通过上传序列捕获探针来创建序列捕获探针文库(向导)

参数

说明/详细信息

序列捕获探针参数详细信息

物种

选择您的序列捕获探针关联的物种。过后您可以使用此信息来查找此序列捕获探针。

从上传中移除重复序列捕获探针

一个重复序列捕获探针与文件中的另外一个序列捕获探针具有相同的“序列捕获探针ID”号。如果您选中此复选框，eArray将上传您文件中重复序列捕获探针中的第一个，并忽略其他。

• 注意：如果您的序列捕获探针文件中包含重复序列捕获探针，而您没有选中从上传中移除重复序列捕获探针，eArray将在您开始上传后显示一个错误信息，并且不上传您的文件。

序列捕获探针优先级

此选项指定了，当eArray发现您上传文件中有序列捕获探针匹配(具有相同序列捕获探针ID号和序列)您系统中已存在的序列捕获探针，它会进行什么操作。选择以下选项之一：

更新已存在序列捕获探针的注释  – 匹配的上传序列捕获探针的注释将替换已存在序列捕获探针的注释。在进行序列捕获探针注释更新时，此选项十分有效。

跳过已存在序列捕获探针  – eArray将忽略匹配的上传序列捕获探针，仅上传新序列捕获探针。

如果序列捕获探针已存在，则取消上传 – 如果发现一个匹配的上传序列捕获探针，eArray将取消上传过程。

上传序列捕获探针文件详细信息

序列捕获探针组名称

在您上传了您的数据文件之后，eArray会创建一个序列捕获探针，包含该文件中的全部序列捕获探针。请为该序列捕获探针组输入一个名称。

上传文件

如要指定您的序列捕获探针序列文件，请参照以下步骤。您的文件必须满足准备一个序列捕获探针文件来上传中描述的要求。

1. 点击浏览...
   一个对话框将出现。

2. 选择想要的序列捕获探针数据文件，然后点击打开。
   选中文件的位置将出现在“上传文件”中。

文件格式

选择简化格式或完整格式。关于这两种文件格式的详细信息，请参阅准备一个序列捕获探针文件来上传。

文件类型

从列表中选择恰当的文件类型。eArray接受Microsoft Excel (*.xls) 文件，和以制表符分隔的文本(TDT) 文件，后缀为.txt和.tdt。

• 注意：如果您使用Microsoft Excel 2007 创建文件，请将它保存为一个Excel 97-2003工作簿文件。这就使该文件的后缀为所需的*.xls。

长度

当前，安捷伦仅能创建长度为120个核苷酸的序列捕获探针。eArray仅当您的文件中的每个序列捕获探针都匹配此长度时才会上传您的文件。

参数

说明/详细信息

定义序列捕获探针文库

序列捕获探针文库名称

为序列捕获探针文库输入一个名称。eArray使用此名称作为序列捕获探针文库的一个查找条件，也是在查找结果、列表、以及类似地方用来指代此序列捕获探针文库的方式。

长度

(只读) 您上传文件中的序列捕获探针长度会出现在此。

序列捕获探针文库容量

(只读) 序列捕获探针文库的容量将显示。当前，eArray支持容量为55k个序列捕获探针的序列捕获探针文库。如要查看更多信息，请点击显示详细信息。

内置质控序列捕获探针组

(只读) eArray自动为序列捕获探针文库选择一个合适的内置质控序列捕获探针组。安捷伦内置质控序列捕获探针组的名称会显示为一条链接。如要查看该内置质控序列捕获探针组的详细信息，请点击该链接。

所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组包含用于在序列捕获探针文库生产过程中进行质量控制的序列捕获探针。

