查找您的探针

“查找您的探针”是一项功能强大的探针查找工具，它为您提供多个选项来获得您想要的探针。关于此类型查找的综述，请参阅什么是查找您的探针。

  1. 点击工作区标签，或者进入一个合作。

  2. 如有必要，设置应用类型。

  3. 点击探针。

    “查找”页面会出现。默认选择为“查找您的探针”。

  4. 在查找类型中，选择想要的选项，然后按以下描述设定所需的查找参数。可用的查找类型视应用类型的不同而不同。除了全部以外的查找类型，程序仅支持精确查找。

查找类型

说明/详细

全部

在此类型查找中，您指定一个单独的查找条件。eArray会返回任何注释或登录号匹配该条件的探针。

  1. 在查找条件出，输入想要的条件。

  2. 进行以下操作之一：

  3. 如要返回精确匹配注释或登录号以及大小写的探针，请选择精确查找。

  4. 如要返回包含注释及登录号的探针，且不区分大小写，请清除精确查找。

探针ID

在框中输入一个探针ID。通过分隔符"|"来区分多个ID。或者，若要上传一个包含所需探针ID数据的文件，请点击上传，然后选择想要的文件。请参阅上传数据至探针查找。

基因符号

在框中输入一个有效的基因符号。将多个基因符号用分隔符"|"分隔。或者，如要上传一个包含基因符号数据的文件，请点击上传，然后选择想要上传的文件。请参阅上传数据至探针查找。此参数不可用于microRNA探针查找。

登录号

在文本框中，输入一个有效的登录号(登录号不能含源)。将多个登录号用分隔符"|"分隔。或者，您可以上传一个包含登录号数据的文件。请参阅上传数据至探针查找。此参数不可用于microRNA探针查找。

Cytoband

在框中输入一个cytoband。多个cytoband用分隔符"|"分隔。或者，如要上传一个包含cytoband数据的文件，请点击上传，然后选择想要上传的文件。请参阅上传数据至探针查找。此参数不可用于microRNA探针查找。

miMAT#

(仅可用于microRNA探针查找) miMAT#号是microRNA(microRNA)探针所检测的成熟microRNA的登录号。在框中输入一个miMAT# 号。用分隔符"|"来分隔多个miMAT#号。或者，如要上传一个包含miMAT#号的文件，请点击上传，然后选择想要上传的文件。请参阅上传数据至探针查找。

microRNA名称

(仅microRNA探针查找) 输入一个成熟microRNA的名称。通过分隔符"|"来区分多个ID。或者，若要上传一个包含所需microRNA ID数据的文件，请点击上传，然后选择想要的文件。请参阅上传数据至探针查找。

  • 注意：对于microRNA应用类型，探针是根据它们所检测的microRNA来分组的。每个成熟microRNA目标下最多可有四个相关探针。通常，对于microRNA微阵列，每个成熟microRNA用1-4个长度不同的探针来检测。这些探针行动一致，用来检测目标microRNA，它们的数据将在下游软件安捷伦Feature Extraction中被合并。

染色体位置

(可用于表达谱和microRNA应用类型) 在查找条件中，输入一个染色体位置，或者多个用分隔符“|”分隔多个染色体位置。查找会返回精确匹配您指定的基因组坐标的探针。

或者，您也可以上传包含染色体位置的文件，点击上传，然后选择相应的文件。请参阅上传数据至探针查找。

探针序列

在查找条件处，输入一个有效的探针序列，或者多个用分隔符“|”分隔的探针序列。查找会返回精确匹配的探针。

或者，您也可以上传包含探针序列的文件，点击上传，然后选择相应的文件。请参阅上传数据至探针查找。

  1. 设置以下参数，文件夹和物种为必填，以下条件进一步限制返回的探针。

    文件夹

    (必填) 从列表中选择一个文件夹。查找仅返回该选中文件夹中的探针。如果您想要在您的查找中包含该文件夹的子文件夹，请选中包含子文件夹。

    • 注意：“安捷伦目录”探针可用于microRNA和Expression应用类型。您可以在除microRNA之外的所有微阵列应用类型中，查找您自己的(非安捷伦)探针。

    物种

    (必填) 从列表中选择想要的物种。

    • 注意：对于microRNA设计，您可以创建一个多物种的微阵列。关于eArray怎样处理多物种的microRNA微阵列，请参阅创建多物种微阵列。

    在以下探针组中应用

     

    如果您设置此条件，则查找会仅从指定的探针组中返回探针。请注意，“查找您的探针”无法查找“高密度(HD)”探针组。如要指定探针组，请点击选择并添加。请参阅选择探针组进行探针查找。

    在以下微阵列设计中应用

    如果您设置此条件，则查找会仅从指定的微阵列设计中返回探针。请注意，“查找您的探针”无法查找指定微阵列设计中的“高密度(HD)”探针组。如要指定微阵列设计，请点击选择并添加。会有一个新窗口出现，该窗口功能与操作类似于选择探针组进行探针查找。

    探针类别

    (仅表达谱应用类型) 选择想要类型的探针。表达谱应用类型支持针对标准基因表达谱研究 (表达谱)的探针，也支持专门用途的探针，包括大基因间非编码RNA (lincRNA)探针和mitochondrial RNA (mitoRNA)探针。

    miRBase版本

    (仅可用于microRNA探针查找) (必填) 从列表中，选择想要查找的microRNA数据库版本。如要查找全部可用的版本，请选中全部。 miRBase是一个包括所有已发布的microRNA的完整的数据库，包含它们的序列、基因组位置、以及相关的注释。更多信息，请登陆microrna.sanger.ac.uk。

    • 注意：
      • 如果您有从前遗留下来的数据，查找一个从前的miRBase版本就十分有效。例如，您有关于安捷伦V1microRNA微阵列的数据，而其中某一个microRNA在新近的miRBase版本中已被更新。
      • 探针在以下情况下会用从前版本的miRBase中的microRNA进行注释：microRNA序列已被更新(且更新后的引入了新的探针)、或者该microRNA已被从miRBase后续版本中移除。
      • 应用从前的miRBase版本进行注释的探针会在microRNA的名称后附加一个版本号。例如：miR-hsa-###_v9.1。

    包含星号(*)序列

    (仅可用于microRNA探针查找) 星号"*"序列是由相同microRNA前体衍生出来的另外一种microRNA，与它们所对应的是“非星号”的成熟microRNA。一个星号序列通常是非主导的成熟microRNA种类。例如，miR-56 (主导种类)和miR-56* (非主导星号序列)都被认为是从同一个前体所衍生出来的。

    选中此选项后，检测星号序列和非星号主导microRNA序列的探针都会被返回。

  2. 点击查找。

eArray会开始查找。查找过程可能要花费一些时间。

当eArray完成查找后，一个“查找结果”框会出现，含有匹配您查找条件的探针。从此框中，您可以对返回的探针进行操作：

  1. 创建新探针组

  2. 下载探针

  3. 删除探针

  4. 查看探针序列、统计数据、注释、和登录号

  5. 计算承载探针所需的微阵列数量

注意：这些操作的可用性会视应用类型和探针类型而定。

此外，您还可以自定义eArray来预先设置特定的查找参数。您也可以自定义查找结果中的内容和栏目的顺序。请参阅设置用户偏好。

相关链接

什么是查找您的探针

查找您的探针举例(高级查找)

查找探针