审查序列捕获探针文库

 

在您的个人用户工作区中,当您创建了一个序列捕获探针文库后,eArray将给它一个草稿的状态。随后,您可以决定将它的状态置为审查,此状态让其他用户可以对它进行修改。此外,eArray将保存此序列捕获探针文库的每个审查版本。本主题描述了序列捕获探针文库的所有者怎样将它置为审查,以及用户怎样审查它。

在一个合作中,一个新创建的序列捕获探针文库的初始状态就为“审查”。合作成员可以审查序列捕获探针文库并对它做出修改。

将一个序列捕获探针文库置于审查

您必须是一个序列捕获探针文库的所有者,才能将它置于审查。该序列捕获探针文库的状态必须为“草稿”。

  1. 查找浏览您想要审查的序列捕获探针文库。

    查找结果会出现,含有一个序列捕获探针文库的列表。如要在多个页面间翻页,请使用页面链接。此外,您可能发现,使用筛选器来仅显示状态为“草稿”的序列捕获探针文库会十分的有效 — 在查找结果顶部,在状态处,选择草稿,然后点击筛选器。

  2. 操作栏中,在想要的序列捕获探针文库旁边,点击编辑。您只能编辑您所有的、且状态为“草稿”的序列捕获探针文库。

    “编辑序列捕获探针文库”页面将出现。

  3. 状态处,选择审查。

  4. 重要:如果您讲一个序列捕获探针文库的状态保存为“审查”,您将不能再将其状态更改回“草稿”。任何额外的编辑必须是在审查过程中进行。

  1. 点击保存。

    eArray将此序列捕获探针文库置于审查。一个成功消息会显示。

  2. 点击关闭。

    “编辑序列捕获探针文库”页面将仍处于主窗口中。您可以立即对该序列捕获探针文库进行审查修改。
     

审查一个序列捕获探针文库

如要审查一个序列捕获探针文库,您必须对它具有访问权,且它的状态必须是“审查”。该序列捕获探针文库的所有者和其他用户可以按需要对该序列捕获探针文库进行任意次数的审查。

  1. 查找浏览您想要审查的序列捕获探针文库。

    eArray将显示一个返回的序列捕获探针文库的列表。您可能发现,筛选该列表来仅显示状态为“审查”的序列捕获探针文库会十分有效 — 在“查找结果”框的顶部,在状态处,选择审查,然后点击筛选器。

  2. 在“操作”栏中,在想要审查的序列捕获探针文库旁边,点击审查。您尽可以审查那些被所有者置于“审查”状态的序列捕获探针文库。

    “编辑序列捕获探针文库”页面将出现。

eArray保存一个序列捕获探针文库的所有审查版本,每个版本都有一个独有的版本号。默认情况下,eArray总会设置原始版本为库的“当前”版本,并将它作为所有审查的起始点。仅有当前版本可以被查找、浏览、或者被审查。如果您是序列捕获探针文库的所有者,您可以选择将任何版本设为当前版本 - 请参照以下步骤:

    1. 点击版本历史标签。
      一个该序列捕获探针文库的全部版本的列表会出现。

    2. 当前栏中,选择您想要查看的版本。
      一个对话框会出现。

    3. 点击确认。
      一个消息会通知您,该序列捕获探针文库版本被成功更新了。

    4. 点击关闭。

  1. 按需要更改以下设计参数。除非说明,全部参数均为必填。如果页面上有的参数没有出现在以下表格中,那它就是由eArray计算的或仅是指示性的,且无法被编辑。

参数

说明/详细信息

序列捕获探针文库名称

为序列捕获探针文库输入一个名称。eArray使用此名称作为序列捕获探针文库的一个查找条件,也是在查找结果、列表、以及类似地方用来指代此序列捕获探针文库的方式。

状态

选择想要的状态。状态名称和序列捕获探针文库的状态名称相同,请参阅序列捕获探针文库状态综述

在您的个人工作区,您可以将状态设为“审查”,或者您可以选择“完成”状态。请参阅完成序列捕获探针文库

在一个合作区,您可以将状态设为“审查”。如果您是一名合作领导者,您可以将状态设为“锁定”。请参阅锁定序列捕获探针文库。当全部领导者都批准锁定后,eArray会自动将该序列捕获探针文库的状态设为“完成”。

