通过序列捕获探针叠瓦式设计来创建序列捕获探针文库(向导)

参数

说明/详细信息

设计选项

设计任务名称

为此“序列捕获探针叠瓦式设计”任务输入一个名称。

测序技术

从列表中，选择您想要用来分析您的目标DNA片段的DNA测序仪。

测序流程

从列表中选择想要应用的流程，eArray会显示对于您选中的DNA测序技术可用的测序流程。

设计策略

通常情况下，请选中使用最优化参数。选择此选项后，根据您选择的测序技术和测序流程，eArray会自动为“设计策略”、“序列捕获探针长度”、“序列捕获探针叠瓦频率”、以及“允许在禁止区域上发生重叠”几项设置最优值。

如要手动设置全部这些选项，请不要选中使用最优化参数。则此选项就可以设置了。

在设计策略处，选择以下选项之一：

• Centered – eArray会将叠瓦式序列捕获探针的集合置于它们所在的基因组片段的中央。也就是，每个序列捕获探针集合在所在基因组片段两端占有相同数量的探针。此选项精确符合您选择的“序列捕获探针叠瓦频率”。

• Justified – eArray让叠瓦式序列捕获探针集合精确德覆盖它们相应的基因组片段。此选项调整序列捕获探针的重合度来在靶向片段达到精准和平均的叠瓦，并且不外延到非靶向片段。如选择此选项，实际的叠瓦式频率可以与您设置的“序列捕获探针叠瓦频率”不同。

序列捕获探针长度

(仅当不选中使用最优化参数时可以编辑。) 当前，eArray支持的长度为120个核苷酸。

• 注意：
  • 一个序列捕获探针文库中的全部序列捕获探针都应为同一长度。如果您想要将两个或多个源中的序列捕获探针合并到一个序列捕获探针文库，请确保全部序列捕获探针的长度都相同。

序列捕获探针叠瓦频率

(仅当不选中使用最优化参数时可以编辑。) 请选择序列捕获探针叠瓦频率。这将设置叠瓦的密度。该密度也会被“设计策略”所影响。

• 1x – eArray会端对端的将序列捕获探针叠瓦到每个目标片段。序列捕获探针覆盖目标片段的全部碱基，没有重叠。

• 2x – eArray会让序列捕获探针在叠瓦每个片段时都重叠50%，每个片段中，每个碱基由两个序列捕获探针覆盖。

• 3x – eArray会让每个片段中，每个碱基由三个序列捕获探针覆盖。

• 4x – eArray会让每个片段中，每个碱基由四个序列捕获探针覆盖。

• 5x – eArray会让每个片段中，每个碱基由五个序列捕获探针覆盖。

• 注意：取决于您的其他设置，实际的叠瓦密度可能会在每个片段的5'端和3'端略少于所设定的值。

允许在禁止区域上发生重叠

(仅当不选中使用最优化参数时可以编辑。) 如要更改此值，请先选中它，然后输入您希望的碱基对之间的距离。eArray生成的序列捕获探针会在“基因组避免片段”的指定区域上以此距离叠瓦。若要结果最优，请将此距离设置为20个碱基对。

目标详细信息

物种

选择想要的物种。该物种就是由您的目标序列数据所代表的物种。

基因组版本

(只读) 此框显示了您所选物种的基因组版本，eArray将使用此版本来生成序列捕获探针。

基因组目标片段

应用chrX格式来输入目标片段：<start>-<end> (例如，chr21:1000000-1500000)。多个片段用分隔符"|"分隔。

或者，您也可以上传一个基因组片段的文件。创建一个*.txt文件的列表，每行含有一个片段。每行结束另起一行 — 也就是，在一个文字处理软件中，每行结束都点击回车。然后参照以下步骤：

