通过已存在序列捕获探针组来创建序列捕获探针文库(向导)

 

如果您已拥有序列捕获探针组,并且您希望通过它们来创建一个序列捕获探针文库,就请您使用本主题中描述的方法。此向导特别的针对“靶向序列捕获”应用类型,如果您指导您想要添加进序列捕获探针文库的序列捕获探针组的名称,此方法就十分有效。如果您需要使用更精确的序列捕获探针组查找,请参阅通过序列捕获探针组查找结果来创建序列捕获探针文库

 

如要查看本帮助主题的各个部分,点击以下的链接:

怎样开始向导

步骤 1 – 选择物种

步骤 2 – 定义序列捕获探针文库

步骤 3 – 布局序列捕获探针

步骤 4 – 创建序列捕获探针文库

 

怎样开始向导

  1. 点击工作区标签,或进入一个合作

  2. 设置应用类型靶向序列捕获。

  3. 点击主页。

  4. 在您个人或合作的工作区主页,在“序列捕获探针文库向导”框中,选择通过已存在序列捕获探针组来创建序列捕获探针文库。

  5. 点击下一步 >>。

    向导的第一步,选择物种,将显示在一个新窗口中。
     

步骤 1 – 选择物种

在向导的此步骤,您选择能够最好代表您要创建的序列捕获探针文库内容的物种。

  1. 选择物种处,选择想要的物种。

    物种为必填。

  2. 点击下一步 >>。

    向导的下一步,定义序列捕获探针文库,将出现。
     

步骤 2 – 定义序列捕获探针文库

在此步骤,您定义序列捕获探针文库的基本特性,例如名称和位置。

  1. 设置以下序列捕获探针文库参数。除非指明,所有参数均为必填。

参数

说明/详细信息

序列捕获探针文库名称

为序列捕获探针文库输入一个名称。eArray使用此名称作为序列捕获探针文库的一个查找条件,也是在查找结果、列表、以及类似地方用来指代此序列捕获探针文库的方式。

长度

当前,安捷伦仅能创建长度为120个核苷酸的序列捕获探针。一个序列捕获探针文库中的全部序列捕获探针组均具有相同长度。当您选择了一个长度后,eArray会自动的选择序列捕获探针文库的容量和恰当的内置质控探针组。

序列捕获探针文库容量

(只读) 当前,eArray支持容量为55k个序列捕获探针的序列捕获探针文库。如要查看更多信息,请点击显示详细信息。

内置质控序列捕获探针组

(只读) eArray自动为序列捕获探针文库选择一个合适的内置质控序列捕获探针组。安捷伦内置质控序列捕获探针组的名称会显示为一条链接。如要查看该内置质控序列捕获探针组的详细信息,请点击该链接。

所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组包含用于在序列捕获探针文库生产过程中进行质量控制的序列捕获探针。

文件夹

为您新的序列捕获探针文库选择一个位置。那些您拥有访问权限的文件夹将出现在列表中。

描述

(选填) 为该序列捕获探针文库输入一个简要的描述。

物种

(只读) 您在向导的步骤1设置的物种将出现在这里,仅作告知用。您不能编辑它。

关键词

(选填) 输入新的查找关键词来与该序列捕获探针文库关联,用逗号分隔。指定关键词可以帮助您稍后来查找此序列捕获探针文库。

附件

(选填) 附件就是与您的序列捕获探针文库相关的文件或链接。附件文件最大可以有32 MB。如要添加一个或多个附件,请参照以下步骤:

  1. 点击 plus_minus_icon.gif
    一个页面将在一个新窗口中出现。

  2. 在“添加附件”框中,指定以下信息:

名称 – 为附件输入一个名称。此名称将成为您访问附件而用来点击的链接。

类型 – 从列表中选择想要添加的附件的类型。一个附件可以使一个文件或是一个URL。

位置 – 从列表中选择恰当的位置。eArray使用此选项来选择已在您的区域中定位的内容,如果该内容可用的话。

文件 – (仅当您选择附件类型为“文件”时) 点击浏览... 在出现的对话框中选择想要添加的附件,然后点击打开。

URL – (仅当您选择附件类型为“URL”时) 输入因特网资源的位置URL,包括协议说明符。例如,http://www.agilent.com。

  1. 点击添加。
    附件将出现在窗口顶部的“附件标题列表”中。会显示一个成功消息。

  2. 点击关闭。

  3. 如需要,可添加更多附件。
    如果您添加的一个附件出错,在“附件标题列表”中选中它名称旁边的复选框,然后点击移除。

  4. 点击完成。
    窗口将关闭。您的附件的名称作为链接出现在“附件”处。.

