通过序列捕获探针组查找结果来创建序列捕获探针文库

 

如果您已经拥有已存在的序列捕获探针组,并且想要从它们来创建序列捕获探针文库,您就可以使用本主题中描述的方法。您也可以通过此方法,来应用您在eArray中新生成的的序列捕获探针组来创建微阵列设计。如要进行此操作,您首先要应用eArray的序列捕获探针组查找浏览功能来找到并选择一个或多个序列捕获探针组,将其包含在您的微阵列设计或集中。然后您就可以定义设计参数和创建序列捕获探针文库了。

eArray同时也提供一个“序列捕获探针文库向导”来指导您完成此过程。请参阅通过已存在的序列捕获探针组来创建序列捕获探针文库(向导)

  1. 查找浏览想要的序列捕获探针组。如果您想要在您的序列捕获探针文库中包含多个序列捕获探针组,您无需一次将它们全部检索 — 您可以过后添加额外的序列捕获探针组。

    “查找结果”框会列出匹配您查找条件的序列捕获探针组。

  2. 选择想要的序列捕获探针组。应用以下作为向导:

  3. 点击创建序列捕获探针文库。

    一个物种选择页面将出现。

  4. 选择物种处,选择想要的物种。

    物种为必填。eArray应用此选中的物种来为您的序列捕获探针文库选择合适的安捷伦内置质控探针组,以及作为查找此序列捕获探针文库的一个关键词。

  5. 点击下一步。

    “创建序列捕获探针文库”页面将出现。您选中的序列捕获探针组将出现在页面底部,在“序列捕获探针组详细信息”标签下。

  6. 在“创建序列捕获探针文库”框中设置以下参数。除非另作说明,全部参数均为必填。

参数

说明/详细信息

序列捕获探针文库名称

为序列捕获探针文库输入一个名称。eArray使用此名称作为序列捕获探针文库的一个查找条件,也是在查找结果、列表、以及类似地方用来指代此序列捕获探针文库的方式。

长度

当前,安捷伦能创建长度为120个核苷酸的序列捕获探针。一个序列捕获探针文库中的全部序列捕获探针组均具有相同长度。当您选择了一个长度后,eArray会自动的选择序列捕获探针文库的容量和恰当的内置质控探针组。

序列捕获探针文库容量

(只读) 当前,eArray支持容量为55k个序列捕获探针的序列捕获探针文库。如要查看更多信息,请点击显示详细信息。

文件夹

为您新的序列捕获探针文库选择一个位置。那些您拥有访问权限的文件夹将出现在列表中。

内置质控序列捕获探针组

(只读) eArray自动为序列捕获探针文库选择一个合适的内置质控序列捕获探针组。安捷伦内置质控序列捕获探针组的名称会显示为一条链接。如要查看该内置质控序列捕获探针组的详细信息,请点击该链接。

所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组包含用于在序列捕获探针文库生产过程中进行质量控制的序列捕获探针。

附件

(选填) 附件就是与您的序列捕获探针文库相关的文件或链接。附件文件最大可以有32 MB。如要添加一个或多个附件,请参照以下步骤:

  1. 点击 plus_minus_icon.gif
    一个页面将在一个新窗口中出现。

  2. 在“添加附件”框中,指定以下信息:

名称 – 为附件输入一个名称。此名称将成为您访问附件而用来点击的链接。

类型 – 从列表中选择想要添加的附件的类型。一个附件可以使一个文件或是一个URL。

位置 – 从列表中选择恰当的位置。eArray使用此选项来选择已在您的区域中定位的内容,如果该内容可用的话。

文件 – (仅当您选择附件类型为“文件”时) 点击浏览... 在出现的对话框中选择想要添加的附件,然后点击打开。

URL – (仅当您选择附件类型为“URL”时) 输入因特网资源的位置URL,包括协议说明符。例如,http://www.agilent.com。

  1. 点击添加。
    附件将出现在窗口顶部的“附件标题列表”中。会显示一个成功消息。

  2. 点击关闭。

  3. 如需要,可添加更多附件。
    如果您添加的一个附件出错,在“附件标题列表”中选中它名称旁边的复选框,然后点击移除。

  4. 点击完成。
    窗口将关闭。您的附件的名称作为链接出现在“附件”处。.