1. 在“基因组目标片段”框的旁边，点击上传。

2. 选择想要上传的文件，然后点击打开。
   eArray会上传片段列表，并以分隔符分隔的格式来在“基因组目标片段”框中显示它们。

基因组禁止区域

选中以下任意选项：

• 避免标准重复序列区域 – eArray会在“序列捕获探针叠瓦式设计”中排除一个标准集合的重复基因组区域。这些区域通常会产生低质量的序列捕获探针。默认会选中此选项。

• 自定义禁止区域 – 在“序列捕获探针叠瓦式设计”过程中，eArray会排出您在框中指定的基因组片段。请用以下格式来定义片段 chrX:<起始>-<终止> (例如，chr21:1000000-1500000)。

• 多个片段请用分隔符“|”分隔。或者，您可以上传一个片段列表。首先将列表创建成一个*.txt文件，每行列出一个片段。每行都用一个换行符号结束，也就是，在每行的结尾输入一个回车。然后按以下步骤进行：

1. 在“自定义禁止区域”框旁边，点击上传。

2. 选择想要的文件，然后点击打开。
   eArray会上传片段列表，然后在“自定义禁止区域”中以分隔符格式显示它们。

参数

说明/详细信息

序列捕获探针文库名称

为序列捕获探针文库输入一个名称。eArray使用此名称作为序列捕获探针文库的一个查找条件，也是在查找结果、列表、以及类似地方用来指代此序列捕获探针文库的方式。

长度

(只读) 叠瓦式设计的序列捕获探针的长度(以核苷酸为单位)。一个序列捕获探针文库中的全部序列捕获探针组均具有相同长度。当前，安捷伦仅能创建长度为120个核苷酸的序列捕获探针。

序列捕获探针文库容量

(只读) 当前，eArray支持容量为55k个序列捕获探针的序列捕获探针文库。如要查看更多信息，请点击显示详细信息。

内置质控序列捕获探针组

(只读) eArray自动为序列捕获探针文库选择一个合适的内置质控序列捕获探针组。安捷伦内置质控序列捕获探针组的名称会显示为一条链接。如要查看该内置质控序列捕获探针组的详细信息，请点击该链接。

所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组包含用于在序列捕获探针文库生产过程中进行质量控制的序列捕获探针。

文件夹

为您新的序列捕获探针文库选择一个位置。那些您拥有访问权限的文件夹将出现在列表中。

描述

(选填) 为该序列捕获探针文库输入一个简要的描述。

物种

(只读) 您在向导的步骤1设置的物种将出现在这里，仅作告知用。您不能编辑它。

关键词

(选填) 输入新的查找关键词来与该序列捕获探针文库关联，用逗号分隔。指定关键词可以帮助您稍后来查找此序列捕获探针文库。

附件

(选填) 附件就是与您的序列捕获探针文库相关的文件或链接。附件文件最大可以有32 MB。如要添加一个或多个附件，请参照以下步骤：

1. 点击 。
   一个页面将在一个新窗口中出现。

2. 在“添加附件”框中，指定以下信息：

名称 – 为附件输入一个名称。此名称将成为您访问附件而用来点击的链接。

类型 – 从列表中选择想要添加的附件的类型。一个附件可以使一个文件或是一个URL。

位置 – 从列表中选择恰当的位置。eArray使用此选项来选择已在您的区域中定位的内容，如果该内容可用的话。

文件 – (仅当您选择附件类型为“文件”时) 点击浏览... 在出现的对话框中选择想要添加的附件，然后点击打开。

URL – (仅当您选择附件类型为“URL”时) 输入因特网资源的位置URL，包括协议说明符。例如，http://www.agilent.com。

3. 点击添加。
   附件将出现在窗口顶部的“附件标题列表”中。会显示一个成功消息。

4. 点击关闭。

5. 如需要，可添加更多附件。
   如果您添加的一个附件出错，在“附件标题列表”中选中它名称旁边的复选框，然后点击移除。

6. 点击完成。
   窗口将关闭。您的附件的名称作为链接出现在“附件”处。.