备注

(选填) 输入一段备注来包含在序列捕获探针文库中。

  1. 点击下一步 >>。

    向导的下一步,布局序列捕获探针,将出现。

步骤 3 – 布局序列捕获探针

在此步骤中,您要定义您想要包含在序列捕获探针文库中的序列捕获探针组。

  1. 使用下表中的操作来为您的序列捕获探针文库选择序列捕获探针组。在您添加和配置序列捕获探针组时,页面底部的“序列捕获探针文库统计信息”框也会反映出您的操作。

任务

说明/详细信息

序列捕获探针组详细信息

添加序列捕获探针组

如要向您的序列捕获探针文库中添加一个序列捕获探针组:

  1. 点击添加。
    一个序列捕获探针组选择页面会出现。

  2. 序列捕获探针组名称处,输入一个序列捕获探针组的完整或部分名称,然后点击查找。如要返回全部可用序列捕获探针组的列表,请不要填写“序列捕获探针组名称”。.
    一个序列捕获探针组的列表将会出现。

  3. 进行以下任意操作来导航序列捕获探针组列表。

    • 如要在多个页面间翻页,请使用页面链接。

    • 如要将列表按照某个栏目的内容进行排序,请点击该栏目标题。如要将列表按逆序排列,请再次点击该栏目标题。

    • 如要仅显示某个特定文件夹中的序列捕获探针组,请在文件夹处选择想要的文件夹,然后点击筛选器。

  1. 点击想要的序列捕获探针组的名称以选中它。您可以在一个页面上选择多个序列捕获探针组。

  2. 点击添加 >。
    eArray会将选中的序列捕获探针组转移至“已选择序列捕获探针组”列表中。

  3. 进行以下任意操作来更改“已选择序列捕获探针组”列表:

    • 添加另外一个序列捕获探针组。

    • 进行另外一次的序列捕获探针组查找。您可以从多个查找中添加序列捕获探针组。

    • 添加页面上全部可见的序列捕获探针组 — 点击添加全部 >>。

    • 重新开始  — 点击 << 移除全部。

    • 移除一个序列捕获探针组 — 选择想要移除的序列捕获探针组,然后点击 < 移除。

  4. 点击完成。您可能需要下拉页面来看见此按键。
    选中的序列捕获探针组会出现在主窗口中的“序列捕获探针组详细信息”处。
    如要添加其他的序列捕获探针组,请再次点击添加。

查看一个序列捕获探针组

序列捕获探针组名称栏中,序列捕获探针组的名称显示为链接。点击恰当的链接来查看序列捕获探针组的详细信息。

“查看序列捕获探针组”页面将在一个新窗口中打开。关于此页面的详细信息,请参阅查看序列捕获探针组

移除序列捕获探针组

如要从序列捕获探针文库中移除一个序列捕获探针组:

  1. 选中您想要移除的序列捕获探针组名称旁边的复选框。

  2. 点击移除。

更改序列捕获探针组的对照类型

序列捕获探针组详细信息下,在恰当的序列捕获探针组旁边的对照类型栏中,选择一个选项。您选择的选项不影响序列捕获探针文库的组成。eArray会将此选项附加到序列捕获探针组以用作用户参考。

neg、pos、或是ignore  –  说明此序列捕获探针组包含的对照序列捕获探针是用来监测捕获质量、或者其他对照或QC应用的。

biological  – 说明此序列捕获探针组包含biological探针用来捕获想要的基因组区域。

更改序列捕获探针组的复本数量

重复栏中,在想要的序列捕获探针组旁边,输入您想要包含在序列捕获探针文库中的该序列捕获探针组的复本数量。

  • 注意:.

    eArray同时会将所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组复制相同的数目。.

    eArray会自动尽可能多的包含完整的序列捕获探针集合,来填充进序列捕获探针文库的可用空间。例如:您的序列捕获探针文库含有12000个序列捕获探针,包括所需的安捷伦对照序列捕获探针1X 55K序列捕获探针文库的格式是57,750可承载序列捕获探针。eArray则会将四个序列捕获探针的完整集合添加进您的序列捕获探针文库 (12,000 x 4 = 48,000 序列捕获探针)。如果添加五个,则会超过序列捕获探针文库的容量 (12,000 x 5 = 60,000 序列捕获探针)。

  1. 点击下一步 >>。

    向导的下一步会出现。
     

步骤 4 – 创建序列捕获探针文库

在此步骤中,您将您的序列捕获探针文库保存为一个具体的状态。

  1. 您希望怎样保存和创建您的序列捕获探针文库?处,选择以下选项之一:

  2. 点击保存。

    eArray将创建并保存你的序列捕获探针文库。会出现一个成功的消息。

  3. 点击关闭。

    会出现另外一个成功的消息。

  4. 点击关闭。

相关链接

序列捕获探针文库

靶向序列捕获和eArray