描述

(选填) 为该序列捕获探针文库输入一个简要的描述。

关键词

(选填) 输入新的查找关键词来与该序列捕获探针文库关联,用逗号分隔。指定关键词可以帮助您稍后来查找此序列捕获探针文库。

备注

(选填) 输入一段备注来包含在序列捕获探针文库中。

上表中未出现但在页面上出现的参数,或是由eArray计算,或是只读的指示性参数,因此无法被编辑。当您进行设计决策或添加和移除序列捕获探针组时,特定的注释会出现在框的右边,作为对序列捕获探针文库数据的跟踪。关于这些值的含义请参阅计算的微阵列统计数据

  1. 在“序列捕获探针组详细信息”标签下,对序列捕获探针文库中应用的序列捕获探针组做出修改。

任务

说明/详细信息

序列捕获探针组详细信息

添加序列捕获探针组

如要向您的序列捕获探针文库中添加一个序列捕获探针组:

  1. 点击添加。
    一个序列捕获探针组选择页面会出现。

  2. 序列捕获探针组名称处,输入一个序列捕获探针组的完整或部分名称,然后点击查找。如要返回全部可用序列捕获探针组的列表,请不要填写“序列捕获探针组名称”。.
    一个序列捕获探针组的列表将会出现。

  3. 进行以下任意操作来导航序列捕获探针组列表。

    • 如要在多个页面间翻页,请使用页面链接。

    • 如要将列表按照某个栏目的内容进行排序,请点击该栏目标题。如要将列表按逆序排列,请再次点击该栏目标题。

    • 如要仅显示某个特定文件夹中的序列捕获探针组,请在文件夹处选择想要的文件夹,然后点击筛选器。

  1. 点击想要的序列捕获探针组的名称以选中它。您可以在一个页面上选择多个序列捕获探针组。

  2. 点击添加 >。
    eArray会将选中的序列捕获探针组转移至“已选择序列捕获探针组”列表中。

  3. 进行以下任意操作来更改“已选择序列捕获探针组”列表:

    • 添加另外一个序列捕获探针组。

    • 进行另外一次的序列捕获探针组查找。您可以从多个查找中添加序列捕获探针组。

    • 添加页面上全部可见的序列捕获探针组 — 点击添加全部 >>。

    • 重新开始  — 点击 << 移除全部。

    • 移除一个序列捕获探针组 — 选择想要移除的序列捕获探针组,然后点击 < 移除。

  4. 点击完成。您可能需要下拉页面来看见此按键。
    选中的序列捕获探针组会出现在主窗口中的“序列捕获探针组详细信息”处。
    如要添加其他的序列捕获探针组,请再次点击添加。

查看一个序列捕获探针组

序列捕获探针组名称栏中,序列捕获探针组的名称显示为链接。点击恰当的链接来查看序列捕获探针组的详细信息。

“查看序列捕获探针组”页面将在一个新窗口中打开。关于此页面的详细信息,请参阅查看序列捕获探针组

移除序列捕获探针组

如要从序列捕获探针文库中移除一个序列捕获探针组:

  1. 选中您想要移除的序列捕获探针组名称旁边的复选框。

  2. 点击移除。

更改序列捕获探针组的对照类型

序列捕获探针组详细信息下,在恰当的序列捕获探针组旁边的对照类型栏中,选择一个选项。您选择的选项不影响序列捕获探针文库的组成。eArray会将此选项附加到序列捕获探针组以用作用户参考。

neg、pos、或是ignore  –  说明此序列捕获探针组包含的对照序列捕获探针是用来监测捕获质量、或者其他对照或QC应用的。

biological  – 说明此序列捕获探针组包含biological探针用来捕获想要的基因组区域。

更改序列捕获探针组的复本数量

重复栏中,在想要的序列捕获探针组旁边,输入您想要包含在序列捕获探针文库中的该序列捕获探针组的复本数量。

  • 注意:.

    eArray同时会将所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组复制相同的数目。.

    eArray会自动尽可能多的包含完整的序列捕获探针集合,来填充进序列捕获探针文库的可用空间。例如:您的序列捕获探针文库含有12000个序列捕获探针,包括所需的安捷伦对照序列捕获探针1X 55K序列捕获探针文库的格式是57,750可承载序列捕获探针。eArray则会将四个序列捕获探针的完整集合添加进您的序列捕获探针文库 (12,000 x 4 = 48,000 序列捕获探针)。如果添加五个,则会超过序列捕获探针文库的容量 (12,000 x 5 = 60,000 序列捕获探针)。

  1. 点击创建。

    eArray会保存您的新序列捕获探针文库到您指定的文件夹,状态为“草稿”(或者“审查”,如果您在一个合作中创建该序列捕获探针文库)。一个成功的消息会出现。

  2. 点击关闭。

    “编辑序列捕获探针文库页面”会出现。

  3. 检查您的序列捕获探针文库的参数和内容,并按需要编辑它们

    在此时刻您也可以更改该序列捕获探针文库的状态。序列捕获探针文库的状态名称和微阵列设计的状态名称相同。请参阅微阵列设计/集状态综述

    如要提交一个序列捕获探针文库到“安捷伦生产部门”,您必须首先将其状态配置成“完成”。在合作中,您将其的状态置为“锁定” — 当全部合作领导者都批准锁定后,该序列捕获探针文库的状态就变为“完成”。然后您就可以提交序列捕获探针文库,之后您可以进行价格咨询或从安捷伦在线商店购买该库

  4. 点击保存。

    eArray会保存您编辑过的序列捕获探针文库到您指定的文件夹中。

相关链接

靶向序列捕获和eArray

序列捕获探针组