备注

(选填) 输入一段备注来包含在序列捕获探针文库中。

任务

说明/详细信息

序列捕获探针组详细信息

添加序列捕获探针组

如要向您的序列捕获探针文库中添加一个序列捕获探针组：

1. 点击添加。
   一个序列捕获探针组选择页面会出现。

2. 在序列捕获探针组名称处，输入一个序列捕获探针组的完整或部分名称，然后点击查找。如要返回全部可用序列捕获探针组的列表，请不要填写“序列捕获探针组名称”。.
   一个序列捕获探针组的列表将会出现。

3. 进行以下任意操作来导航序列捕获探针组列表。

   • 如要在多个页面间翻页，请使用页面链接。

   • 如要将列表按照某个栏目的内容进行排序，请点击该栏目标题。如要将列表按逆序排列，请再次点击该栏目标题。

   • 如要仅显示某个特定文件夹中的序列捕获探针组，请在文件夹处选择想要的文件夹，然后点击筛选器。

4. 点击想要的序列捕获探针组的名称以选中它。您可以在一个页面上选择多个序列捕获探针组。

5. 点击添加 >。
   eArray会将选中的序列捕获探针组转移至“已选择序列捕获探针组”列表中。

6. 进行以下任意操作来更改“已选择序列捕获探针组”列表：

   • 添加另外一个序列捕获探针组。

   • 进行另外一次的序列捕获探针组查找。您可以从多个查找中添加序列捕获探针组。

   • 添加页面上全部可见的序列捕获探针组 — 点击添加全部 >>。

   • 重新开始  — 点击 << 移除全部。

   • 移除一个序列捕获探针组 — 选择想要移除的序列捕获探针组，然后点击 < 移除。

7. 点击完成。您可能需要下拉页面来看见此按键。
   选中的序列捕获探针组会出现在主窗口中的“序列捕获探针组详细信息”处。
   如要添加其他的序列捕获探针组，请再次点击添加。

8. 注意：
   • 使用向导底部的序列捕获探针文库统计数据框来监测您的序列捕获探针文库的大小。请确认“填充百分比”不超过100%。
   • 序列捕获探针文库中的所有序列捕获探针必须都是同样长度的。

查看一个序列捕获探针组

在序列捕获探针组名称栏中，序列捕获探针组的名称显示为链接。点击恰当的链接来查看序列捕获探针组的详细信息。

“查看序列捕获探针组”页面将在一个新窗口中打开。关于此页面的详细信息，请参阅查看序列捕获探针组。

移除序列捕获探针组

如要从序列捕获探针文库中移除一个序列捕获探针组：

1. 选中您想要移除的序列捕获探针组名称旁边的复选框。

2. 点击移除。

更改序列捕获探针组的对照类型

在序列捕获探针组详细信息下，在恰当的序列捕获探针组旁边的对照类型栏中，选择一个选项。您选择的选项不影响序列捕获探针文库的组成。eArray会将此选项附加到序列捕获探针组以用作用户参考。

neg、pos、或是ignore  –  说明此序列捕获探针组包含的对照序列捕获探针是用来监测捕获质量、或者其他对照或QC应用的。

biological  – 说明此序列捕获探针组包含biological探针用来捕获想要的基因组区域。

更改序列捕获探针组的复本数量

在重复栏中，在想要的序列捕获探针组旁边，输入您想要包含在序列捕获探针文库中的该序列捕获探针组的复本数量。

• 注意：.
  
  • eArray同时会将所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组复制相同的数目。.
  
  • eArray会自动尽可能多的包含完整的序列捕获探针集合，来填充进序列捕获探针文库的可用空间。例如：您的序列捕获探针文库含有12000个序列捕获探针，包括所需的安捷伦对照序列捕获探针1X 55K序列捕获探针文库的格式是57,750可承载序列捕获探针。eArray则会将四个序列捕获探针的完整集合添加进您的序列捕获探针文库 (12,000 x 4 = 48,000 序列捕获探针)。如果添加五个，则会超过序列捕获探针文库的容量 (12,000 x 5 = 60,000 序列捕获探针)。