文件夹

为您新的序列捕获探针文库选择一个位置。那些您拥有访问权限的文件夹将出现在列表中。

描述

(选填) 为该序列捕获探针文库输入一个简要的描述。

物种

(只读) 您在向导的步骤1设置的物种将出现在这里，仅作告知用。您不能编辑它。

关键词

(选填) 输入新的查找关键词来与该序列捕获探针文库关联，用逗号分隔。指定关键词可以帮助您稍后来查找此序列捕获探针文库。

附件

(选填) 附件就是与您的序列捕获探针文库相关的文件或链接。附件文件最大可以有32 MB。如要添加一个或多个附件，请参照以下步骤：

1. 点击 。
   一个页面将在一个新窗口中出现。

2. 在“添加附件”框中，指定以下信息：

名称 – 为附件输入一个名称。此名称将成为您访问附件而用来点击的链接。

类型 – 从列表中选择想要添加的附件的类型。一个附件可以使一个文件或是一个URL。

位置 – 从列表中选择恰当的位置。eArray使用此选项来选择已在您的区域中定位的内容，如果该内容可用的话。

文件 – (仅当您选择附件类型为“文件”时) 点击浏览... 在出现的对话框中选择想要添加的附件，然后点击打开。

URL – (仅当您选择附件类型为“URL”时) 输入因特网资源的位置URL，包括协议说明符。例如，http://www.agilent.com。

3. 点击添加。
   附件将出现在窗口顶部的“附件标题列表”中。会显示一个成功消息。

4. 点击关闭。

5. 如需要，可添加更多附件。
   如果您添加的一个附件出错，在“附件标题列表”中选中它名称旁边的复选框，然后点击移除。

6. 点击完成。
   窗口将关闭。您的附件的名称作为链接出现在“附件”处。.

备注

(选填) 输入一段备注来包含在序列捕获探针文库中。

任务

说明/详细信息

序列捕获探针组详细信息

添加序列捕获探针组

如要向您的序列捕获探针文库中添加一个序列捕获探针组：

1. 点击添加。
   一个序列捕获探针组选择页面会出现。

2. 在序列捕获探针组名称处，输入一个序列捕获探针组的完整或部分名称，然后点击查找。如要返回全部可用序列捕获探针组的列表，请不要填写“序列捕获探针组名称”。.
   一个序列捕获探针组的列表将会出现。

3. 进行以下任意操作来导航序列捕获探针组列表。

   • 如要在多个页面间翻页，请使用页面链接。

   • 如要将列表按照某个栏目的内容进行排序，请点击该栏目标题。如要将列表按逆序排列，请再次点击该栏目标题。

   • 如要仅显示某个特定文件夹中的序列捕获探针组，请在文件夹处选择想要的文件夹，然后点击筛选器。

4. 点击想要的序列捕获探针组的名称以选中它。您可以在一个页面上选择多个序列捕获探针组。

5. 点击添加 >。
   eArray会将选中的序列捕获探针组转移至“已选择序列捕获探针组”列表中。

6. 进行以下任意操作来更改“已选择序列捕获探针组”列表：

   • 添加另外一个序列捕获探针组。

   • 进行另外一次的序列捕获探针组查找。您可以从多个查找中添加序列捕获探针组。

   • 添加页面上全部可见的序列捕获探针组 — 点击添加全部 >>。

   • 重新开始  — 点击 << 移除全部。

   • 移除一个序列捕获探针组 — 选择想要移除的序列捕获探针组，然后点击 < 移除。

7. 点击完成。您可能需要下拉页面来看见此按键。
   选中的序列捕获探针组会出现在主窗口中的“序列捕获探针组详细信息”处。
   如要添加其他的序列捕获探针组，请再次点击添加。

查看一个序列捕获探针组

在序列捕获探针组名称栏中，序列捕获探针组的名称显示为链接。点击恰当的链接来查看序列捕获探针组的详细信息。

“查看序列捕获探针组”页面将在一个新窗口中打开。关于此页面的详细信息，请参阅查看序列捕获探针组。

移除序列捕获探针组

如要从序列捕获探针文库中移除一个序列捕获探针组：

1. 选中您想要移除的序列捕获探针组名称旁边的复选框。

2. 点击移除。

更改序列捕获探针组的对照类型

在序列捕获探针组详细信息下，在恰当的序列捕获探针组旁边的对照类型栏中，选择一个选项。您选择的选项不影响序列捕获探针文库的组成。eArray会将此选项附加到序列捕获探针组以用作用户参考。

neg、pos、或是ignore  –  说明此序列捕获探针组包含的对照序列捕获探针是用来监测捕获质量、或者其他对照或QC应用的。

biological  – 说明此序列捕获探针组包含biological探针用来捕获想要的基因组区域。

更改序列捕获探针组的复本数量

在重复栏中，在想要的序列捕获探针组旁边，输入您想要包含在序列捕获探针文库中的该序列捕获探针组的复本数量。

• 注意：.
  
  • eArray同时会将所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组复制相同的数目。.
  
  • eArray会自动尽可能多的包含完整的序列捕获探针集合，来填充进序列捕获探针文库的可用空间。例如：您的序列捕获探针文库含有12000个序列捕获探针，包括所需的安捷伦对照序列捕获探针1X 55K序列捕获探针文库的格式是57,750可承载序列捕获探针。eArray则会将四个序列捕获探针的完整集合添加进您的序列捕获探针文库 (12,000 x 4 = 48,000 序列捕获探针)。如果添加五个，则会超过序列捕获探针文库的容量 (12,000 x 5 = 60,000 序列捕获探针)。