  • 重要:序列捕获探针文库的状态遵循单向变化顺序。一旦您让序列捕获探针文库的状态进入到下一状态并保持,您将无法再将其设置回原先的状态。

描述

(选填) 为该序列捕获探针文库输入一个简要的描述。

序列捕获探针文库容量

(只读) 当前,eArray支持容量为55k个序列捕获探针的序列捕获探针文库。如要查看更多信息,请点击显示详细信息。

文件夹

为您新的序列捕获探针文库选择一个位置。那些您拥有访问权限的文件夹将出现在列表中。

备注

(选填) 输入一段备注来包含在序列捕获探针文库中。

内置质控序列捕获探针组

(只读) eArray自动为序列捕获探针文库选择一个合适的内置质控序列捕获探针组。安捷伦内置质控序列捕获探针组的名称会显示为一条链接。如要查看该内置质控序列捕获探针组的详细信息,请点击该链接。

所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组包含用于在序列捕获探针文库生产过程中进行质量控制的序列捕获探针。

如果有替换内置质控序列捕获探针组可用,并且您想选择一个,请点击 plus_minus_icon.gif。在出现的对话框中,选择想要的内置质控序列捕获探针,然后点击完成。

附件

(选填) 附件就是与您的序列捕获探针文库相关的文件或链接。您可以添加新的附件,或编辑或移除已存在的附件。被附加的文件最大可以为32 MB。

添加一个或多个附件

  1. 点击 plus_minus_icon.gif
    一个页面将在一个新窗口中出现。

  2. 在“添加附件”框中,指定以下信息:

名称 – 为附件输入一个名称。此名称将成为您访问附件而用来点击的链接。

类型 – 从列表中选择想要添加的附件的类型。一个附件可以使一个文件或是一个URL。

位置 – 从列表中选择恰当的位置。eArray使用此选项来选择已在您的区域中定位的内容,如果该内容可用的话。

文件 – (仅当您选择附件类型为“文件”时) 点击浏览... 在出现的对话框中选择想要添加的附件,然后点击打开。

URL – (仅当您选择附件类型为“URL”时) 输入因特网资源的位置URL,包括协议说明符。例如,http://www.agilent.com。

  1. 点击添加。
    附件将出现在窗口顶部的“附件标题列表”中。会显示一个成功消息。

  2. 点击关闭。

  3. 如需要,可添加更多附件。

  4. 点击完成。
    窗口将关闭。您的附件的名称作为链接出现在“附件”处。

移除一个附件

  1. 点击 plus_minus_icon.gif
    一个页面将在一个新窗口中出现。

  2. 在“附件标题列表”下,选中您想要移除的附件旁边的复选框。

  3. 点击移除。
    会显示一个成功消息。

  4. 点击关闭。

  5. 在“附件标题列表”中,点击完成。

关键词

(选填) 输入新的查找关键词来与该序列捕获探针文库关联,用逗号分隔。指定关键词可以帮助您稍后来查找此序列捕获探针文库。

  1. 序列捕获探针组详细信息标签或版本历史标签处,任意进行以下的操作。

任务

说明/详细信息

序列捕获探针组详细信息

添加序列捕获探针组

如要向您的序列捕获探针文库中添加一个序列捕获探针组:

  1. 点击添加。
    一个序列捕获探针组选择页面会出现。

  2. 序列捕获探针组名称处,输入一个序列捕获探针组的完整或部分名称,然后点击查找。如要返回全部可用序列捕获探针组的列表,请不要填写“序列捕获探针组名称”。.
    一个序列捕获探针组的列表将会出现。

  3. 进行以下任意操作来导航序列捕获探针组列表。

    • 如要在多个页面间翻页,请使用页面链接。

    • 如要将列表按照某个栏目的内容进行排序,请点击该栏目标题。如要将列表按逆序排列,请再次点击该栏目标题。

    • 如要仅显示某个特定文件夹中的序列捕获探针组,请在文件夹处选择想要的文件夹,然后点击筛选器。

  1. 点击想要的序列捕获探针组的名称以选中它。您可以在一个页面上选择多个序列捕获探针组。

  2. 点击添加 >。
    eArray会将选中的序列捕获探针组转移至“已选择序列捕获探针组”列表中。

  3. 进行以下任意操作来更改“已选择序列捕获探针组”列表:

    • 添加另外一个序列捕获探针组。

    • 进行另外一次的序列捕获探针组查找。您可以从多个查找中添加序列捕获探针组。

    • 添加页面上全部可见的序列捕获探针组 — 点击添加全部 >>。

    • 重新开始  — 点击 << 移除全部。

    • 移除一个序列捕获探针组 — 选择想要移除的序列捕获探针组,然后点击 < 移除。

  4. 点击完成。您可能需要下拉页面来看见此按键。
    选中的序列捕获探针组会出现在主窗口中的“序列捕获探针组详细信息”处。
    如要添加其他的序列捕获探针组,请再次点击添加。

  1. 注意:
    应用向导底部的序列捕获探针文库统计数据框来监测您的序列捕获探针文库的容量。请确保“填充百分比”不要超过100%。
    一个序列捕获探针文库中的全部序列捕获探针都应为同一长度。

查看一个序列捕获探针组

序列捕获探针组名称栏中,序列捕获探针组的名称显示为链接。点击恰当的链接来查看序列捕获探针组的详细信息。

“查看序列捕获探针组”页面将在一个新窗口中打开。关于此页面的详细信息,请参阅查看序列捕获探针组

移除序列捕获探针组

如要从序列捕获探针文库中移除一个序列捕获探针组:

  1. 选中您想要移除的序列捕获探针组名称旁边的复选框。

  2. 点击移除。

更改序列捕获探针组的对照类型

序列捕获探针组详细信息下,在恰当的序列捕获探针组旁边的对照类型栏中,选择一个选项。您选择的选项不影响序列捕获探针文库的组成。eArray会将此选项附加到序列捕获探针组以用作用户参考。

neg、pos、或是ignore  –  说明此序列捕获探针组包含的对照序列捕获探针是用来监测捕获质量、或者其他对照或QC应用的。

biological  – 说明此序列捕获探针组包含biological探针用来捕获想要的基因组区域。

更改序列捕获探针组的复本数量

重复栏中,在想要的序列捕获探针组旁边,输入您想要包含在序列捕获探针文库中的该序列捕获探针组的复本数量。

  • 注意:.

    eArray同时会将所需的安捷伦内置质控序列捕获探针组复制相同的数目。.

    eArray会自动尽可能多的包含完整的序列捕获探针集合,来填充进序列捕获探针文库的可用空间。例如:您的序列捕获探针文库含有12000个序列捕获探针,包括所需的安捷伦对照序列捕获探针1X 55K序列捕获探针文库的格式是57,750可承载序列捕获探针。eArray则会将四个序列捕获探针的完整集合添加进您的序列捕获探针文库 (12,000 x 4 = 48,000 序列捕获探针)。如果添加五个,则会超过序列捕获探针文库的容量 (12,000 x 5 = 60,000 序列捕获探针)。

版本历史标签

查看序列捕获探针文库的一个先前版本

每次当一个用户想要将序列捕获探针文库的状态保存为“审查”时,eArray都会保持一份序列捕获探针文库的复本。每个新版本都有一个新的、更高的版本号码。eArray只允许您编辑或查找序列捕获探针文库的当前版本。然而,如果您是该序列捕获探针文库的所有者,您就可以将任意版本设置为当前版本。

  1. 版本历史标签下,选择想要设为当前版本的序列捕获探针文库版本。
    一个对话框会出现。

  2. 点击确认。
    一个消息会通知您,序列捕获探针文库的版本已经被更新。

  3. 点击关闭。

  1. 点击保存。

    eArray将保存审查过的序列捕获探针文库到您选择的文件夹中。每次一个审查者保存一个序列捕获探针文库,eArray就会创建该序列捕获探针文库的一个新的版本,并为其分配一个新的版本号,以及为其保存一个复本。eArray 同时自动的生成制表位分隔的文本(.tdt) 文件,任何对该序列捕获探针文库拥有访问权限的用户都可以下载该文件。您和其他用户可以任意次数的查看该序列捕获探针文库,直到它的所有者将其状态更改为完成

一个对话框会通知您,该序列捕获探针文库已被成功更新。

  1. 点击关闭。

    eArray会将您返回到“编辑序列捕获探针文库”页面,在那里您可以继续审查该设计。

相关链接

编辑序列捕获探针文库

完成序列捕获探针文库

提交序列捕获探针文库

删除序列捕获探针文库

靶向序列捕获和eArray

序列捕获探针文库