位置。那些您拥有访问权限的文件夹将出现在列表中。 |
描述 |
(选填) 为该设计输入一个简要的描述。 |
物种 |
(只读) 您在向导的步骤1设置的物种将出现在这里,仅作告知用。您不能编辑它。 |
关键词 |
(选填) 输入新的查找关键词来与该设计关联,用逗号分隔。指定关键词可以帮助您稍后来查找此微阵列设计。 |
附件 |
(选填) 附件就是与您的微阵列设计相关的文件或链接。附件文件最大可以有32 MB。如要添加一个或多个附件,请参照以下步骤:
名称 – 为附件输入一个名称。此名称将成为您访问附件而用来点击的链接。 类型 – 从列表中选择想要添加的附件的类型。一个附件可以使一个文件或是一个URL。 位置 – 从列表中选择恰当的位置。eArray使用此选项来选择已在您的区域中定位的内容,如果该内容可用的话。 文件 – (仅当您选择附件类型为“文件”时) 点击浏览... 在出现的对话框中选择想要添加的附件,然后点击打开。 URL – (仅当您选择附件类型为“URL”时) 输入因特网资源的位置URL,包括协议说明符。例如,http://www.agilent.com。
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备注 |
(选填) 输入一段备注来包含在微阵列设计中。 |
连接器详细信息 |
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添加连接器到3'端 |
选中此复选框来添加连接序列到您的探针。 连接器是一些核酸分子,用来被合成到探针序列的3'端。它们只是使活跃探针序列更加远离微阵列表面,这样可以减少位阻现象。这就可以让活跃探针序列可以更多的被用于杂交中。连接器使用随机序列,或从自然界中没有的序列来衍生出连接器。安捷伦提供一个默认的连接器序列供您使用,但您也可以指定您自己的自定义连接器序列。 如果您选中此选项,请同时设置连接器长度和连接器序列参数。
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连接器长度 |
选择以下选项之一:
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连接器序列 |
选择以下选项之一:
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点击下一步
>>。
向导的下一步,布局探针,将出现。
在此步骤中,您要在您的微阵列设计中指定探针组的详细信息。您也可以添加更多的探针组,来创建一个微阵列设计集,并按您的选择来填充微阵列上空的特征点。在窗口的底部,您的微阵列设计的计算统计数据将出现在微阵列的”统计数据“框中。
按需要进行以下任意操作。您可能需要下拉页面来查看一些选项。
任务 |
说明/详细信息 |
选择探针和布局选项 |
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您可以从您的微阵列设计添加或移除一个biological或用户内置质控探针组。 添加一个biological或用户内置质控探针组
移除一个biological或用户内置质控探针组 |
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(仅CGH微阵列) 一个归一化探针组就是一个特殊的对照探针组,它提供的数据可以用来归一化eArray生成的两种荧光颜色数据。当您创建一个特定物种和设计格式的微阵列时,eArray自动的添加一个默认的安捷伦归一化探针组。如果归一化探针组出现在您的设计中,您可以下载一个唯一探针的列表,用来使用在“安捷伦特征点提取(FE)”程序中。此文件的名称为Agilent dye normalization probe list for FE。 如要添加一个归一化探针组
如要移除一个归一化探针组
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(仅CGH和表达谱微阵列) 一个重复探针组就是一个特殊的对照探针组,Feature Extraction和DNA Analytics可使用此探针组来计算重复性(Reproducibility QC Metric)。这些重复探针组不同于那些用户选择的探针组,尽管用户可以选择在一个微阵列中包含某一探针组的多个复本。 对每种荧光颜色,此度量标准是这些重复探针在去处异常值后,再去除背景的信号强度% CV的中位数。当您创建一个特定物种和设计格式的微阵列时,eArray自动的添加一个默认的安捷伦重复探针组。 如要添加一个重复探针组
如要移除一个重复探针组
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查看一个探针组 |
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(当可用时) 在探针组详细信息下,在恰当的探针组旁边的对照类型栏中,选择一个选项。阳性或阴性用户对照探针组必须在您的设计/设计集上共同占用50%或更少的特征点。
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更改探针组的复本数量 |
(可用于用户非对照探针组。对于CGH和表达谱设计,还可用于重复探针组。) 在探针组详细信息的重复栏中,在想要的探针组旁边,输入您想要包含在微阵列设计中的该探针组的复本数量。
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允许eArray创建一个微阵列设计集 |
在探针组详细信息下,选中启用微阵列设计集。 如果您选择了此选项,且需要用来承载您的微阵列设计的特征点数目超过了一个微阵列载片上的可用特征点数,eArray就会按需要添加额外的载片。 “创建微阵列设计”框的第三栏中的“填充百分比”数据帮助您监测您的微阵列有多满。如果填充的百分比超过了100%,您必须选中“启用微阵列设计集”才能承载您的设计中的所有探针,或者选择一个具有更多特征点位置的设计格式。 对于一个微阵列集中的阳性或阴性用户对照探针组,您必须同时选择一个探针分布选项。 当您创建一个微阵列设计集时,您可以均匀分布(当可用时) 一个阳性或阴性对照探针组作为微阵列创建过程的一部分。如果您选择了此选项,eArray将探针组中的探针均匀的、随机的平铺到全部用来支持内容的微阵列上。 如果您不选择“均匀分部”,eArray一次应用一个探针组到微阵列上,直到全部探针组都被分配了。它将来自一个探针组的全部探针置于一个微阵列上,并可能导致每个微阵列上的探针数目不同。
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(可用于含有对照类型为pos或neg探针的微阵列集) eArray总是将每个阳性和阴性对照探针组的复本置于微阵列集中的每个微阵列上。在每个微阵列上,对照探针组中的探针总是随机的分配到特征点上去。然而,您也可以在一定程度上控制探针怎样分配到这些随机选择的特征点。 在探针组详细信息处,在对照探针位置栏中,为每个阳性或阴性用户对照探针组选择以下选项之一:
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填充未使用的特征点 |
您可以使用您选择的探针组来填充微阵列上未使用的特征点。eArray可能仅添加该探针组的一部分,或一些探针组或全部探针组的多个复本,取决于您的设计上的可用空特征点数,以及探针组中的探针数量。如要添加一个完整探针组到您的设计,请使用在上面的添加探针组中描述的方法。 参照以下步骤来填充未使用的特征点:
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注意:当您使用一个“设计向导”来创建一个微阵列设计时,仅有随机特征点布局是可用的。如要使用用户指定的探针顺序来创建一个设计,您必须使用另外一种方法来创建设计。
点击下一步
>>。
向导的下一步会出现。
在此步骤中,您将您的设计保存为一个具体的状态。
在您希望怎样保存和创建您的设计?处,选择以下选项之一:
草稿 – eArray将此设计保存为“草稿”状态。仅有您可以编辑此设计。
审查 – eArray将此设计保存为“审查”状态。您工作组中的用户可以编辑此设计并保存新的版本。
完成 – eArray将此设计保存为“完成”状态。此设计可被提交至“安捷伦生产部门”,且没有人可以编辑它。
提交 – eArray将此设计保存为“提交”状态,并将此设计提交至“安捷伦生产部门”。您可以对该设计进行价格咨询。如果您选择此信息,您必须也点击设计检查清单,然后阅读并选中出现的所有项目。如要预览该检查清单,请参阅微阵列设计/设计集检查清单。
点击保存。
eArray将创建并保存你的设计。会出现一个成功的消息。
点击关闭。
会出现另外一个成功的消息。
点击关闭。
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